นี่คือคำสั่ง velvetoptimiser ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
velvetoptimiser - เพิ่มประสิทธิภาพพารามิเตอร์การประกอบ Velvet do novo โดยอัตโนมัติ
เรื่องย่อ
สารเพิ่มประสิทธิภาพกำมะหยี่ [ตัวเลือก] -f 'กำมะหยี่ อินพุต ไลน์'
DESCRIPTION
VelvetOptimiser เป็นสคริปต์ Perl แบบมัลติเธรดสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพสามตัวโดยอัตโนมัติ
ตัวเลือกพารามิเตอร์หลัก (K, -exp_cov, -cov_cutoff) สำหรับลำดับ Velvet de novo
ผู้ประกอบ.
OPTIONS
--ช่วยด้วย ความช่วยเหลือนี้
--รุ่น!
พิมพ์เวอร์ชันไปที่ stdout และออก (ค่าเริ่มต้น '0')
--v|รายละเอียด+
การบันทึกแบบละเอียด รวมถึงเอาต์พุตกำมะหยี่ทั้งหมดในไฟล์บันทึก (ค่าเริ่มต้น '0')
--NS|แฮช=ฉัน
ค่าแฮชเริ่มต้น (ต่ำกว่า) (ค่าเริ่มต้น '19')
-- อี| hashe=i
ค่าแฮชท้าย (สูงกว่า) (ค่าเริ่มต้น '31')
--NS|ขั้นตอน=ฉัน
ขั้นตอนในการค้นหาแฮช.. ขั้นต่ำ 2 ไม่มีเลขคี่ (ค่าเริ่มต้น '2')
- ฉ|velvethfiles=s ส่วนไฟล์ของบรรทัดคำสั่ง velveth (ค่าเริ่มต้น '0')
ที่สื่อความหมาย| มอสไฟล์!
เปิดการติดตามการอ่านของ Velvet และเอาต์พุตไฟล์ AMOs (ค่าเริ่มต้น '0')
- โอ|velvetgoptions=s ตัวเลือก Velvetg พิเศษที่จะผ่าน
เช่น. -long_mult_cutoff -max_coverage ฯลฯ (ค่าเริ่มต้น '')
--NS|เธรด=ฉัน
จำนวนสูงสุดของอินสแตนซ์กำมะหยี่พร้อมกันที่จะเรียกใช้ (ค่าเริ่มต้น '4')
--NS|genomesize=f ขนาดโดยประมาณของจีโนมที่จะประกอบเป็นเมกะเบส
ใช้ในการประเมินการใช้หน่วยความจำเท่านั้น หากไม่ได้ระบุไว้ การประมาณการใช้หน่วยความจำจะ
ไม่เกิดขึ้น หากประมาณการใช้หน่วยความจำ ผลลัพธ์จะแสดงขึ้น จากนั้นจึงตั้งโปรแกรม
ทางออก (ค่าเริ่มต้น '0')
--ค|optFuncKmer=s ฟังก์ชันการเพิ่มประสิทธิภาพที่ใช้สำหรับตัวเลือก k-mer (ค่าเริ่มต้น 'n50')
--ค|optFuncCov=s ฟังก์ชันการปรับให้เหมาะสมที่ใช้สำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพ cov_cutoff (ค่าเริ่มต้น
'ปอนด์').
--NS|minCovCutoff=f cov_cutoff ขั้นต่ำที่จะใช้ (ค่าเริ่มต้น '0')
--NS|คำนำหน้า=s
คำนำหน้าสำหรับชื่อไฟล์เอาต์พุต ค่าเริ่มต้นคือวันที่และเวลาในรูปแบบ
DD-MM-YYYY-HH-MM_. (ค่าเริ่มต้น 'อัตโนมัติ')
--NS|dir_final=s ชื่อของไดเร็กทอรีที่จะใส่เอาต์พุตสุดท้ายเข้าไป (ค่าเริ่มต้น '.').
--z|upperCovCutoff=f ค่าตัดความครอบคลุมสูงสุดที่จะพิจารณาเป็นตัวคูณของ
ความคุ้มครองที่คาดหวัง (ค่าเริ่มต้น '0.8')
ขั้นสูง!: การเปลี่ยนฟังก์ชันการปรับให้เหมาะสม
ฟังก์ชันการเพิ่มประสิทธิภาพชุดประกอบ Velvet Optimizer สามารถสร้างได้จากตัวแปรต่อไปนี้
LNbp = จำนวน Ns ในกลุ่มใหญ่ Lbp = จำนวนคู่เบสทั้งหมด
ใน contigs ขนาดใหญ่ Lcon = จำนวน contigs ขนาดใหญ่ max = ความยาวที่ยาวที่สุด
contig n50 = n50 ncon = จำนวน contig ทั้งหมด tbp = จำนวนรวมของ
เบสคู่ใน contigs
ตัวอย่าง คือ:
'Lbp' = เพียงคู่เบสทั้งหมดในคอนติกที่ยาวกว่า 1kb 'n50*Lcon' = n50
คูณด้วยจำนวน contig ยาว 'n50*Lcon/tbp+log(Lbp)' = n50 คูณ
จำนวน contigs ยาวแบ่ง
โดยฐานทั้งหมดในทุก contig บวกบันทึกของจำนวนฐานในแนวยาว
รอยต่อ
ใช้ velvetoptimiser ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
