gdcmimg - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gdcmimg - Manipulate ng DICOM image file.

Ang gdcmimg ay isang mababang antas na tool upang payagan ang de-/encapsulation mula/sa DICOM na imahe. Ginagawa ng tool na ito
hindi maintindihan ang Transfer Syntax conversion. I-encapsulate nito ang raw data as-is. Ito
ay may ilang epekto sa ilang sitwasyon, tingnan ang mga espesyal na babala sa ibaba.

Mahalagang tandaan na ang gdcmimg ay maaari lamang mag-encapsulate ng tamang input file, halimbawa
Ang JPG at o JP2 ay tinatanggap dahil may makikitang nauugnay na DICOM Transfer Syntax.
Gayunpaman ang input tulad ng TIFF at/o PNG ay hindi, dahil hindi sinusuportahan ng DICOM ang mga iyon. Tingnan mo
sa halip ay isang tool tulad ng gdcm2vtk.

SINOPSIS

gdcmimg [mga opsyon] file-in file-out

DESCRIPTION

Ang gdcmimg Ang command line tool ay maaaring gamitin sa dalawang paraan:

· 1. Pag-convert ng isang kinikilalang format ng file sa naka-encapsulated na katapat nitong DICOM,

· 2. Pag-anonymize ng isang hugis-parihaba na bahagi ng isang DICOM file.

MGA PARAMETERS

file-in input filename (hindi DICOM)

file-out DICOM output filename

Opsyon

-i --input Input filename
-o --output Output filename

TIYAK Opsyon

--endian %s Endianness (LSB/MSB).
-d --depth %d Depth (Alinman sa 8/16/32 o BitsAllocated hal. 12 kapag kilala).
--sign %s Pixel sign (0/1).
--spp %d Sample Bawat Pixel (1/3).
-s --laki %d,%d Sukat.
-C --sop-class-uid SOP Class UID (pangalan o halaga).
-T --study-uid Study UID.
-S --serye-uid Serye UID.
--root-uid Root UID.

Punan Opsyon

-R --rehiyon %d,%d Rehiyon.
-F --fill %d Punan ng pixel value na tinukoy.

PANGKALAHATAN Opsyon

-h --tulong
i-print ang text ng tulong na ito at lumabas

-v --bersyon
impormasyon ng bersyon ng pag-print at paglabas

-V --verbose
verbose mode (babala+error).

-W --babala
mode ng babala, i-print ang impormasyon ng babala

-E --mali
mode ng error, impormasyon ng error sa pag-print

-D --debug
debug mode, i-print ang impormasyon ng debug

Kapaligiran VARIABLE

GDCM_ROOT_UID Root UID

Sinusuportahan FILE FORMAT (Angkop FILE EXTENSION)

Ibabatay ng gdcmimg ang proseso ng conversion nito batay sa extension ng file. Sinusunod ang listahan ng
kinikilalang extension ng file. Kapag walang nakitang extension, ipinapalagay ang DICOM file.

format ng pag-input

* RAW (raw, rawl, gray, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()

format ng output:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()

Para sa RAW na format ng file, dapat kang mag-ingat ng espesyal na opsyon sa –endian. Para sa (luma)
JPEG file format, parehong lossy at lossless format ay suportado, ang user ay dapat magbayad
pansinin ang –sign na opsyon. Para sa format ng file gaya ng RLE o RAW, inaasahang gagawin ng user
punan ang impormasyong kinakailangan upang mahanap ang dimensyon at uri ng input data dahil wala
ibang paraan upang mahanap ang impormasyong ito. Para sa lahat ng iba pang format ng file, ang mga katangian ay hinango
mula sa mismong file format.

Ang PNM file ay dapat na malaking endian (mahalaga para sa lalim > 8)

TIKAL PAGGAMIT

Alisin a hugis-parihaba bahagi of ang larawan
Upang punan ang rehiyon [0,100]x[0,100] ng isang imahe ng DICOM gawin lang ang:

$ gdcmimg --fill 0 --rehiyon 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Babala: kung ang Pixel Data ay na-compress, ang imahe ay unang na-decompress upang ang pixel na iyon
maaaring itakda sa 0, ngunit hindi ito muling na-compress.

Palitan RAW sa DICOM
Ang kinikilalang extension ay .raw, .rawl, .gray o .rgb (case insensitive)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

ang larawan ay magiging Secondary Capture.

Kapag ang input ay 3 component, kailangang tahasang tukuyin ang Mga Sample sa Bawat Pixel:

$ gdcmimg --laki 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

Kapag ang filename ay naglalaman ng .rgb bilang file extension output ay awtomatikong kinikilala bilang
Hindi kailangang tukuyin ng RGB –spp

$ gdcmimg --laki 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

Maaari mong gamitin ang dd cmd line upang laktawan ang anumang header na gusto mong itapon, halimbawa, kung
gusto mong laktawan ang unang 108 byte, gawin lang:

$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw ng=output.raw

.raw at .rawl extension ay katumbas. Kailangan mong tahasang tukuyin ang endianness
mano-mano:

$ gdcmimg --endian MSB --laki 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

Palitan PGM/PNM/PPM sa DICOM
Ang mga kinikilalang extension ay .pgm, .pnm, .ppm (case insensitive)

$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm

ang larawan ay magiging Secondary Capture

Palitan RLE sa DICOM
Ang kinikilalang extension ay .rle (case insensitive)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm

ang larawan ay magiging Secondary Capture

Palitan JPEG sa DICOM
Ang mga kinikilalang extension ay .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (case insensitive)

$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm

ang larawan ay magiging Secondary Capture

Palitan J2K sa DICOM
Ang mga kinikilalang extension ay .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (case insensitive)

$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm

ang larawan ay magiging Secondary Capture.

Ang lahat ng impormasyon ng Pixel (Bits Stored/Allocated...) ay kukunin sa mismong larawan,
at hindi mula sa mga pagpipilian sa command line.

Tinutukoy a Pampalubag-loob Klase UID
Sa halip na ang default na Secondary Capture Image Storage, maaaring naisin ng isa na tukuyin, sabihin ang VL
Imbakan ng Larawang Larawan.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm

MADAMI MGA FILE

Ang gdcmimg ay mahusay na humahawak ng isang hanay ng mga file (halimbawa, jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm

Mahalagang tumukoy ng SOP Class na sumusuporta sa mga multi-frame na larawan kung hindi man
mabibigo ang gdcmimg.

START Offset

Sa ilang kaso, maaaring gusto ng isa na gumawa ng 2D slice mula sa isang arbitrary na volume (hal. 3D). Sa
kung aling kaso -offset ang magiging madaling gamitin:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --laki 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

BABALA

Mayroong ilang mga isyu sa pagpapatupad ng gdcmimg:

Para sa RAW file, dapat bigyang-pansin na kapag gumagamit ng –endian MSB ang Pixel Data ay magiging
encapsulated as is (hindi ginalaw ng gdcmimg). Samakatuwid ang tanging posibleng syntax ng paglilipat
available ang Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). Pinangangasiwaan ito ng GDCM nang pribado
Ilipat ang Syntax. Kaya kung kailangan mong i-convert ang Transfer Syntax na ito sa isa pa (at payagan
Pagmamanipula ng Pixel Data), maaari mong gamitin ang:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

Para sa JFIF file at JP2 file (na may header) ang header ay kinokopya sa elemento ng Pixel Data
na ilegal para sa JP2. Gumamit ng gdcmconv para maayos na muling i-encode ang isang JP2/JFIF file sa J2K/JPG.

$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm

Para sa RLE file, walang ginagawang pagsusuri para sa pagtawid sa hangganan ng row. Inirerekomenda na gamitin
gdcmconv –rle upang muling i-encode sa isang wastong RLE file kung sakaling may pagdududa.

Siyempre kung ang compression ay hindi ok sa iyong setup, maaari mong palaging de-encapsulated ang
DICOM file (karaniwang JPEG) sa isang hindi naka-encapsulated na form, gamit ang gdcmconv:

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm

Gumamit ng gdcmimg online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net