gmx-uzaysal - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-spatial - Mekansal dağılım fonksiyonunu hesapla

SİNOPSİS

gmx uzamsal [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[şimdi] [-[hayır]pbc]
[-[hayır]div] [-imzalamak ] [-çöp Kutusu ] [-nab ]

TANIM

gmx uzaysal uzamsal dağılım fonksiyonunu hesaplar ve çıktısını alabilecek bir biçimde verir.
VMD tarafından Gaussian98 küp formatı olarak okunabilir. 32,000 atom ve 50 ns'lik bir sistem için
yörünge, SDF, çoğu zaman ayrılmış olarak yaklaşık 30 dakika içinde oluşturulabilir
içinden geçen ikisine trjconv her şeyi düzgün bir şekilde ortalamak için gereklidir. Bu
ayrıca bir sürü yer kaplar (yörünge dosyasının 3 kopyası). Yine de resimler
uygun seçim yapıldığında güzel ve çok bilgilendiricidir. 3-4 atom
geniş ölçüde mobil bir grup (çözeltideki serbest amino asit gibi) iyi çalışır veya
Çözücünün SDF'sini almak ve bakmak için kararlı bir katlanmış yapıda protein omurgası
zaman ortalamalı çözme kabuğu. SDF oluşturmak için bu programı kullanmak da mümkündür.
bazı keyfi Kartezyen koordinatlarına dayalıdır. Bunu yapmak için, sadece ön gmx
trjconv adım.

Kullanımı:

1. Kullanmak gmx make_ndx SDF'nin etrafında olmasını istediğiniz atomları içeren bir grup oluşturmak için

2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -kutu merkezi trik -ur kompakt -pbc Yok

3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -Uygun çürük+trans

4. koşmak gmx uzaysal üzerinde c.tng 3. adımın çıktısı.

5. Yükle ızgara.küp VMD'ye dönüştürün ve bir izosurface olarak görüntüleyin.

not miseller gibi sistemlerin gerektireceği gmx trjconv -pbc küme 1. adımlar arasında
ve 2.

Uyarılar
SDF, sıfır olmayan bazı kutulara sahip tüm kutuları içeren bir küp için oluşturulacaktır.
doluluk. Ancak hazırlık -Uygun çürük+trans için seçenek gmx trjconv ima ediyor ki
sisteminiz uzayda dönecek ve çevrilecektir (seçilen grubun
değil). Bu nedenle döndürülen değerler yalnızca bazı bölgeler için geçerli olacaktır.
boyunca sistem hacmiyle tam örtüşen merkezi grubunuzun/koordinatınızın etrafında
yörünge boyunca çevrilmiş/döndürülmüş sistemin tamamı. o kadar
Durumun böyle olduğundan emin olmak için kullanıcı.

Riskli seçenekleri
Gereken alan ve süreyi azaltmak için, yalnızca belirtilen kodların çıktısını alabilirsiniz.
ilk ve sonraki çalıştırmada kullanılacak gmx trjconv. Ancak, emin olun
ayarlayın -nab küp kutuları için bellek tahsis edildiğinden, yeterince yüksek bir değere seçenek
başlangıç ​​koordinatlarına ve -nab Opsiyon değeri.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası

Diğer seçenekler:

-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)

-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)

-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın

-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları

-[hayır]pbc (yok hayır)
Mesafeleri hesaplamak için periyodik sınır koşullarını kullanın

-[hayır]div (Evet)
Atomlara/minimal kübe dayalı bölme dolulukları için böleni hesaplayın ve uygulayın
boy. Görselleştirme için DOĞRU ve YANLIŞ (-nodiv) doğru sayımlar elde etmek için
çerçeve başına

-imzalamak (-1)
Bu sayıda dış küpü gösterme (pozitif değerler sınırı azaltabilir
benekler; -1 dış yüzeyin görünür olmasını sağlar)

-çöp Kutusu (0.05)
Kutuların genişliği (nm)

-nab (4)
Uygun bellek tahsisini sağlamak için ek bölme sayısı

BİLİNEN KONULAR

· Ayrılan bellek yeterince büyük olmadığında, bir segmentasyon hatası meydana gelebilir. Bu
genellikle algılanır ve program bir uyarı görüntülenirken hatadan önce durdurulur
kullanımını öneren mesaj -nab (Ek Kutu Sayısı) seçeneği. Ancak
program tüm bu tür olayları algılamaz. Bir segmentasyon hatasıyla karşılaşırsanız, çalıştırın
tekrar artışla -nab değeri.

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-uzaysal çevrimiçi kullanın