InglesPransesEspanyol

Ad


OnWorks favicon

miniasm - Online sa Cloud

Magpatakbo ng miniasm sa OnWorks na libreng hosting provider sa Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

Ito ang command miniasm na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

PROGRAMA:

NAME


miniasm - de novo assembler para sa mga sequence ng mahabang pagbasa

SINOPSIS


miniasm [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f readFile] [-n
nRounds] [-r dropRatio] [-F panghulingDropRatio] [-p outputInfo] pagmamapa.paf > output.gfa

DESCRIPTION


Ang Miniasm ay isang napakabilis na OLC-based na de novo assembler para sa maingay na mahabang pagbabasa. Kailangan lahat-vs-
lahat ay nagbabasa ng mga self-mapping sa PAF na format bilang input at naglalabas ng assembly graph sa GFA
pormat. Iba sa mga mainstream assembler, ang miniasm ay walang consensus step. Ito
pinagsasama-sama lang ang mga piraso ng read sequence para makabuo ng final unitig sequence. Sa gayon
ang per-base error rate ay katulad ng raw input reads.

Opsyon


Preelection pagpipilian
-m Int I-drop ang mga pagmamapa na may mas mababa sa Int pagtutugma ng mga base (col10 sa PAF) [100]. Ito
ang opsyon ay may parehong papel bilang -L ng minimap.

-s Int I-drop ang mga mapping na mas maikli kaysa Int-bp [1000]. Ang pagpipiliang ito ay nakakaapekto rin sa pangalawa
round ng read filtering at minimal na overlap na haba.

-i Lumutang Sa panahon ng read filtering, huwag pansinin ang mga mapping na may col10/col11 sa ibaba Lumutang [0.05].
Ginagamit pa rin ang mga hindi pinapansin na pagmamapa para sa mga read overlap.

-c Int Minimal na saklaw ng iba pang mga nabasa [3]. Sa unang round ng pagsala, miniasm
hinahanap ang pinakamahabang rehiyon na sakop ng Int o higit pang mga nabasa. Sa ikalawang round, ito
sa karagdagan ay nangangailangan ng bawat natitirang base na sakop ng Int base man lang
minSpan/2 mula sa dulo ng iba pang mga babasahin.

magkasanib-sanib pagpipilian
-o Int Minimal na haba ng overlap [katulad ng minSpan]

-h Int Pinakamataas na haba ng overhang [1000]. Ang overhang ay isang hindi naka-map na rehiyon na dapat
nakamapang binigyan ng totoong overlap o totoong containment. Kung ang overhang ay masyadong mahaba,
ang pagmamapa ay itinuturing na isang panloob na tugma at hindi papansinin.

-I Lumutang Minimal na ratio ng haba ng pagmamapa sa pagmamapa+haba ng overhang para sa isang pagmamapa
itinuturing na isang containment o isang overlap [0.8]. Ang opsyon na ito ay may katulad na tungkulin sa
-h, maliban na kinokontrol nito ang ratio, hindi ang haba.

Talangguhit kaayusan pagpipilian
-g Int Pinakamataas na pagkakaiba sa pagitan ng dalawang pagbabasa sa isang pagmamapa [1000]. Ang parameter na ito ay
ginagamit lamang para sa transitive reduction.

-d Int Pinakamataas na probing distance para sa bubble popping [50000]. Ang mga bula ay mas mahaba kaysa sa Int
ay hindi papatok.

-e Int Ang isang unitig ay itinuturing na maliit kung ito ay binubuo ng mas mababa sa Int nagbabasa [4].
Maaaring subukan ng miniasm na alisin ang maliliit na unitig sa iba't ibang hakbang.

-f FILE Basahin ang sequence file sa FASTA o FASTQ na format para sa pagbuo ng mga unitig sequence
[wala]. Kung wala ang opsyong ito, ang miniasm ay gumagawa ng isang GFA na output nang wala
pagkakasunud-sunod.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
Max at min overlap drop ratio [0.7,0.5]. Hayaan ang overlap(v->w) ang overlap
haba ng gilid v->w at maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} ang haba ng pinakamalaki
magkakapatong. Miniasm drop overlap v->w kung overlap(v->w)/maxovlp(v) ay nasa ibaba ng
threshold na kinokontrol ng opsyong ito. Nalalapat ang miniasm nRounds rounds ng maikling
overlap na pag-alis na may tumataas na threshold sa pagitan FLOAT1 at FLOAT2.

-n Int Mga round ng maikling overlap na pagtanggal [3].

-F Lumutang Overlap drop ratio threshold pagkatapos ng maikling pag-alis ng unitig [0.8]

sari-sari pagpipilian
-b Ipahiwatig na sa input, ang parehong pagmamapa ay malamang na ibigay nang dalawang beses

-1 Laktawan ang unang round ng pre-assembly read selection

-2 Laktawan ang ikalawang round ng pre-assembly read selection

-p STR Impormasyon at format ng output [ug]. Maaari STR ang mga halaga ay kinabibilangan ng - kama: post-
na-filter na read region sa BED na format; paf: mga pagmamapa sa pagitan ng post-filter
bumabasa; sg: basahin ang overlap na graph sa format na GFA; ug: unitig graph sa GFA
format.

-V I-print ang numero ng bersyon sa stdout

INPUT FORMAT


Binabasa ng miniasm ang mga posisyon sa pagmamapa sa Pairwise mApping Format (PAF), na isang TAB-
delimited text format na may bawat linya na binubuo ng hindi bababa sa 12 field gaya ng inilalarawan sa
sumusunod na talahanayan:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
Siyauripaglalarawan
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ string │ Pangalan ng sequence ng query │
│ 2 │ int │ Haba ng sequence ng query │
│ 3 │ int │ Query start coordinate (0-based) │
│ 4 │ int │ Query end coordinate (0-based) │
│ 5 │ char │ `+' kung query at target sa parehong strand; `-' kung kabaligtaran │
│ 6 │ string │ Pangalan ng sequence ng target │
│ 7 │ int │ Target na haba ng sequence │
│ 8 │ int │ Target start coordinate sa orihinal na strand │
│ 9 │ int │ Target end coordinate sa orihinal na strand │
│ 10 │ int │ Bilang ng mga tumutugmang base sa pagmamapa │
│ 11 │ int │ Mga base ng numero, kabilang ang mga puwang, sa pagmamapa │
│ 12 │ int │ Kalidad ng pagmamapa (0-255 na may 255 para sa nawawala) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Mangyaring tingnan ang minimap(1) para sa detalyadong paglalarawan ng bawat field.

oUTPUT FORMAT


Inilalabas ng miniasm ang assembly sa Graphical Fragment Assembly format (GFA). Ito ay isang
line based na TAB-delimited na format, na ang nangungunang titik ay nagpapahiwatig ng uri ng linya.
Ang sumusunod na talahanayan ay nagbibigay ng mga uri ng linya na ginagamit ng miniasm:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
LinyaKomentoNakapirmi patlang
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
│ H │ Header │ N/A │
│ S │ Segment │ segName segSeq │
│ L │ Overlap │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Golden path │ utgName utgStart readName:start-end readOri haba │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘

Gumamit ng miniasm online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net


Mga Libreng Server at Workstation

Mag-download ng Windows at Linux apps

Linux command

Ad