libscane - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

libscan - Mga diagnostic na paghahanap para sa mga pamilya ng protina.

SINOPSIS

libscan -mode listahan -grib boolean -henik boolean -hmm boolean -sam boolean -pssm boolean
-sig boolean -hmmpath pisi -hmmextn pisi -hmmoutpath pisi -hmmoutextn pisi
-sampath pisi -samextn pisi -samoutpath pisi -samoutextn pisi
-pssmpath pisi -pssmextn pisi -niter kabuuan -giik lumutang -maxhit kabuuan
-pssmoutpath pisi -pssmoutextn pisi -gbvpath pisi -gbvextn pisi
-gbvgapo lumutang -gbvgape lumutang -gbvoutpath pisi -gbvoutextn pisi
-hnfpath pisi -hnfextn pisi -hnfgapo lumutang -hnfgape lumutang -hnfoutpath pisi
-hnfoutextn pisi -sipath pisi -sigextn pisi -nterm listahan -sub matrixf
-siggapo lumutang -siggape lumutang -sigoutpath pisi -sigoutextn pisi -db seqset
-scopf infile

libscan -tulong

DESCRIPTION

libscan ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Protein:3D Structure".

Opsyon

-mode listahan
Ang libscan ay tumatakbo sa isa sa dalawang mode alinman sa (i) database search mode o (ii) library
screen mode. Sa database search mode, binabasa ng libscan ang isa o higit pang mga direktoryo bawat isa
na naglalaman ng iisang uri ng elementong nagdidiskrimina, ang mga pinahihintulutang uri ay kalat-kalat
sequence signature, Gribskov profile, Henikoff profile o nakatagong Markov model. Sa
library screen mode, binabasa ng libscan ang isang sequence set, sina-screen ang bawat sequence laban sa
library (mga direktoryo ng mga elementong nagpapakita ng kaibhan) at nagsusulat ng file scan ng library (ng
mga pamilyang may pinakamataas na marka) para sa bawat isa. Default na halaga: 2

-grib boolean
Default na halaga: N

-henik boolean
Default na halaga: N

-hmm boolean
Default na halaga: N

-sam boolean
Default na halaga: N

-pssm boolean
Default na halaga: Y

-sig boolean
Default na halaga: N

-hmmpath pisi
Default na halaga: ./lib/

-hmmextn pisi
Default na halaga: .hmm

-hmmoutpath pisi
Default na halaga: ./

-hmmoutextn pisi
Default na halaga: .hmmout

-sampath pisi
Default na halaga: ./

-samextn pisi
Default na halaga: .mod

-samoutpath pisi
Default na halaga: ./

-samoutextn pisi
Default na halaga: .samout

-pssmpath pisi
Default na halaga: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn pisi
Default na halaga: .chk

-niter kabuuan
Default na halaga: 1

-giik lumutang
Default na halaga: 100

-maxhit kabuuan
Default na halaga: 1000

-pssmoutpath pisi
Default na halaga: ./

-pssmoutextn pisi
Default na halaga: .pssmout

-gbvpath pisi
Default na halaga: ./

-gbvextn pisi
Default na halaga: .grib

-gbvgapo lumutang
Default na halaga: 10.0

-gbvgape lumutang
Default na halaga: 0.5

-gbvoutpath pisi
Default na halaga: ./

-gbvoutextn pisi
Default na halaga: .gribout

-hnfpath pisi
Default na halaga: ./

-hnfextn pisi
Default na halaga: .henik

-hnfgapo lumutang
Default na halaga: 10.0

-hnfgape lumutang
Default na halaga: 0.5

-hnfoutpath pisi
Default na halaga: ./

-hnfoutextn pisi
Default na halaga: .henikout

-sipath pisi
Default na halaga: ./

-sigextn pisi
Default na halaga: .sig

-nterm listahan
Default na halaga: 1

-sub matrixf
Default na halaga: EBLOSUM62

-siggapo lumutang
Default na halaga: 10.0

-siggape lumutang
Default na halaga: 0.5

-sigoutpath pisi
Default na halaga: ./

-sigoutextn pisi
Default na halaga: .sigout

-db seqset
Sa mode ng paghahanap ng database, ini-scan ng libscan ang bawat elementong nagpapakita ng kaibhan laban sa isang sequence
itakda. Sa library screen mode, binabasa ng libscan ang isang sequence set at sina-screen ang bawat sequence
laban sa silid-aklatan (mga direktoryo ng mga elementong nagdidiskrimina) Default na halaga: 49142.vdhf

-scopf infile
Sa alinmang mode, kinakailangan ang isang 'scop classification file' bilang pinagmumulan ng pamilya
data ng pag-uuri. Ang isang scop classification file ay naglalaman ng classification at iba pang data
para sa mga domain mula sa scop database. Ang file ay nasa embl-like na format at nabuo
sa pamamagitan ng scopparse. Maaaring idagdag ang impormasyon ng pagkakasunud-sunod ng domain sa file sa pamamagitan ng paggamit ng scopseqs.
Default na value: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Gumamit ng libscane online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net