Ito ang Linux app na pinangalanang GapFiller na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang GapFiller-1.1.1.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang GapFiller sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
GapFiller
Ad
DESCRIPTION
Ang GapFiller ay isang seed-and-extend na lokal na assembler upang punan ang puwang sa loob ng mga ipinares na pagbabasa.
Maaari itong magamit para sa parehong DNA at RNA at ito ay nasubok sa data ng Illumina.
Maaaring gamitin ang GapFiller sa tuwing bubuoin ang isang sequence simula sa mga reads na nakalatag sa mga dulo nito, kung may maluwag na pagtatantya ng haba ng sequence.
Mga tampok
- Sinusuportahang format ng pag-input: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- Lubos na nako-customize na mga parameter ng pagpupulong
- Posibilidad na tukuyin ang iba't ibang mga dataset para sa seeding at assembly
- Posibilidad na mag-imbak ng impormasyon ng layout (basahin ang posisyon at oryentasyon sa loob ng mga naka-assemble na contigs)
Interface ng gumagamit
Command-line
Wika ng Programming
C + +
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/gapfiller/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
