Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen convertToExtent komutudur.
Program:
ADI
sim4dbutils - sim4db tarafından oluşturulan hizalama dosyalarıyla çalışmak için yardımcı programlar
convertPolishes - sim4db ve GFF3 formatları arasında dönüştürme
filterPolishes - dizi kimliği, kapsamı ve uzunluğuna dayalı filtre hizalamaları.
mergePolishes - birden çok dosyadan hizalamaları birleştir
sortPolishes - hizalamaları cDNA veya genomik dizi indeksi veya dizi adına göre sıralayın
convertToExtent - sim4db biçiminden tek satırlı sekmeyle ayrılmış biçime dönüştür
fixPolishesIID - Belirli bir fasta dosyasının sıra indeksini kullanmak için bir sim4db dosyasını günceller.
Sim4db dosyasından hizalamaların bir alt kümesini çıkarmak için de kullanılabilir.
derinlikOfPolishes - Çeşitli noktalarda cila derinliğinin sekmeyle ayrılmış bir histogramını çıkarır
pencere boyutları.
headPolishes - bir dosyadaki ilk N hizalamasını şuna benzer şekilde yazdırın baş(1)
pickBestPolish - her cDNA için yalnızca 'en iyi' hizalamayı bildir
pickUniquePolish - net bir tek en iyi hizalamanın olduğu hizalamaları bildirir
her bir cDNA.
plotCoverageVsIdentity - (1) yüzde özdeşliğin bir histogramını oluşturur, (2) bir
yüzde kapsamının histogramı ve (3) yüzde özdeşliği ve kapsamının bir listesi (için
dağılım grafiğinde kullanın).
uniqPolishes - Birden fazla hizalama (-uniq) veya cDNA için tüm hizalamaları filtreler
tek bir hizalama ile (-dupl). Benzer tek(1)
reignPolishes - sim4db dosyasında listelenen hizalamaları yeniden hesaplayın.
ReportAlignmentDifferences - bir dizideki hata türlerinin histogramını oluşturur
hizalamalar desteksiz ve Onaylanmamış
karşılaştırmaPolishes - İki dosyadaki hizalamaları ilişkilendirin.
convertToAtac - sim4db formatından ATAC formatına dönüştürür.
DetectChimera - Kimerik olabilecek diziler için hizalamaları inceler.
mappedCoverage - tarafından kapsanan sorgu dizisinin (EST, cDNA) miktarını raporlar
hizalamalar.
parseSNP - SNP'ler için hizalamaları analiz eder.
removeDuplicate - girdiyi yinelenen hizalamalar için arar.
vennPolishes - Birden çok sim4db dosyası için bir Venn şeması oluşturur. Kullanılmış içten by
ESTMapper temizLehçeler
ÖzetleLehçeler
TANIM
Bu programlar, birlikte çalışabileceğiniz bir dizi yardımcı programdır. sim4db(1)-oluşturulan hizalama dosyaları.
onworks.net hizmetlerini kullanarak convertToExtent'i çevrimiçi kullanın
