Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_biofetch_genbank_proxyp komutudur.
Program:
ADI
bp_biofetch_genbank_proxy.pl - GenBank için BioFetch uyumlu web proxy'sini önbelleğe alma
SİNOPSİS
Bir Web sunucusunun cgi-bin dizinine kurun. Geri çekil.
TANIM
Bu CGI betiği, aşağıdaki bölümde açıklandığı gibi BioFetch protokolünün sunucu tarafı olarak işlev görür.
http://obda.open-bio.org/Specs/. Biri veri için olmak üzere iki veritabanı erişim hizmeti sağlar
kaynak "genbank" (nükleotid girişleri) ve diğeri veri kaynağı "genpep" (protein
girdileri).
Bu komut dosyası, isteklerini şu adreste yaşayan NCBI'nin eutils komut dosyasına ileterek çalışır.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. Daha sonra çıktıyı yeniden biçimlendirir
BioFetch formatına göre diziler tarafından işlenebilir ve döndürülebilir.
Bio::DB::BioFetch modülü. Döndürülen girdiler geçici olarak Web sunucusunda önbelleğe alınır.
dosya sistemi, sık erişilen girişlerin başka bir tur olmadan alınmasına izin verir
NCBI'ye yolculuk.
MONTAJ
Bu betiği çalıştırmak için aşağıdakilerin kurulu olması gerekir:
1) perl
2) perl modülleri LWP ve Cache::FileCache
3) bir web sunucusu (Apache önerilir)
Bu betiği kurmak için, onu web sunucusunun cgi-bin dizinine kopyalayın. İsteyebilirsin
adını kısaltmak için; "dbfetch" önerilir.
Komut dosyasının üst kısmında ayarlamak isteyebileceğiniz birkaç sabit vardır.
Bunlar:
CACHE_LOCATION
Bu, önbelleğe alınmış dosyaların dosya sistemindeki konumudur. NS
varsayılan değer /usr/tmp/dbfetch_cache'dir.
MAX_SIZE
Bu, önbelleğin büyüyebileceği maksimum boyuttur. Önbellek bu boyutu aştığında
eski girişler otomatik olarak silinecektir. Varsayılan ayar 100,000,000 bayttır
(100 MB).
SON
Bu süre içinde erişilmeyen girişler önbellekten kaldırılacaktır.
Varsayılan 1 haftadır.
TEMİZLEME
Bu sabit, eski girdiler için önbelleğin ne sıklıkta temizleneceğini belirtir. Varsayılan
1 saattir.
TEST
Bu betiğin beklendiği gibi çalışıp çalışmadığını görmek için bu betiği kullanarak test edebilirsiniz:
Bio::DB::BioFetch'i kullanın;
benim $db = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format =>'gen bankası',
-db =>'genbank');
benim $seq = $db->get_Seq_by_id('DDU63596');
print $seq->seq,"\n";
Bunun bir DNA dizisi yazdırması gerekir.
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi olarak bp_biofetch_genbank_proxyp kullanın
