นี่คือแอป Linux ชื่อ HSRA ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น HSRA-v1.1.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ HSRA พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
สวรส
Ad
DESCRIPTION
HSRA เป็นเครื่องมือคู่ขนานที่ใช้ MapReduce สำหรับการอ่านแผนที่จากการทดลองลำดับอาร์เอ็นเอ (RNA-seq) การวิเคราะห์ RNA-seq มักจะเริ่มต้นด้วยการทำแผนที่อ่านไปยังจีโนมอ้างอิงเพื่อกำหนดตำแหน่งที่การอ่านเกิดขึ้น ซึ่งเป็นขั้นตอนที่ใช้เวลานานมาก เครื่องมือนี้ช่วยให้นักวิจัยด้านชีวสารสนเทศสามารถแจกจ่ายงานการทำแผนที่ของพวกเขาผ่านโหนดของคลัสเตอร์ได้อย่างมีประสิทธิภาพโดยการรวมตัวจัดแนวประกบแบบมัลติเธรดที่รวดเร็ว (HISAT2) เข้ากับ Apache Hadoop ซึ่งเป็นเฟรมเวิร์กการคำนวณแบบกระจายสำหรับการประมวลผล Big Data ที่ปรับขนาดได้
ปัจจุบัน HSRA รองรับการจัดตำแหน่งการอ่านแบบปลายเดียวและแบบคู่จากชุดข้อมูล FASTQ/FASTA นอกจากนี้ เครื่องมือของเรายังใช้ไลบรารี Hadoop Sequence Parser (HSP) (ลิงก์ด้านบน) เพื่ออ่านชุดข้อมูลอินพุตที่จัดเก็บไว้ใน Hadoop Distributed File System (HDFS) ได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยสามารถประมวลผลชุดข้อมูลที่บีบอัดด้วยตัวแปลงสัญญาณ Gzip และ BZip2
ผู้ชม
เทคโนโลยีสารสนเทศ, อุตสาหกรรมการดูแลสุขภาพ, วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
คอนโซล/เทอร์มินัล, Command-line
ภาษาโปรแกรม
ชวา
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/hsra/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา
