gt-cds - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gt-cds - Magdagdag ng mga feature ng CDS (coding sequence) sa mga exon feature na ibinigay sa GFF3 file.

SINOPSIS

gt cds [pagpipilian ...] [GFF3_file]

DESCRIPTION

-minorflen [halaga]
itakda ang pinakamababang haba na dapat idagdag ng isang open reading frame (ORF) bilang isang CDS
feature (sinusukat sa mga amino acid) (default: 64)

-startcodon [oo|hindi]
kailangan kaysa sa isang ORF ay dapat magsimula sa isang panimulang codon (default: hindi)

-finalstopcodon [oo|hindi]
kailangan na ang huling ORF ay dapat magtapos sa isang stop codon (default: hindi)

-seqfile [filename]
itakda ang sequence file kung saan kukunin ang mga sequence (default: undefined)

-encseq [filename]
itakda ang naka-encode na sequence indexname kung saan kukunin ang mga sequence (default:
hindi natukoy)

-seqfiles
itakda ang mga file ng pagkakasunud-sunod kung saan i-extract ang mga feature na ginagamit -- upang wakasan ang listahan
ng sequence files

-matchdesc [oo|hindi]
hanapin ang mga paglalarawan ng pagkakasunud-sunod mula sa mga input file para sa mga nais na sequence ID (sa
GFF3), pag-uulat ng unang laban (default: hindi)

-matchdescstart [oo|hindi]
eksaktong tumutugma sa mga paglalarawan ng pagkakasunud-sunod mula sa mga input file para sa nais na pagkakasunud-sunod
Mga ID (sa GFF3) mula sa simula hanggang sa unang whitespace (default: hindi)

-usedesc [oo|hindi]
gumamit ng mga paglalarawan ng pagkakasunud-sunod upang imapa ang mga sequence ID (sa GFF3) sa aktwal na pagkakasunud-sunod
mga entry. Kung ang isang paglalarawan ay naglalaman ng hanay ng pagkakasunud-sunod (hal., III:1000001..2000000), ang
ang unang bahagi ay ginagamit bilang sequence ID (III) at ang unang hanay na posisyon bilang offset
(1000001) (default: hindi)

-pagmamapa ng rehiyon [pisi]
itakda ang file na naglalaman ng sequence-region sa sequence file mapping (default: undefined)

-v [oo|hindi]
maging verbose (default: hindi)

-o [filename]
i-redirect ang output sa tinukoy na file (default: hindi natukoy)

-gzip [oo|hindi]
isulat ang gzip compressed output file (default: hindi)

-bzip2 [oo|hindi]
isulat ang bzip2 compressed output file (default: hindi)

-puwersa [oo|hindi]
pilitin ang pagsulat sa output file (default: hindi)

-tulong
ipakita ang tulong at paglabas

-version
ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas

Format ng file para sa opsyon -pagmamapa ng rehiyon:

Ang file na ibinigay sa option -regionmapping ay tumutukoy sa isang "mapping". Ang isang pagmamapa ay nagmamapa ng
sequence-region entries na ibinigay sa GFF3_file sa isang sequence file na naglalaman ng
kaukulang pagkakasunod-sunod. Maaaring tukuyin ang mga pagmamapa sa isa sa mga sumusunod na dalawang anyo:

pagmamapa = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

function mapping(sequence_region)
ibalik ang "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
dulo

Ang unang anyo ay tumutukoy sa isang Lua (http://www.lua.org) table na pinangalanang "mapping" na nagmamapa sa bawat isa
sequence region sa kaukulang sequence file. Ang pangalawa ay tumutukoy sa isang function ng Lua
“mapping”, na kailangang ibalik ang sequence file name kapag tinawag ito kasama ng
sequence_region bilang argumento.

Pag-uulat TUMBOK

Mag-ulat ng mga bug sa[protektado ng email]>.

Gumamit ng mga gt-cd online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net