infernal - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

Infernal - pagsusuri ng sequence gamit ang mga profile ng RNA sequence at pangalawang istraktura
pinagkaisahan

SINOPSIS

cmalign
I-align ang mga sequence sa isang covariance model

cmbuild
Bumuo ng (mga) modelo ng covariance mula sa structurally annotated RNA multiple sequence
(mga) pagkakahanay

cmcalibrate
Pagkasyahin ang mga exponential tails para sa covariance model E-value determination

cmconvert
I-convert ang mga file ng modelo ng Infernal covariance

cmemit
Mga sample na sequence mula sa isang covariance model

cmfetch
Kunin ang (mga) modelo ng covariance mula sa isang file

cmpress
Maghanda ng covariance model database para sa cmscan

cmscan
(mga) sequence ng paghahanap laban sa database ng modelong covariance

cmsearch
Maghanap ng (mga) modelo ng covariance laban sa isang database ng sequence

cmstat
buod ng mga istatistika para sa isang covariance model file

DESCRIPTION

Ang Infernal ay isang suite ng ilang mga programa para sa structural RNA sequence alignment at database
paghahanap ng homology. Gumagamit ito ng mga probabilistikong modelo na tinatawag na "mga modelo ng covariance" (CMs) upang
kumakatawan sa malamang na evolutionary homologs ng isang maramihang pagkakahanay (o solong pagkakasunod-sunod) ng
isang structural RNA sequence family.

Kasama ang database ng Rfam ng mga pamilyang RNA at mga nauugnay na CM
(http://rfam.sanger.ac.uk), Maaaring gamitin ang Infernal upang i-annotate ang mga homolog ng kilalang istruktura
Mga pamilyang RNA sa mga genome.

Ang Infernal ay malapit na nauugnay sa HMMER software suite para sa pagkakasunud-sunod na pagsusuri ng pamilya gamit
profile HMMs (http://hmmer.org), ngunit partikular na idinisenyo para sa pagkakasunud-sunod ng istruktura ng RNA
mga pamilya. Bilang karagdagan sa pagmomodelo sa natipid na pagkakasunud-sunod ng isang pamilya tulad ng ginagawa ng mga profile HMM,
Itinulad ng mga CM ang pang-imbak, well-nested (hindi pseudoknotted) pangalawang istraktura ng pamilya bilang
mabuti. Dahil dito, medyo computationally ang mga paraan ng paghahanap at pag-align ng CM
mahal. Ang Infernal ay gumagamit ng mga profile HMM bilang mga filter at para sa pagkuha ng mga hadlang upang gawin ang
Ang mga pamamaraan ng CM ay mas praktikal.

Ang Infernal ay ginagamit sa tatlong pangunahing mga mode: upang maghanap ng sequence database para sa mga bagong homolog ng isang
RNA family (o i-annotate ang mga homolog sa isang genome); upang maghanap ng isang database ng CM (tulad ng Rfam) upang mahanap
kung saan kabilang sa kilalang pamilya ang pagkakasunod-sunod ng query; at upang awtomatikong bumuo ng malaki
maraming alignment (ibig sabihin, may epektibong walang limitasyong bilang ng mga sequence) gamit ang isang CM
kinatawan ng isang sequence family.

Ipagpalagay na mayroon kang isang structurally annotated na multiple sequence alignment ng isang RNA sequence
pamilya ng interes, at gusto mong maghanap ng sequence database para sa mga karagdagang homolog.
Ang cmbuild Ang programa ay bumubuo ng (mga) modelo ng covariance mula sa maramihang (mga) pagkakahanay at cmcalibrate
tinutukoy ang mahahalagang parameter para sa pagtatantya ng istatistikal na kahalagahan ng database
mga hit sa modelo sa mga kasunod na paghahanap.

Ang cmsearch Hinahanap ng program ang (mga) CM laban sa isang database ng sequence.

Ipagpalagay na mayroon kang (mga) sequence na gusto mong suriin gamit ang isang Infernal-based na database ng CM
tulad ni Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). Ang cmpress Ang programa ay nag-format ng isang modelo ng covariance
(tulad ng file na iyong ida-download mula sa Rfam) sa isang Infernal binary database. Ang
cmscan Ang program ay naghahanap ng (mga) sequence laban sa database na iyon.

Ipagpalagay na gusto mong ihanay ang maraming sequence. Maaari kang bumuo ng isang pamahalaang maliit
structural alignment ng isang kinatawan na hanay ng mga sequence, bumuo ng isang CM na may cmbuild, at
gamitin ang cmalign program upang ihanay ang anumang bilang ng mga sequence sa CM na iyon.

Kasama rin sa Infernal ang ilang mga pantulong na tool para sa pagtatrabaho sa malalaking database ng CM. cmfetch
kumukuha ng isa o higit pang mga CM mula sa isang database. cmstat nagpi-print ng mga istatistika ng buod tungkol sa isang CM
file.

Para sa pagiging tugma sa mga nakaraang bersyon ng Infernal, pati na rin sa HMMER, ang cmconvert
Ang programa ay nagko-convert ng mga CM file sa ilang iba pang mga format.

Ang cmemit ang program ay bumubuo (naggaya) ng mga "homologous" na sequence sa pamamagitan ng sampling mula sa isang CM. Ito
maaari ding bumuo ng isang "consensus" sequence.

Ang bawat programa ay may sariling man page.

Gumamit ng infernal online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net