Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gt-cds komutudur.
Program:
ADI
gt-cds - GFF3 dosyasında verilen ekson özelliklerine CDS (kodlama dizisi) özellikleri ekleyin.
SİNOPSİS
gt cdleri [seçenek ...] [GFF3_dosyası]
TANIM
-minorflen [değer]
minimum uzunluğu ayarlayın bir açık okuma çerçevesinin (ORF) bir CDS olarak eklenmesi gerekir
özellik (amino asitlerle ölçülür) (varsayılan: 64)
-startkodonu [evet|hayır]
Bir ORF'den daha gerektirir bir başlangıç kodonu ile başlamalıdır (varsayılan: hayır)
-finalstopkodon [evet|hayır]
son ORF'nin bir durdurma kodonu ile bitmesini gerektir (varsayılan: hayır)
-seq dosyası [Dosya]
dizilerin alınacağı dizi dosyasını ayarlayın (varsayılan: tanımsız)
-encseq [Dosya]
dizilerin alınacağı kodlanmış dizi dizin adını ayarlayın (varsayılan:
Tanımsız)
-seq dosyaları
özelliklerin çıkarılacağı sıra dosyalarını ayarlayın -- listeyi sonlandırmak için
sıra dosyalarının
-eşleşmedesc [evet|hayır]
İstenen dizi kimlikleri için giriş dosyalarından dizi açıklamalarını arayın (içinde
GFF3), ilk eşleşmeyi bildirir (varsayılan: hayır)
-matchdescstart [evet|hayır]
istenen dizi için giriş dosyalarından dizi açıklamalarını tam olarak eşleştirin
Kimlikler (GFF3'te) baştan ilk boşluk (varsayılan: hayır)
-kullanılanlarc [evet|hayır]
dizi kimliklerini (GFF3'te) gerçek diziyle eşleştirmek için dizi açıklamalarını kullanın
girdileri. Bir açıklama bir dizi aralığı içeriyorsa (örneğin, III:1000001..2000000),
ilk kısım dizi kimliği olarak kullanılır (III) ve ofset olarak ilk aralık konumu
(1000001) (varsayılan: hayır)
-bölge haritalama [dizi]
Sıralama bölgesini içeren dosyayı sıralı dosya eşlemeye ayarla (varsayılan: tanımsız)
-v [evet|hayır]
ayrıntılı ol (varsayılan: hayır)
-o [Dosya]
çıktıyı belirtilen dosyaya yönlendir (varsayılan: tanımsız)
-gzip [evet|hayır]
gzip sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-bzip2 [evet|hayır]
bzip2 sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-güç [evet|hayır]
çıktı dosyasına yazmaya zorla (varsayılan: hayır)
-Yardım
yardımı göster ve çık
-version
sürüm bilgilerini göster ve çık
Seçenek için dosya formatı -bölge haritalama:
-regionmapping seçeneğine sağlanan dosya bir "eşleme" tanımlar. Bir haritalama,
içinde verilen dizi-bölge girişleri GFF3_dosyası içeren bir dizi dosyasına
karşılık gelen dizi. Eşlemeler aşağıdaki iki biçimden birinde tanımlanabilir:
eşleme = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
işlev eşleme(dizi_bölge)
"hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz" döndür
son
İlk form bir Lua'yı tanımlar (http://www.lua.org) her birini eşleyen “mapping” adlı tablo
dizi bölgesini karşılık gelen dizi dosyasına İkincisi bir Lua işlevi tanımlar
ile çağrıldığında sıra dosya adını döndürmesi gereken "eşleme".
argüman olarak sıra_bölgesi.
RAPORLAMA BÖCEK
Hataları şuraya bildir:[e-posta korumalı]>.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gt-cd'leri çevrimiçi kullanın
