Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen clustalw komutudur.
Program:
ADI
clustalw - Nükleik asit ve protein dizilerinin çoklu hizalanması
SİNOPSİS
kümes hayvanları [-dosyada] dosya.ext [SEÇENEKLER]
kümes hayvanları [-Yardım | -tam yardım]
TANIM
Clustal W, DNA veya proteinler için genel amaçlı bir çoklu hizalama programıdır.
Program, birçok nükleotid veya amino asit dizisinin aynı anda hizalanmasını gerçekleştirir. Bilişim Teknoloji
genellikle etkileşimli olarak çalıştırılır ve bir menü ve çevrimiçi yardım sağlar. kullanmayı tercih ederseniz
komut satırı (toplu iş) modunda, birkaç seçenek vermeniz gerekecek, minimum
-dosyada.
SEÇENEKLER
VERİ (diziler)
-dosya=dosya.ext
Giriş dizileri.
-profil1=dosya.ext ve -profil2=dosya.ext
Profiller (eski hizalama)
FİİLLER (yapmak bir şeyler)
seçenekler
Komut satırı parametrelerini listeleyin.
-Yardım or -Kontrol
Komut satırı parametrelerini ana hatlarıyla belirtin.
-tam yardım
Tam yardım içeriği çıktısı alın.
- hizalamak
Tam çoklu hizalama yapın.
-ağacı
NJ ağacını hesaplayın.
-pim
Çıktı yüzdesi kimlik matrisi (ağaç hesaplanırken).
-önyükleme=n
Bir NJ ağacını önyükleyin (n= önyükleme sayısı; tanım = 1000).
-dönüştürmek
Giriş dizilerini farklı bir dosya biçiminde çıktılayın.
PARAMETRELERİ (Ayarlamak bir şeyler)
genel ayarları:
-etkileşimli
Komut satırını okuyun, ardından normal etkileşimli menülere girin.
-hızlı ağaç
Hizalama kılavuzu ağacı için FAST algoritmasını kullanın.
-tür=
PROTEİN or DNA dizileri.
-olumsuz
Matrikste negatif değerlerle protein hizalaması.
-outfile=
Sıra hizalama dosya adı.
-çıktı=
JGK, GDE, FİLİP, PIR or NEXUS.
-çıktı sırası=
GİRİŞ or HİZALI
-durum
LOWER or ÜST (yalnızca GDE çıkışı için).
-seqnos=
KAPALI or ON (yalnızca Clustal çıktısı için).
-seqnos_aralığı=
KAPALI or ON (YENİ: tüm çıktı biçimleri için).
-aralık=m,n
Başlangıç yazmak için sıra aralığı m için m+n.
-maxseqlen=n
İzin verilen maksimum giriş dizisi uzunluğu.
-sessiz
Konsol çıktısını en aza indirin.
-istatistikler=dosya
Bazı hizalama istatistiklerini şuraya kaydedin: dosya.
Hızlı ikili Hizalamalar:
-ktuple=n
Kelime boyutu.
-topdiags=n
En iyi teşhis sayısı.
-pencere=n
En iyi teşhislerin etrafındaki pencere.
-çift boşluk=n
Boşluk cezası.
-Puan
YÜZDE or MUTLAK.
Yavaş ikili Hizalamalar:
-pwmatrix=
:Protein ağırlık matrisi=ÇİÇEĞİ, PAM, GONNET, ID or Dosya
-pwdnamatrix=
DNA ağırlık matrisi=ÇİÇEĞİIUB, ÇİÇEĞİCLUSTALW veya ÇİÇEĞİdosya adı.
-pwgapopen=f
Boşluk açma cezası.
-pwgapext=f
Boşluk uzatma cezası.
çoklu Hizalamalar:
-yeniağaç=
Yeni kılavuz ağacı için dosya.
-kullanımağacı=
Eski kılavuz ağacı için dosya.
-matris=
Protein ağırlık matrisi=ÇİÇEĞİ, PAM, GONNET, ID or Dosya.
-dnamatris=
DNA ağırlık matrisi=IUB, CUSTALW or Dosya.
-gapopen=f
Boşluk açma cezası.
-boşluk metni=f
Boşluk uzatma cezası.
-kaplıyor
Uç boşluk ayırma kalemi yok.
-boşlukçu=n
Boşluk ayırma kalemi. Aralık.
-boşluk yok
Kalıntıya özgü boşluklar kapalı.
-boşluk
Hidrofilik boşluklar kapalı.
-hgaprezidüler=
Hidrofilik res.
-maxdiv=n
Gecikme için yüzde kimlik.
-tür=
PROTEİN or DNA
-ağırlık=f
Geçişler ağırlıklandırma.
-yineleme=
YOK or TREE or UYUM.
-sayı=n
Gerçekleştirilecek maksimum yineleme sayısı.
Profil Hizalamalar:
-profil
Profil hizalamasına göre iki hizalamayı birleştirin.
-yeniağaç1=
Profil1 için yeni kılavuz ağacı dosyası.
-yeniağaç2=
Profil2 için yeni kılavuz ağacı dosyası.
-kullanımağacı1=
Profil1 için eski kılavuz ağacı dosyası.
-kullanımağacı2=
Profil2 için eski kılavuz ağacı dosyası.
Dizi için Profil Hizalamalar:
-diziler
Profil2 hizalamasına sırayla profil1 dizileri ekleyin.
-yeniağaç=
Yeni kılavuz ağacı için dosya.
-kullanımağacı=
Eski kılavuz ağacı için dosya.
Structure Hizalamalar:
-nosecstr1
Profil 1 için ikincil yapı-boşluk ceza maskesi kullanmayın.
-nosecstr2
Profil 2 için ikincil yapı-boşluk ceza maskesi kullanmayın.
-secstrout=YAPI or MASKE or HEM or YOK
Hizalama dosyasında çıktı.
-sarmal aralığı=n
Sarmal çekirdek artıkları için boşluk cezası.
-sarmal boşluk=n
Tel çekirdek artıkları için boşluk cezası.
döngü aralığı=n
Döngü bölgeleri için boşluk cezası.
-terminal boşluğu=n
Yapı termini için boşluk cezası.
-helixendin=n
Terminal olarak ele alınacak sarmal içindeki kalıntı sayısı.
-helixendout=n
Terminal olarak işlem görecek sarmalın dışındaki kalıntı sayısı.
-stradindin=n
Terminal olarak işlem görecek iplik içindeki artıkların sayısı.
-strandout=n
Terminal olarak işlem görecek iplik dışında kalan artıkların sayısı.
Ağaçlar:
-çıktı ağacı=nj OR köpek balığı OR dist OR rabıta
-tohum=n
Önyüklemeler için tohum numarası.
-kimura
Kimura'nın düzeltmesini kullanın.
-boşluk atmak
Boşlukları olan pozisyonları görmezden gelin.
-önyükleme etiketleri=düğüm
Ağaç görünümünde önyükleme değerlerinin konumu.
-kümeleme=
NJ veya UPGMA.
onworks.net hizmetlerini kullanarak clustalw'u çevrimiçi kullanın
