dane - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

dan - Kinakalkula ang temperatura ng pagkatunaw ng nucleic acid

SINOPSIS

at -pagkakasunod-sunod seqall - laki ng bintana kabuuan -shiftincrement kabuuan -dnaconc lumutang
-saltconc lumutang [-produkto toggle] -formamide lumutang -mismatch lumutang -prodlen kabuuan
[-thermo toggle] -temperatura lumutang -rna boolean -plot toggle -mintemp lumutang
-graph xygraph -outfile ulat

at -tulong

DESCRIPTION

at ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open Software
Suite”). Ito ay bahagi ng "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition" command group(s).

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall

Kailangan seksyon
- laki ng bintana kabuuan
Ang mga halaga ng melting point at iba pang thermodynamic na katangian ng sequence ay
natutukoy sa pamamagitan ng pagkuha ng maikling haba ng sequence na kilala bilang isang window at pagtukoy sa
mga katangian ng sequence sa window na iyon. Ang bintana ay incrementally inilipat sa kahabaan ng
pagkakasunud-sunod sa mga katangian na kinakalkula sa bawat bagong posisyon. Default na halaga: 20

-shiftincrement kabuuan
Ito ang halaga kung saan inililipat ang window sa bawat pagtaas upang mahanap ang
punto ng pagkatunaw at iba pang mga katangian kasama ang pagkakasunud-sunod. Default na halaga: 1

-dnaconc lumutang
Default na halaga: 50.

-saltconc lumutang
Default na halaga: 50.

karagdagan seksyon
produkto pagpipilian
-produkto toggle
Nag-uudyok ito para sa porsyento ng formamide, porsyento ng mga hindi pagkakatugma na pinapayagan at haba ng produkto.

-formamide lumutang
Tinutukoy nito ang porsyento ng formamide na gagamitin sa mga kalkulasyon (hindi ito papansinin maliban kung
-ginagamit ang produkto). Default na halaga: 0.

-mismatch lumutang
Tinutukoy nito ang porsyentong hindi pagtutugma na gagamitin sa mga kalkulasyon (hindi ito papansinin maliban kung
-ginagamit ang produkto). Default na halaga: 0.

-prodlen kabuuan
Tinutukoy nito ang haba ng produkto na gagamitin sa mga kalkulasyon (hindi ito papansinin maliban kung
-ginagamit ang produkto). Default na halaga: $(windowsize)

Thermodynamic pagpipilian
-thermo toggle
I-output ang mga halaga ng DeltaG, DeltaH at DeltaS ng sequence window sa output data
file.

-temperatura lumutang
Kung ang -thermo ay tinukoy, ito ay tumutukoy sa temperatura kung saan
kalkulahin ang mga halaga ng DeltaG, DeltaH at DeltaS. Default na halaga: 25.

Advanced seksyon
-rna boolean
Tinutukoy nito na ang sequence ay isang RNA sequence at hindi isang DNA sequence.

Pagbubuhos seksyon
-plot toggle
Kung hindi ito tinukoy kung gayon ang file ng data ng output ay ginawa, kung hindi ay isang plot ng
ang natutunaw na punto sa kahabaan ng pagkakasunud-sunod ay ginawa.

-mintemp lumutang
Maglagay ng pinakamababang halaga para sa sukat ng temperatura (y-axis) ng plot. Default na halaga:
55.

-graph xygraph

-outfile ulat
Kung ang isang balangkas ay hindi ginagawa pagkatapos ay ang data sa punto ng pagkatunaw atbp. sa bawat window
kasama ang pagkakasunod-sunod ay output sa file.

Gamitin ang dane online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net