gt-gff3 - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

gt-gff3 - I-parse, posibleng mag-transform, at mag-output ng mga GFF3 file.

SINOPSIS

gt gff3 [pagpipilian ...] [GFF3_file ...]

DESCRIPTION

-uri-uriin [oo|hindi]
pag-uri-uriin ang mga tampok ng GFF3 (ang pagkonsumo ng memorya ay proporsyonal sa laki ng (mga) file ng input)
(default: hindi)

-mga sortline [oo|hindi]
pag-uri-uriin ang mga tampok ng GFF3 sa isang mahigpit na batayan ng linya (hindi inayos ayon sa tinukoy ng GenomeTools)
(default: hindi)

-sortnum [oo|hindi]
paganahin ang natural na pag-uuri ng numero para sa mga sequence na rehiyon (hindi pinagsunod-sunod ayon sa tinukoy ng
GenomeTools) (default: hindi)

-malinis [oo|hindi]
subukang ayusin ang mga GFF3 file habang nag-parse (default: hindi)

-mga retainid [oo|hindi]
kapag available, gamitin ang mga orihinal na ID na ibinigay sa source file (memory consumption
ay proporsyonal sa laki ng (mga) file ng input) (default: hindi)

-checkids [oo|hindi]
siguraduhin na ang mga katangian ng ID ay natatangi sa loob ng saklaw ng bawat GFF3_file, kung kinakailangan
sa pamamagitan ng detalye ng GFF3 (ang pagkonsumo ng memory ay proporsyonal sa laki ng (mga) file ng input).
Kung ang mga feature na may parehong Parent attribute ay hindi pinaghihiwalay ng a # linya ang GFF3
Sinusubukan ng parser na ituring ang mga ito bilang isang tampok na multi-line. Nangangailangan ito ng hindi bababa sa pagtutugma
mga sequence ID at uri. (default: hindi)

-mga addids [oo|hindi]
awtomatikong magdagdag ng nawawalang "##sequence-region" na mga linya (default: oo)

-ayusin ang mga hangganan ng rehiyon [oo|hindi]
awtomatikong isaayos ang mga linyang "##sequence-region" para maglaman ng lahat ng feature nito (memory
ang pagkonsumo ay proporsyonal sa laki ng (mga) file ng input) (default: hindi)

-mga addintron [oo|hindi]
magdagdag ng mga feature ng intron sa pagitan ng mga kasalukuyang feature ng exon (default: hindi)

-offset [halaga]
baguhin ang lahat ng mga tampok sa pamamagitan ng ibinigay na offset

-offsetfile [filename]
baguhin ang lahat ng mga tampok sa pamamagitan ng mga offset na ibinigay sa file (default: hindi natukoy)

-setsource [pisi]
itakda ang pinagmulan value (2nd column) ng bawat feature (default: undefined)

-typecheck [pisi]
gumamit ng ontology na ibinigay sa isang OBO file upang patunayan ang mga relasyon ng magulang-anak. Kung hindi
ibinigay ang argumento, ginagamit ang sofa.obo file mula sa direktoryo ng gtdata/obo_files. Kung
ang isang argumento ay ibinigay, ito ay ginagamit bilang isang OBO filename. Sa kaso na ginagawa ng naturang file
hindi umiiral .obo ay idinagdag sa argumento at nilo-load ang resultang filename mula sa
Sinubukan ang direktoryo ng gtdata/obo_files. (default: hindi natukoy)

-xrfcheck [pisi]
suriin ang mga katangian ng Dbxref at Ontology_term para sa tamang syntax ayon sa a
abbreviation file ng kahulugan. Kung walang ibinigay na argumento, ang GO.xrf_abbs file mula sa
gtdata/xrf_abbr direktoryo ay ginagamit. Kung ang isang argumento ay ibinigay, ito ay ginagamit bilang isang tiyak
filename para sa abbreviation file. Sa kaso na walang ganoong file,
.xrf_abbr ay idinagdag sa argumento at nilo-load ang resultang filename mula sa
Sinubukan ang direktoryo ng gtdata/xrf_abbr. (default: hindi natukoy)

-palabas [oo|hindi]
ipakita ang output ng GFF3 (default: oo)

-v [oo|hindi]
maging verbose (default: hindi)

-bandwidth [halaga]
itakda ang lapad ng output para sa FASTA sequence printing (0 hindi pinapagana ang pag-format) (default: 0)

-o [filename]
i-redirect ang output sa tinukoy na file (default: hindi natukoy)

-gzip [oo|hindi]
isulat ang gzip compressed output file (default: hindi)

-bzip2 [oo|hindi]
isulat ang bzip2 compressed output file (default: hindi)

-puwersa [oo|hindi]
pilitin ang pagsulat sa output file (default: hindi)

-tulong
ipakita ang tulong at paglabas

-version
ipakita ang impormasyon ng bersyon at lumabas

Format ng file para sa opsyon -offsetfile:

Ang file na ibinigay sa opsyon -offsetfile tumutukoy sa isang talahanayan ng pagmamapa na pinangalanang "mga offset". Nagmapa ito
ang mga entry sa sequence-region na ibinigay sa GFF3_file sa mga offset. Maaari itong tukuyin bilang
sumusunod:

mga offset = {
chr1 = 1000,
chr2 = 500
}

Kapag ginamit ang halimbawang ito, ang lahat ng feature na may seqid na "chr1" ay ma-offset ng 1000 at lahat
mga feature na may seqid na "chr2" ng 500.

If -offsetfile ay ginagamit, mga offset para sa lahat ng sequence-rehiyon na nasa ibinigay na GFF3 file
dapat tukuyin.

Pag-uulat TUMBOK

Mag-ulat ng mga bug sa[protektado ng email]>.

Gamitin ang gt-gff3 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net