mincstats - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mincstats - kalkulahin ang mga simpleng istatistika sa mga voxel ng isang minc file

SINOPSIS

mincstats [ ] .mnc

DESCRIPTION

Mincstats kakalkulahin ang mga simpleng istatistikal na sukat sa lahat ng voxel ng isang minc file.
Tandaan na ang mga ito ay pandaigdigang istatistikal na mga panukala at hindi voxel-by-voxel na mga panukala (tingnan ang
mincaverage para doon). Bilang default, kinakalkula ang lahat ng istatistika. Kung mayroon mang mga istatistika
hiniling sa pamamagitan ng isang command-line na opsyon, pagkatapos ay ang hiniling na mga istatistika lamang ang ipi-print.

Ang isang napaka-kapaki-pakinabang na tampok ng program na ito ay ang kakayahang paghigpitan ang hanay ng mga voxel
kasama sa pagkalkula ng istatistika, alinman sa pamamagitan ng paghihigpit sa hanay ng mga kasamang halaga,
o sa pamamagitan ng paggamit ng mask file na may restricted range. Maramihang mga saklaw para sa input file o
maaaring tukuyin ang mask file. Para sa bawat hanay ng mga kasamang halaga ng volume, at para sa bawat hanay
ng mga halaga ng mask, ang mga nauugnay na istatistika ay naka-print out (mga halaga ng n*m, kung saan ang n ay ang numero
ng mga hanay ng volume at m ang bilang ng mga hanay ng mask). Ang mga kalkulasyon na ito ay ginagawa sa isang solong
dumaan sa data, kaya ang pagtukoy ng maraming hanay ay mas mabilis kaysa sa pagpapatakbo ng
programa nang paulit-ulit. Ito ay lubos na nakakatulong kapag kinakalkula ang maraming mga rehiyonal na average na may a
Dami ng VOI mask.

Espesyal na pagbanggit ay dapat ibigay sa histograms at mga kaugnay na istatistikal na mga panukala. Ang
Ang default na hanay ng histogram ay mula sa pinakamaliit na halaga sa file hanggang sa pinakamalaki. Sa
ang hindi pangkaraniwan, ngunit espesyal, kaso kapag ang bilang ng mga histogram bin ay eksaktong tumutugma sa
bilang ng mga posibleng value sa file (hal. 256 bins para sa full-range na byte data), ang
Ang histogram ay maaaring magkaroon ng ilang kakaibang feature kapag ginagamit ang default na hanay ng histogram. Ito
lumitaw mula sa discretization ng data na pagkatapos ay rebinned sa isang bahagyang
hindi tugmang histgram. Para sa halimbawa ng byte data, ang mga value na dapat gamitin ay 256
bins at isang histogram range na umaabot sa kalahating bin sa ibaba ng pinakamaliit na halaga at kalahating bin
sa itaas ng pinakamalaki. Gamitin ang opsyon -discrete_histogram upang awtomatikong gawin ito, o gamitin
-integer_histogram upang magkaroon ng mga bin ng lapad ng unit kung ang input data ay likas na integer
(hal. data ng label). Sa pangkalahatan, dapat na maging maingat ang isa tungkol sa rebinning ng discretized
data sa isang histogram na may laki ng bin na malapit sa antas ng discretization.

Opsyon

Tandaan na ang mga opsyon ay maaaring tukuyin sa pinaikling anyo (hangga't ang mga ito ay natatangi) at
maaaring ibigay kahit saan sa command line. Ang pagkakasunud-sunod kung saan naka-print ang mga istatistika
ay palaging magiging pareho anuman ang pagkakasunud-sunod kung saan sila hinihiling sa
command line

Pangkalahatan pagpipilian

- clobber
I-overwrite ang isang umiiral na file.

-noclobber
Huwag i-overwrite ang isang umiiral na file (default).

-salita
Mag-print ng karagdagang impormasyon (higit sa default).

-tahimik I-print lamang ang mga hiniling na numero

-max_buffer_size_in_kb laki
Tukuyin ang maximum na laki ng mga panloob na buffer (sa kbytes). Ang default ay 4 MB.

Walang bisa halaga pagpipilian

-ignore_nan
Ibukod ang mga di-wastong halaga (sa labas ng wastong saklaw) mula sa mga kalkulasyon ng istatistika. Ito ay
ang default.

-isama ang_nan
Tratuhin ang mga di-wastong halaga bilang mga zero at isama ang mga ito sa mga kalkulasyon ng istatistika.

-palitan_nan halaga
Palitan ang mga di-wastong halaga ng tinukoy na halaga at isama ang bagong halaga sa
mga kalkulasyon ng istatistika.

Dami saklaw pagpipilian

-palapag min1,min2, ...
Listahan ng mga lower bound na pinaghihiwalay ng kuwit para sa mga hanay ng data na isasama sa istatistika
pagkalkula.

-kisame max1,max2, ...
Listahan ng mga upper bound na pinaghihiwalay ng kuwit para sa mga hanay ng data na isasama sa istatistika
pagkalkula.

-bago min1,max1,min2,max2, ...
Listahan ng mga lower at upper bounds na pinaghihiwalay ng kuwit para sa mga saklaw ng data na isasama
pagkalkula ng istatistika.

-binvalue Val1,Val2, ...
Listahan ng mga integer value na pinaghihiwalay ng kuwit na isasama sa pagkalkula ng istatistika. Isang hanay
ng +/- 0.5 ay tinukoy sa paligid ng bawat tinukoy na halaga.

-maskara filename.mnc
Pangalan ng file na gagamitin para sa pag-mask ng data na kasama sa pagkalkula ng istatistika. Para sa
ito upang magkaroon ng anumang epekto, dapat kang tumukoy ng hanay ng maskara sa isa sa mga sumusunod
mga pagpipilian.

-mask_floor min1,min2,...:
katulad -palapag, ngunit inilapat sa mask file.

-mask_ceil max1,max2, ...
katulad -kisame, ngunit inilapat sa mask file.

-mask_range min1,max1,min2,max2, ...
katulad -bago, ngunit inilapat sa mask file.

-mask_binvalue Val1,Val2, ...
katulad -binvalue, ngunit inilapat sa mask file.

Histogram pagpipilian

-histogram filename
Tukuyin ang pangalan ng isang file kung saan nakasulat ang histogram. Kung maramihang mga saklaw
o ang mga hanay ng mask ay tinukoy, pagkatapos ang lahat ng histogram ay nakasulat sa file na ito,
pinaghihiwalay ng mga blangkong linya. Ang impormasyon na naglalarawan sa bawat histogram ay nakasulat bago
ito sa mga linya na nagsisimula sa hash (pound) na karakter. Maaaring i-load ang mga file na ito
sa gnuplot.

-hist_bins number-of-bins
Tukuyin ang bilang ng mga bin sa histogram.

-mga basurahan number-of-bins
kasingkahulugan ng -hist_bins.

-hist_floor minuto
Tukuyin ang lower bound para sa histogram.

-hist_ceil max
Tukuyin ang upper bound para sa histogram.

-hist_range minuto max
Tumukoy ng hanay para sa histogram

-integer_histogram
Lumikha ng mga bin ng lapad ng unit, na nakasentro sa mga halaga ng integer. Ito ay kapaki-pakinabang para sa
integer data tulad ng mga label. Ang hanay ng histogram ay bilugan sa pinakamalapit na integer,
pagkatapos ay ang min ay binabaan at ang max ay itinaas ng 0.5. Ang bilang ng mga bin ay kinuha
bilang pagkakaiba ng dalawang halagang ito. Tandaan na ang 0.01 ay idinaragdag sa pinakamababa at
ibinawas mula sa maximum bago ang rounding upang matiyak na a
ang wastong tinukoy na hanay (hal. [0.5,255.5]) ay napanatili. Kung gusto mong magkaroon
mga integer bin na mas malawak kaysa sa isa, kakailanganin mong gawin ang hanay ng histogram
at bilang ng mga bin sa iyong sarili at huwag gamitin ang opsyong ito.

-discrete_histogram
Subukang itugma ang histogram sa discretization ng input data. Ito ay
naaangkop para sa tuluy-tuloy na data na nakaimbak sa isang integer na representasyon at
kapag ninanais ang lapad ng bin malapit sa discretization. Ito ay katulad ng
-integer_histogram, maliban na ang hanay ng histogram ay unang na-convert sa voxel
mga value na bilugan at pinalawak ng kalahating bin sa magkabilang panig. Ang bagong voxel na ito
Ang saklaw ay iko-convert pabalik sa mga tunay na halaga. Ang bilang ng mga bin ay kinuha bilang ang
pagkakaiba sa hanay ng halaga ng voxel. Tandaan na hindi nito isinasaalang-alang ang mga pagkakaiba-iba
sa slice-to-slice scaling, kaya maaaring mangyari pa rin ang mga kakaibang epekto ng histogram. Ang pagpipiliang ito ay
nilayon upang magbigay ng pag-uugali na katulad ng sa volume_stats.

-int_max_bins number-of-bins
Tukuyin ang pinakamalaking histogram na maaaring awtomatikong sukatin sa itaas
mga pagpipilian. Pinipigilan ng limitasyon ang hindi sinasadyang paglikha ng malalaking histogram. Ang pagpipiliang ito
pinalitan ang luma -max_bins opsyon sa MINC 1.1.

Basic istatistika

-lahat Kalkulahin ang lahat ng mga istatistikal na sukat. Ito ang default.

-Hindi kasingkahulugan ng -bilang (para sa pagkakatulad sa volume_stats). Tandaan na kahit na ito ay
kinakailangan para sa volume_stats, hindi ito kailangan dito, dahil tinukoy ang alinman sa mga ito
awtomatikong na-off ang mga opsyon -lahat

-bilang Bilangin ang bilang ng mga voxel na nasa saklaw at mask.

-perensiya
I-print ang porsyento ng mga voxel sa loob ng hanay at mask

-volume
I-print ang volume ng mga voxel sa loob ng range at mask (sa mm-cubed).

-min I-print ang pinakamababang halaga.

-max I-print ang maximum na halaga.

-sum I-print ang kabuuan ng lahat ng mga halaga.

-sum2 I-print ang kabuuan ng mga parisukat ng lahat ng mga halaga.

- ibig sabihin I-print ang ibig sabihin.

-pagkaiba
I-print ang pagkakaiba.

-stddev
I-print ang standard deviation.

-pagkahilig
I-print ang sample skewness (ika-3 sandali) .

-kurtosis
I-print ang sample kurtosis (ika-4 na sandali) .

-CoM I-print ang sentro ng masa. Parehong ang voxel coordinate at ang world coordinate ay
nakalimbag. Ang voxel coordinate ay naka-print sa file order, habang ang mundo
ang mga coordinate ay naka-print sa x,y,z order.

-com kasingkahulugan ng -CoM.

-mundo_lamang
I-print ang sentro ng masa sa mga coordinate ng mundo lamang.

Histogram istatistika

Tandaan na ang mga istatistika ng histogram ay nagmula lamang sa mga bilang ng histogram at bin
center, kaya ang mga resulta tulad ng median ay hindi magiging eksaktong kapareho ng tunay na halaga para sa
lahat kasama voxels. Halimbawa, ang error sa median ay maaaring kasing laki ng kalahating bin
lapad. Higit pa rito, kung ang hanay ng histogram ay mas mababa kaysa sa mga kasamang voxel, kung gayon ang
nalalapat lang ang resulta sa mga voxel na kasama sa histogram.

-hist_count
I-print ang bilang ng mga voxel sa histogram. Maaaring iba ito sa bilang ng
kasama at nakamaskara na mga voxel kung ang hanay ng histogram ay mas mababa sa hanay ng
kasamang datos.

-hist_percent
Ang porsyento ng pag-print ng mga voxel na kasama sa histogram.

-panggitna
I-print ang histogram median.

-karamihan
I-print ang bin center (intensity value) para sa bin na may pinakamaraming bilang.

-biModalT
I-print ang bi-modal threshold na naghihiwalay sa volume sa dalawang klase Ang default ay
para gamitin ang paraan ng otsu (tingnan ang mga opsyon sa ibaba)

-otsu Gamitin ang pamamaraang inilarawan sa Otsu N, "Isang Pamamaraan sa Pagpili ng Threshold mula sa antas ng Grey
Histograms", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 hanggang
kalkulahin ang threshold

-kittler
Gamitin ang Kittler&Illingworth '86 algorithm upang kalkulahin ang para sa bimodal threshold.
Kittler, J. & Illingworth J., "Minimum na error thresholding", Pattern Recognition,
tomo 19, pp 41-47, 1986.

-kapur Gamitin ang Kapur et al. '85 algorithm upang kalkulahin ang bimodal threshold. Kapur,
Sahoo & Wong "Isang bagong paraan para sa Grey-level na thresholding ng larawan gamit ang entropy ng
ang histogram", Computer Vision, Graphics, at Image Processing, vol 29, pp
273-285, 1985.

-simple
Gumamit ng simpleng mean-of-means algorithm para kalkulahin ang bimodal threshold Ito ay higit pa
computationally mahal kaysa sa ilan sa mga alternatibo, at hindi mukhang gawin a
mahusay na trabaho. Ngunit ito ay tila mas matatag kaysa sa ilan sa iba pang mga pamamaraan.

-pctT I-print ang threshold na kailangan para sa isang partikular na kritikal na porsyento ng histogram.

-entropy
I-print ang Shannon entropy.

H(x) = - Sum(P(i) * log2(P(i))

kung saan ang P(i) ay ang bin probability

Panlahat pagpipilian para lahat utos:

-tulong I-print ang buod ng mga opsyon sa command-line at paglabas.

-version
I-print ang numero ng bersyon ng programa at lumabas.

Gumamit ng mincstats online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net