cdhit-454 - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

cd-hit-454 - mabilis na pagkakasunud-sunod ng pangkat, na-optimize para sa 454 data

SINOPSIS

cdhit-454 [Options]

DESCRIPTION

====== CD-HIT na bersyon 4.6 (itinayo noong Ene 23 2016) ======

Options

-i input filename sa fasta format, kinakailangan

-o output filename, kinakailangan

-c sequence identity threshold, default 0.98 ito ay isang "global sequence identity"
kinakalkula bilang : bilang ng magkakahawig na mga amino acid sa pagkakahanay na hinati sa kabuuan
haba ng mas maikling sequence + gaps

-b band_width ng alignment, default 10

-M limitasyon ng memorya (sa MB) para sa programa, default na 800; 0 para sa walang limitasyon;

-T bilang ng mga thread, default 1; na may 0, lahat ng mga CPU ay gagamitin

-n word_length, default 10, tingnan ang gabay ng gumagamit para sa pagpili nito

-aL alignment coverage para sa mas mahabang sequence, default na 0.0 kung nakatakda sa 0.9, ang
Ang pagkakahanay ay dapat sumasakop sa 90% ng pagkakasunud-sunod

-AL alignment coverage control para sa mas mahabang sequence, default na 99999999 kung nakatakda sa 60,
at ang haba ng sequence ay 400, kung gayon ang alignment ay dapat na >= 340 (400-60)
nalalabi

-aS alignment coverage para sa mas maikling sequence, default na 0.0 kung nakatakda sa 0.9, ang
Ang pagkakahanay ay dapat sumasakop sa 90% ng pagkakasunud-sunod

-AS alignment coverage control para sa mas maikling sequence, default na 99999999 kung nakatakda sa 60,
at ang haba ng sequence ay 400, kung gayon ang alignment ay dapat na >= 340 (400-60)
nalalabi

-B 1 o 0, default 0, bilang default, ang mga sequence ay naka-imbak sa RAM kung nakatakda sa 1, sequence
ay naka-imbak sa hard drive ito ay inirerekomenda na gamitin -B 1 para sa malalaking database

-g 1 o 0, default na 0 sa pamamagitan ng default na algorithm ng cd-hit, ang isang sequence ay naka-cluster sa
unang cluster na nakakatugon sa threshold (mabilis na cluster). Kung nakatakda sa 1, gagawin ng programa
i-cluster ito sa pinakakaparehong cluster na nakakatugon sa threshold (tumpak ngunit mabagal
mode) ngunit alinman sa 1 o 0 ay hindi magbabago sa mga kinatawan ng mga huling kumpol

-D max na laki bawat indel, default 1

-tugma tumutugmang marka, default 2

-mismatch
hindi tugmang marka, default -1

- gap marka ng pagbubukas ng gap, default -3

-gap-ext
marka ng extension ng gap, default -1

-bak magsulat ng backup na cluster file (1 o 0, default 0)

-h i-print ang tulong na ito

Mga tanong, bug, makipag-ugnayan kay Weizhong Li sa [protektado ng email]

Kung nakita mong kapaki-pakinabang ang cd-hit, mangyaring banggitin ang:

"Pag-cluster ng mga homologous na pagkakasunud-sunod upang bawasan ang laki ng malaking protina
database", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski at Adam Godzik. Bioinformatics, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: isang mabilis na programa para sa clustering at paghahambing ng malalaking set ng
protina o nucleotide sequence", Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatics, (2006)
22:1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun at Weizhong Li. Artipisyal at
natural na mga duplicate sa pyrosequencing reads ng metagenomic data. BMC Bioinformatics
(2010) 11:187 ng umaga

Gamitin ang cdhit-454 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net