Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_seqfeature_loadp komutudur.
Program:
ADI
bp_seqfeature_load.pl - GFF'yi bir SeqFeature veritabanına yükle
TANIM
Yüklemek için herhangi bir sayıda GFF veya fasta formatındaki dosyayı (veya gömülü fasta'lı GFF'yi) iletin.
özellikleri ve dizileri bir SeqFeature veritabanına aktarır. Kullanılacak veritabanı (ve bağdaştırıcı)
komut satırında belirtilir. Yeni bir SeqFeature veritabanı oluşturmak için --create bayrağını kullanın.
SİNOPSİS
bp_seqfeature_load.pl [seçenekler] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]
Daha fazla bilgi için 'bp_seqfeature_load.pl --help' veya '--man' deneyin.
SEÇENEKLER
-d, --dsn
DBI veri kaynağı (varsayılan dbi:mysql:test)
-n, --ad alanı
Kullanılacak tablo öneki (varsayılan tanımsız) Birkaç bağımsız sıralama özelliğine izin verir
tek bir veritabanında saklanacak veritabanları
-s, --seq özelliği
Oluşturulacak SeqFeature türü... RTSC (varsayılan Bio::DB::SeqFeature)
-a, --adaptör
Kullanılacak depolama bağdaştırıcısı (sınıf) (varsayılan DBI::mysql)
-v, --ayrıntılı
Ayrıntılı ilerleme raporlamasını açın (varsayılan doğru) Bunu kapatmak için --noverbose kullanın.
-f, --hızlı
Hızlı yüklemeyi etkinleştirin. (varsayılan 0) Yalnızca bazı bağdaştırıcılar için kullanılabilir.
-T, --geçici-dizin
Hızlı yükleme için geçici dizini belirtin (varsayılan Dosya::Spec->tmpdir())
-i, --ignore-seqregion
Doğruysa, GFF3 dosyasındaki ##dizi-bölge yönergelerini yok sayın (varsayılan,
her bölge için özellik)
-c, --oluştur
Veritabanını oluşturun ve yeniden başlatın (varsayılan yanlış) Not, bu öncekini siler
varsa, veritabanı içeriği.
-u, --kullanıcı
Veritabanına bağlanacak kullanıcı
-p, --şifre
Veritabanına bağlanmak için kullanılacak parola
-z, --zip
Yer kazanmak için veritabanı tablolarını sıkıştırın (varsayılan yanlış)
-S, --alt özellikler
Alt özelliklerin indekslenmesini açın (varsayılan doğru) Bunu kapatmak için --nosubfeatures kullanın.
--Özet
Kapsam grafikleri için özet istatistikler oluşturun (varsayılan yanlış) Bu, bir
önceden yüklenmiş veritabanı veya yükleme sırasında. --create ise, varsayılan olarak true olacaktır.
Kullanılmış.
-N, --özet
Biraz yer kazanmak ve yükleme süresinden tasarruf etmek için özet istatistikler oluşturmayın (eğer varsa varsayılan
--create belirtilmedi, özet istatistiklerini açıkça kapatmak için bu seçeneği kullanın
--create belirtildiğinde)
--noalias-hedef
Bir Target özelliğinde değeri target_id olan bir Alias niteliği oluşturmayın (eğer
özellik bir Hedef özniteliği içerir, varsayılan değer bir Takma ad özniteliği oluşturmaktır
değeri Target özelliğindeki target_id olan)
Bakınız http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml GFF3 hakkında bilgi için
biçim. BioPerl, bir ##index-subfeatures yönergesi ekleyerek formatı biraz genişletir. Ayarlamak
veritabanının bir özelliğin özelliklerini alabilmesini istiyorsanız, bunu gerçek bir değere
üst seviyeden bağımsız olarak bireysel parçalar (bir transkriptin ekzonları gibi)
özelliği:
##index-alt özellikler 1
Alt özelliklerin indekslenmesini duruma göre kontrol etmek de mümkündür.
özelliğin nitelik listesine "index=1" veya "index=0" eklenmesi. Bu sadece kullanılmalıdır
alt özellikler için.
Alt özellik indeksleme varsayılan olarak doğrudur. Çok sayıda veritabanı alanından tasarruf etmek için false (0) olarak ayarlayın
ve hız performansı. Bunu zorlamak için --nosubfeatures kullanabilirsiniz.
onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_seqfeature_loadp çevrimiçi kullanın
