Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gdcmimg komutudur.
Program:
ADI
gdcmimg - DICOM görüntü dosyasını işle.
gdcmimg, DICOM görüntüsünden/görüntüsünden/görüntüsünden/görüntüsünden kapsüllemeye/kapsüllemeye izin veren düşük seviyeli bir araçtır. Bu araç
Aktarım Sözdizimi dönüşümünü anlamıyor. Ham verileri olduğu gibi kapsülleyecektir. Bu
bazı durumlarda etkisi vardır, aşağıdaki özel uyarılara bakın.
Örneğin, gdcmimg'nin yalnızca uygun girdi dosyasını kapsülleyebileceğini unutmamak önemlidir.
İlişkili bir DICOM Aktarım Sözdizimi bulunabileceğinden JPG ve/veya JP2 kabul edilir.
Ancak DICOM bunları desteklemediğinden TIFF ve/veya PNG gibi girdiler değildir. Görmek
bunun yerine gdcm2vtk gibi bir araç.
SİNOPSİS
gdcmimg [seçenekler] dosya girişi dosya çıkışı
AÇIKLAMA
The gdcmimg komut satırı aracı iki şekilde kullanılabilir:
· 1. Tanınan bir dosya biçimini kapsüllenmiş DICOM karşılığına dönüştürmek,
· 2. Bir DICOM dosyasının dikdörtgen bir bölümünü anonimleştirme.
PARAMETRELERİ
dosya girişi dosya adı (DICOM dışı)
dosya çıkışı DICOM çıktı dosya adı
SEÇENEKLER
-i --input Girdi dosya adı
-o --output Çıktı dosya adı
ÖZEL SEÇENEKLER
--endian %s Endianlık (LSB/MSB).
-d --depth %d Derinlik (8/16/32 veya BitsAllocated örn. 12 biliniyorsa).
--sign %s Piksel işareti (0/1).
--spp %d Piksel Başına Örnek (1/3).
-s --size %d,%d Boyut.
-C --sop-class-uid SOP Sınıfı UID (ad veya değer).
-T --study-uid Çalışma UID'si.
-S --series-uid Serisi UID.
--root-uid Kök UID.
FILL SEÇENEKLER
-R --bölge %d,%d Bölge.
-F --fill %d Belirtilen piksel değeriyle doldurun.
GENEL SEÇENEKLER
-h -- yardım
bu yardım metnini yazdırın ve çıkın
-v --versiyon
sürüm bilgilerini yazdır ve çık
-V --ayrıntılı
ayrıntılı mod (uyarı+hata).
-W --uyarı
uyarı modu, uyarı bilgilerini yazdır
-E --hata
hata modu, hata bilgilerini yazdır
-D --hata ayıklama
hata ayıklama modu, hata ayıklama bilgilerini yazdır
ÇEVRE DEĞİŞKEN
GDCM_ROOT_UID Kök UID
DESTEKLENEN DOSYA FORMAT (UYGUN DOSYA UZANTI)
gdcmimg, dönüştürme işlemini dosya uzantısına dayandırır. listesini takip eder
tanınan dosya uzantısı. Uzantı bulunmadığında, DICOM dosyası olduğu varsayılır.
giriş formatı
* RAW (ham, rawl, grey, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
*DICOM ()
çıkış formatı:
*PGM (pgm, pnm, ppm)
*DICOM ()
RAW dosya formatı için –endian seçeneğine özellikle dikkat etmelisiniz. (eski) için
JPEG dosya formatı, hem kayıplı hem de kayıpsız format desteklenir, kullanıcı ödemelidir
-işaret seçeneğine dikkat edin. RLE veya RAW gibi dosya formatı için kullanıcının
olmadığı için girdi verilerinin boyutunu ve türünü bulmak için gerekli bilgileri doldurun
bu bilgiyi bulmanın başka bir yolu. Diğer tüm dosya biçimleri için özellikler türetilir
dosya biçiminin kendisinden.
PNM dosyasının büyük endian olması gerekiyor (derinlik> 8 için önemli)
TİPİK KULLANIM
Kaldır a dikdörtgen biçiminde Bölüm of the görüntü
Bir DICOM görüntüsünün [0,100]x[0,100] bölgesini doldurmak için aşağıdakileri yapın:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o çıktı_black.dcm
Uyarı: Piksel Verileri sıkıştırılırsa, görüntü ilk önce sıkıştırılır, böylece piksel
0'a ayarlanabilir, ancak yeniden sıkıştırılmaz.
dönüştürmek RAW için DICOM
Tanınan uzantı .raw, .rawl, .gray veya .rgb'dir (büyük/küçük harfe duyarlı değildir)
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i girdi.raw -o çıktı.dcm
görüntü İkincil Yakalama olacaktır.
Girdi 3 bileşen olduğunda, Piksel Başına Örneklerin açıkça belirtilmesi gerekir:
$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm
Dosya adı dosya uzantısı olarak .rgb içerdiğinde, çıktı otomatik olarak şu şekilde tanınır:
RGB -spp belirtmeye gerek yok
$ gdcmimg --size 512,512 input.rgb output_rgb.dcm
Sen kullanabilirsiniz dd Örneğin, atmak istediğiniz herhangi bir başlığı atlamak için cmd satırı
ilk 108 baytı atlamak istiyorsanız, şunu yapın:
$ dd atla=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
.raw ve .rawl uzantısı eşdeğerdir. Endianness'i açıkça belirtmeniz gerekir
manuel olarak:
$ gdcmimg --endian MSB --boyut 512,512 --derinlik 16 -i girdi.ham -o çıktı.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --boyut 512,512 --derinlik 16 -i girdi.ham -o çıktı.dcm
dönüştürmek PGM/PNM/PPM için DICOM
Tanınan uzantılar .pgm, .pnm, .ppm'dir (büyük/küçük harfe duyarlı değildir)
$ gdcmimg -i girdi.pgm -o çıktı.dcm
görüntü İkincil Yakalama olacaktır
dönüştürmek RLE için DICOM
Tanınan uzantı .rle'dir (büyük/küçük harfe duyarlı değildir)
$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i girdi.rle -o çıktı.dcm
görüntü İkincil Yakalama olacaktır
dönüştürmek JPEG için DICOM
Tanınan uzantılar .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg'dir (büyük/küçük harfe duyarlı değildir)
$ gdcmimg -i girdi.ljpeg -o çıktı.dcm
görüntü İkincil Yakalama olacaktır
dönüştürmek J2K için DICOM
Tanınan uzantılar .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c'dir (büyük/küçük harfe duyarlı değildir)
$ gdcmimg -i girdi.j2k -o çıktı.dcm
görüntü İkincil Yakalama olacaktır.
Tüm Piksel bilgileri (Saklanan/Ayrılan...) görüntünün kendisinden türetilecektir,
ve komut satırı seçeneklerinden değil.
Belirtme a SOP Sınıf UID
Varsayılan İkincil Yakalama Görüntü Depolama yerine, VL'yi belirtmek isteyebilirsiniz.
Fotoğrafik Görüntü Depolama.
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg çıktı.dcm
BİRDEN DOSYALAR
gdcmimg bir dizi dosyayı güzel bir şekilde işler (örneğin jpeg):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg çıktı.dcm
Aksi takdirde çok kareli görüntüleri destekleyen bir SOP Sınıfı belirlemek önemlidir.
gdcmimg başarısız olur.
BAŞLANGIÇ OFFSET
Bazı durumlarda, isteğe bağlı bir ciltten (örneğin 2B) 3B dilim oluşturmak istenebilir. İçinde
hangi durumda –offset kullanışlı olur:
$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Girdi3D_1673_1673_1775.raw dilim_1770.dcm
UYARI
gdcmimg uygulamasıyla ilgili birkaç sorun var:
RAW dosyası için, –endian MSB kullanırken Piksel Verilerinin olacağına dikkat edilmelidir.
olduğu gibi kapsüllenir (gdcmimg tarafından dokunulmaz). Bu nedenle tek olası aktarım sözdizimi
örtük VR Big Endian DLX (GE Private) mevcuttur. GDCM bu özel işi halleder
Sözdizimini aktarın. Bu nedenle, bu Aktarım Sözdizimini başka birine dönüştürmeniz gerekiyorsa (ve
Piksel Veri işleme), şunları kullanabilirsiniz:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o çıktı_implicit_vr_little_endian.dcm
JFIF dosyası ve JP2 dosyası (başlıklı) için başlık, Piksel Verileri öğesine kopyalanır
JP2 için yasa dışı olan. Bir JP2/JFIF dosyasını J2K/JPG'ye düzgün bir şekilde yeniden kodlamak için gdcmconv'u kullanın.
$ gdcmimg girdi.jp2 çıktı_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force çıktı_jp2.dcm çıktı_j2k.dcm
RLE dosyası için satır sınırını geçmek için herhangi bir kontrol yapılmaz. kullanılması tavsiye edilir
gdcmconv –rle şüphe durumunda uygun bir RLE dosyasına yeniden kodlamak için.
Elbette, kurulumunuz için sıkıştırma uygun değilse, her zaman kapsülü açabilirsiniz.
DICOM dosyası (tipik olarak JPEG), gdcmconv kullanılarak kapsüllenmemiş bir forma dönüştürülür:
$ gdcmconv --raw girdi_jpeg.dcm çıktı_raw.dcm
onworks.net hizmetlerini kullanarak gdcmimg'i çevrimiçi kullanın
