Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_download_query_genbankp komutudur.
Program:
ADI
bp_download_query_genbank - Genbank'ı sorgulamak ve kayıtları almak için komut dosyası
KULLANIM
bp_download_query_genbank --query "Neurospora[ORGN]" --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
bp_download_query_genbank --queryfile 'filewithquery' --db nucest -o Ncrassa_ESTs.fa --format fasta
Diğer seçenekleri
Şunlardan BİRİNİ sağlayın:
-q --query sorgu dizesi VEYA
--queryfile profil dosyası sorgu VEYA ile
--gi --gis --gifile dosyası, indirilecek GI'lerin listesiyle birlikte
Veritabanı türü:
-d --db veritabanı (nükleotid [varsayılan], en nüsest, protein, )
-o --out --outfile çıktı dosyası (aksi halde sonuçlar ekranda görüntülenir)
-f --format dizi dosyası çıktı formatı (varsayılan olarak fasta)
-v --verbose hata ayıklama çıktısı
Sorgu seçenekleri
--maxids bir kümede alınacak maksimum kimlik sayısı (varsayılan olarak bir seferde 100)
--ilişkili tarih
--maxdate maxdate bir kayıt için
--mindate kayıt için minimum tarih
--datetype edat veya mdat (girilmiş veya değiştirilmiş)
YAZAR Jason Stajiç
Jason Stajich, jason-AT-bioperl.org
onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_download_query_genbankp'i çevrimiçi kullanın
