gmx-spatial - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gmx-spatial - Kalkulahin ang spatial distribution function

SINOPSIS

gmx spatial [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[hindi]w] [-[no]pbc]
[-[no]div] [-ign ] [-bin ] [-nab ]

DESCRIPTION

gmx malapad kinakalkula ang spatial distribution function at ilalabas ito sa isang form na maaari
basahin ng VMD bilang Gaussian98 cube na format. Para sa isang sistema ng 32,000 atoms at isang 50 ns
trajectory, ang SDF ay maaaring mabuo sa loob ng humigit-kumulang 30 minuto, na halos lahat ng oras ay nakalaan
sa dalawang tumatakbo sa pamamagitan ng trjconv na kinakailangan upang maisentro nang maayos ang lahat. Ito
tumatagal din ng isang buong bungkos ng espasyo (3 kopya ng trajectory file). Gayunpaman, ang mga larawan
ay maganda at napaka-kaalaman kapag ang angkop na seleksyon ay ginawa nang maayos. 3-4 na mga atomo sa
isang malawak na mobile na grupo (tulad ng isang libreng amino acid sa solusyon) ay gumagana nang maayos, o piliin ang
backbone ng protina sa isang matatag na nakatiklop na istraktura upang makuha ang SDF ng solvent at tingnan ang
time-averaged solvation shell. Posible rin ang paggamit ng program na ito upang makabuo ng SDF
batay sa ilang arbitrary na Cartesian coordinate. Upang gawin iyon, alisin lamang ang paunang gmx
trjconv hakbang.

Paggamit ng:

1. Gamitin gmx gumawa_ndx upang lumikha ng isang pangkat na naglalaman ng mga atom sa paligid kung saan gusto mo ang SDF

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -ur siksik -pbc wala

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -kakasya mabulok+trans

4. tumakbo gmx malapad sa c.tng output ng hakbang #3.

5. Mag-load grid.cube sa VMD at tingnan bilang isang isosurface.

nota na kakailanganin ng mga sistema tulad ng micelles gmx trjconv -pbc kumpol sa pagitan ng mga hakbang 1
at 2.

Babala
Ang SDF ay bubuo para sa isang cube na naglalaman ng lahat ng mga bin na mayroong ilang hindi zero
occupancy. Gayunpaman, ang paghahanda -kakasya mabulok+trans pagpipilian sa gmx trjconv nagpapahiwatig na
ang iyong system ay umiikot at nagsasalin sa espasyo (upang ang napiling pangkat
ay hindi). Samakatuwid ang mga halaga na ibinalik ay magiging wasto lamang para sa ilang rehiyon
sa paligid ng iyong gitnang grupo/coordinate na may ganap na magkakapatong sa dami ng system sa kabuuan
ang buong isinalin/pinaikot na sistema sa takbo ng trajectory. Ito ay hanggang sa
user upang matiyak na ito ang kaso.

Mapanganib pagpipilian
Upang bawasan ang dami ng espasyo at oras na kinakailangan, maaari mong i-output lamang ang mga coord na iyon
gagamitin sa una at kasunod na run through gmx trjconv. Gayunpaman, siguraduhin na
itakda ang -nab opsyon sa isang sapat na mataas na halaga dahil ang memorya ay inilalaan para sa mga cube bin
batay sa mga unang coordinate at ang -nab halaga ng opsyon.

Opsyon

Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Istraktura+mass(db): tr malaki g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opsyonal)
Index file

Iba pang mga opsyon:

-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory

-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)

-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file

-[no]pbc (hindi)
Gumamit ng panaka-nakang kundisyon ng hangganan para sa pag-compute ng mga distansya

-[no]div (oo)
Kalkulahin at ilapat ang divisor para sa bin occupancies batay sa atoms/minimal cube
laki. Itakda bilang TRUE para sa visualization at bilang FALSE (-nodiv) upang makakuha ng tumpak na mga bilang
bawat frame

-ign (-1)
Huwag ipakita ang bilang na ito ng mga panlabas na cube (maaaring bawasan ng mga positibong halaga ang hangganan
batik-batik; -1 tinitiyak na nakikita ang panlabas na ibabaw)

-bin (0.05)
Lapad ng mga bin (nm)

-nab (4)
Bilang ng mga karagdagang bin upang matiyak ang wastong paglalaan ng memorya

KILALA MGA ISYU

· Kapag ang inilaan na memorya ay hindi sapat na malaki, maaaring magkaroon ng segmentation fault. Ito ay
kadalasang nakikita at ang programa ay itinitigil bago ang pagkakamali habang nagpapakita ng babala
mensaheng nagmumungkahi ng paggamit ng -nab (Bilang ng mga Karagdagang Bins) na opsyon. Gayunpaman, ang
hindi nakikita ng program ang lahat ng naturang kaganapan. Kung nakatagpo ka ng isang pagkakamali sa segmentation, patakbuhin ito
muli na may tumaas -nab halaga.

Gumamit ng gmx-spatial online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net