Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen cmtk-volume_reconstruction komutudur.
Program:
ADI
volume_reconstruction - Hacim yeniden yapılandırması
SİNOPSİS
volume_reconstruction [seçenekler] refImage xform0 inImage0 [xform1 inImage1 ...]
AÇIKLAMA
Ters enterpolasyon veya ters enterpolasyon kullanılarak ortak kayıtlı görüntülerden yinelemeli hacim yeniden
ortak bulanıklık giderme
SEÇENEKLER
Küresel Toolkit Opsiyonlar (bunlar vardır Paylaşılan by herşey CMTK aletler)
--yardım et
Standart çıktıya temel komut satırı seçeneklerinin listesini yazın.
--Herkese yardım et
Standart çıktıya temel ve gelişmiş komut satırı seçeneklerinin tam listesini yazın.
--wiki
MediaWiki işaretlemesinde standart çıktıya komut satırı seçeneklerinin listesini yazın.
--adam
Standart çıktıya 'nroff' işaretlemesinde man sayfası kaynağını yazın.
--versiyon
Araç takımı sürümünü standart çıktıya yazın.
--Eko
Geçerli komut satırını standart çıktıya yazın.
--ayrıntılı düzey
Ayrıntı düzeyini ayarlayın.
--ayrıntılı, -v
Ayrıntı düzeyini 1 artırın (kullanımdan kaldırıldı; geriye dönük uyumluluk için desteklenir).
--İş Parçacığı
Maksimum paralel iş parçacığı sayısını ayarlayın (POSIX iş parçacıkları ve OpenMP için).
Giriş Opsiyonlar
--hariç tutma-ilk görüntü, -x
İlk görüntüyü ayrı bir kayıt hedef görüntüsü olarak yeniden yapılandırmadan hariç tutun)
--mahsul
x0,y0,z1:x1,y1,z1 piksel bölgesine referansı kırp
--geçiş ağırlığı , -W
Bir geçiş için katkı ağırlığını 'geçiş:ağırlık' biçiminde ayarlayın
Yeniden yapılanma Grid
--recon-ızgara
Yeniden yapılandırma ızgarasını Nx,Ny,Nz:dX,dY,dZ[:Ox,Oy,Oz] olarak tanımlayın (kararır:piksel: offset)
--recon-grid-yolu , -R
Yeniden oluşturulmuş görüntü ızgarasını tanımlayan ızgaraya yol verin [ofset dahil] [Varsayılan:
YOK]
Ilk hacim Enjeksiyon Parametreler
--izotropik-enjeksiyon
İzotropik hacim enjeksiyonu kullanın [aksi takdirde: geçiş görüntü piksel boyutu ile ölçeklenir
boyut]
--enjeksiyon-çekirdek-sigma , -S
Piksel boyutunun katları olarak hacim enjeksiyonu için Gauss çekirdeğinin standart sapması
her yönde. [Varsayılan: 1]
--enjeksiyon-çekirdek-yarıçapı , -r
Enjeksiyon çekirdeğinin kesme yarıçapı faktörü. Çekirdek şurada kesilir:
sigma*yarıçap, burada sigma çekirdek standart sapmasıdır. [Varsayılan: 2]
hacim Yeniden yapılanma Opsiyonlar
--inverse-interpolation-çekirdek
Ters enterpolasyon yeniden yapılandırması için çekirdek Desteklenen değerler: "kübik",
"doğrusal", "hamming-sinc", "kosinüs-sinc", burada varsayılan değer "kübik"tir veya aşağıdakilerden birini kullanın
şu:
--kübik, -C
trikübik enterpolasyon [Bu is the varsayılan]
--doğrusal, -L
Üç doğrusal enterpolasyon (daha hızlı ancak daha az doğru)
--hamming-sinc, -H
Hamming pencereli sinc enterpolasyonu
--kosinüs-sinc, -O
Kosinüs pencereli sinc enterpolasyonu (en doğru ancak en yavaş)
--bulanıklaştırma
Ortak bulanıklaştırma için nokta yayma işlevine yaklaşmak için çekirdek şekli
yeniden yapılandırma (bunlardan birinin seçilmesi ters enterpolasyon yeniden yapılandırmasını devre dışı bırakır)
Desteklenen değerler: "kutu", "gauss" veya aşağıdakilerden birini kullanın:
--kutu
Kutu şeklindeki çekirdek
--gauss
Gauss çekirdeği
--psf
Açıkça nokta yayılma işlevi boyutunu x,y,z olarak ayarlayın. 'Bulanıklaştırma' çekirdeği ile kullanın
yeniden yapılanma.
--psf ölçeği
Bu değere göre ölçek noktası yayılma fonksiyonu boyutu. 'Bulanıklaştırma' çekirdeği ile kullanın
yeniden yapılanma. [Varsayılan: 1]
Optimizasyon Parametreler
--sayı-yinelemeler , -n
Maksimum ters enterpolasyon yineleme sayısı [Varsayılan: 20]
--dördüncü sıra hatası, -f
Optimizasyon için dördüncü dereceden (ikinci dereceden ziyade) hata kullanın.
Düzenlileştirme Parametreler
--l-norm-ağırlık
Tikhonov tipi L-Norm düzenlemesi için kısıtlama ağırlığını ayarla (0 kısıtlamayı devre dışı bırakır)
[Varsayılan: 0]
--kesme yok, -T
Doğrusal olmayan bölgesel yoğunluk kesmeyi kapat
Çıktı Opsiyonlar
--çıktı , -o
Son yeniden yapılandırılmış görüntü için çıktı yolu [Varsayılan: yeniden yapılandırılmış.nii ]
--write-enjekte edilmiş-görüntü
İlk hacim enjekte edilen görüntüyü bu yola yaz [Varsayılan: YOK]
--write-lowest-max-hata-image
Yeniden oluşturulmuş görüntüyü en düşük MAKSİMUM hatayla yazmak için isteğe bağlı yol. [Varsayılan:
YOK]
--görüntüleri kayan olarak yaz, -F
Çıktı görüntülerini kayan nokta olarak yaz
YAZARLAR
Torsten Rohlfing, Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff ve Yaroslav Halchenko
onworks.net hizmetlerini kullanarak cmtk-volume_reconstruction'ı çevrimiçi kullanın
