Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen cdhit-454 komutudur.
Program:
ADI
cd-hit-454 - 454 veri için optimize edilmiş dizileri hızla gruplayın
SİNOPSİS
cdhit-454 [Opsiyonlar]
TANIM
====== CD-HIT sürüm 4.6 (23 Ocak 2016'da oluşturuldu) ======
Opsiyonlar
-i dosya adını fasta biçiminde girin, gerekli
-o çıktı dosya adı, gerekli
-c dizi kimliği eşiği, varsayılan 0.98 bu bir "global dizi kimliğidir"
şu şekilde hesaplanır: hizadaki aynı amino asitlerin sayısı tam sayıya bölünür
daha kısa dizinin uzunluğu + boşluklar
-b hizalamanın bant genişliği, varsayılan 10
-M program için bellek sınırı (MB cinsinden), varsayılan 800; 0 sınırsız;
-T iş parçacığı sayısı, varsayılan 1; 0 ile tüm CPU'lar kullanılacak
-n word_length, varsayılan 10, bunu seçmek için kullanıcı kılavuzuna bakın
-al daha uzun dizi için hizalama kapsamı, 0.0 olarak ayarlanmışsa varsayılan 0.9,
hizalama, dizinin %90'ını kapsamalıdır
-AL daha uzun dizi için hizalama kapsamı kontrolü, 99999999 olarak ayarlanmışsa varsayılan 60,
ve dizinin uzunluğu 400 ise, hizalama >= 340 (400-60) olmalıdır
kalıntıları
-olarak daha kısa dizi için hizalama kapsamı, 0.0 olarak ayarlanmışsa varsayılan 0.9,
hizalama, dizinin %90'ını kapsamalıdır
-OLARAK daha kısa dizi için hizalama kapsamı kontrolü, 99999999 olarak ayarlanmışsa varsayılan 60,
ve dizinin uzunluğu 400 ise, hizalama >= 340 (400-60) olmalıdır
kalıntıları
-B 1 veya 0, varsayılan 0, varsayılan olarak diziler, 1 olarak ayarlanırsa RAM'de saklanır, dizi
sabit sürücüde saklanır, kullanılması önerilir -B 1 büyük veritabanları için
-g 1 veya 0, cd-hit'in varsayılan algoritması tarafından varsayılan 0, bir dizi
eşiği karşılayan ilk küme (hızlı küme). 1 olarak ayarlanırsa, program
eşiği karşılayan en benzer kümede kümeleyin (doğru ancak yavaş
modu) ancak 1 veya 0, son kümelerin temsilcilerini değiştirmez
-D indel başına maksimum boyut, varsayılan 1
-eşleşme eşleştirme puanı, varsayılan 2
-uyumsuzluk
uyumsuz puan, varsayılan -1
-açıklık boşluk açma puanı, varsayılan -3
-boşluk-uzantısı
boşluk uzatma puanı, varsayılan -1
-çöp Kutusu yedek küme dosyası yaz (1 veya 0, varsayılan 0)
-h bu yardımı yazdır
Sorular, hatalar, adresinden Weizhong Li ile iletişime geçin. [e-posta korumalı]
cd-hit'i faydalı bulursanız, lütfen alıntı yapın:
"Büyük protein boyutunu azaltmak için yüksek düzeyde homolog dizilerin kümelenmesi
veritabanı", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatics, (2001)
17:282-283 "Cd-hit: büyük kümeleri kümelemek ve karşılaştırmak için hızlı bir program
protein veya nükleotid dizileri", Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatics, (2006)
22:1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun ve Weizhong Li. Yapay ve
Metagenomik verilerin pir dizileme okumalarındaki doğal kopyaları. BMC Biyoinformatik
(2010) 11: 187
Onworks.net hizmetlerini kullanarak cdhit-454'ü çevrimiçi kullanın
