นี่คือแอป Linux ชื่อ GapFiller ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดเป็น GapFiller-1.1.1.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ GapFiller พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ฟิลเลอร์ช่องว่าง
Ad
DESCRIPTION
GapFiller เป็นแอสเซมเบลอร์ในพื้นที่ seed-and-extend เพื่อเติมช่องว่างภายในการอ่านที่จับคู่
สามารถใช้ได้ทั้ง DNA และ RNA และผ่านการทดสอบกับข้อมูลของ Illumina แล้ว
GapFiller สามารถใช้ได้ทุกครั้งที่จะประกอบซีเควนซ์โดยเริ่มจากการอ่านที่วางอยู่บนปลายของมัน โดยต้องมีการประมาณความยาวคร่าวๆ ของลำดับ
คุณสมบัติ
- รูปแบบอินพุตที่รองรับ: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- พารามิเตอร์การประกอบที่ปรับแต่งได้สูง
- ความเป็นไปได้ที่จะระบุชุดข้อมูลที่แตกต่างกันสำหรับการเพาะและการประกอบ
- ความสามารถในการจัดเก็บข้อมูลเลย์เอาต์ (อ่านตำแหน่งและการวางแนวภายใน contig ที่ประกอบเข้าด้วยกัน)
ส่วนติดต่อผู้ใช้
บรรทัดคำสั่ง
ภาษาโปรแกรม
C + +
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/gapfiller/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
