Ito ang Linux app na pinangalanang QUAST na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang quast-5.0.2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang QUAST sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
QUAST
DESCRIPTION
Ang QUAST ay nagsasagawa ng mabilis at maginhawang pagsusuri sa kalidad at paghahambing ng mga genome assemblies.
Kinuwenta ng QUAST ang ilang kilalang sukatan, kabilang ang contig accuracy, bilang ng mga gene na natuklasan, N50, at iba pa, pati na rin ang pagpapakilala ng mga bago, tulad ng NA50 (tingnan ang mga detalye sa papel at sa manual). Ang isang komprehensibong pagsusuri ay nagreresulta sa mga talahanayan ng buod (sa plain text, tab-separated at LaTeX na mga format) at mga makukulay na plot. Gumagawa din ang tool ng mga ulat na nakabatay sa web na pinagsasama-sama ang lahat ng impormasyon sa isang madaling i-navigate na file.
Ang QUAST ay may intuitive na command-line interface at isang detalyadong manual upang matulungan ang mga user na patakbuhin ito at maunawaan ang output nito. Higit pa rito, nagsimula ang Lab ng Beta na bersyon ng web-QUAST sa http://quast.bioinf.spbau.ru/ na ginagawang mas simple ang pagsusuri sa kalidad.
Ang mga papel na QUAST at MetaQUAST (extension para sa metagenomic assemblies) ay nai-publish sa Bioinformatics.
Mga tampok
- web-based na mga ulat, mga talahanayan sa plain txt, tab-separated at LaTeX na mga format
- makulay na mga plot at histogram
- pagsusuri ng kalidad na may at walang reference na genome
- pagsusuri ng kalidad ng mga metagenomic na pagtitipon
- interactive contig browser
Audience
Agham/Pananaliksik, Mga Developer, Mga End User/Desktop
Interface ng gumagamit
Nakabatay sa web, Command-line
Wika ng Programming
Python, JavaScript
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/quast/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.