Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut cehennemidir.
Program:
ADI
Cehennem - RNA dizisi ve ikincil yapı profillerini kullanarak dizi analizi
fikir birliği
SİNOPSİS
hizalamak
Dizileri bir kovaryans modeline hizalayın
cmbuild
Yapısal olarak açıklamalı RNA çoklu dizisinden kovaryans model(ler)i oluşturun
hizalama(lar)
cmkalibre
Kovaryans modeli E-değeri belirleme için üstel kuyrukları takın
cmdönüştürmek
Infernal kovaryans model dosyalarını dönüştürün
cmemite
Kovaryans modelinden örnek diziler
cmfetch
Bir dosyadan kovaryans model(ler)ini alın
sıkıştırmak
cmscan için bir kovaryans modeli veritabanı hazırlayın
cm tarama
Bir kovaryans modeli veritabanına karşı arama dizileri
cmarama
Bir dizi veritabanına karşı kovaryans modellerini arayın
cmstat
kovaryans modeli dosyası için özet istatistikler
TANIM
Infernal, yapısal RNA dizisi hizalaması ve veri tabanı için çeşitli programlardan oluşan bir takımdır.
homoloji arama için "kovaryans modelleri" (CM'ler) olarak adlandırılan olasılık modellerini kullanır.
çoklu hizalamanın (veya tek dizinin) olası evrimsel homologlarını temsil eder.
yapısal bir RNA dizisi ailesi.
RNA ailelerinin ve ilişkili CM'lerin Rfam veri tabanı ile birlikte
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal, bilinen yapısal homologlara açıklama eklemek için kullanılabilir.
Genomlardaki RNA aileleri.
Infernal, dizi ailesi analizi için HMMER yazılım paketi ile yakından ilişkilidir.
profil HMM'leri (http://hmmer.org), ancak yapısal RNA dizisi için özel olarak tasarlanmıştır
aileler. Bir ailenin korunmuş dizisini profil HMM'lerinin yaptığı gibi modellemeye ek olarak,
CM'ler, ailenin korunmuş, iyi iç içe geçmiş (sahte olmayan) ikincil yapısını şu şekilde modeller:
kuyu. Sonuç olarak, CM arama ve hizalama yöntemleri nispeten hesaplamalı
masraflı. Infernal, profil HMM'lerini filtreler olarak ve
CM yöntemleri daha pratik.
Infernal üç ana modda kullanılır: bir dizinin yeni homologları için bir dizi veritabanını aramak.
RNA ailesi (veya bir genomdaki homologlara açıklama ekleyin); bulmak için bir CM veritabanını (Rfam gibi) aramak için
bir sorgu dizisinin ait olduğu bilinen aile; ve otomatik olarak büyük oluşturmak için
bir CM kullanarak çoklu hizalamalar (yani etkili bir şekilde sınırsız sayıda dizi ile)
bir dizi ailesinin temsilcisi.
Bir RNA dizisinin yapısal olarak açıklamalı çoklu dizi hizalamasına sahip olduğunuzu varsayalım.
ilgilendiğiniz aile ve ek homologlar için bir dizi veritabanı aramak istiyorsunuz.
The cmbuild program, çoklu hizalama(lar)dan kovaryans model(ler)i oluşturur ve cmkalibre
veritabanının istatistiksel önemini tahmin etmek için önemli parametreleri belirler
sonraki aramalarda modele isabet eder.
The cmarama program CM(ler)i bir dizi veritabanına karşı arar.
Infernal tabanlı bir CM veritabanı kullanarak analiz etmek istediğiniz dizi(ler)iniz olduğunu varsayalım.
Rfam gibi (http://rfam.sanger.ac.uk.) sıkıştırmak program bir kovaryans modelini biçimlendirir
(Rfam'dan indireceğiniz dosya gibi) bir Infernal ikili veritabanına. NS
cm tarama program bu veritabanına karşı dizileri arar.
Çok sayıda diziyi hizalamak istediğinizi varsayalım. Yönetilebilir küçük bir yapı oluşturabilirsiniz
temsili bir dizi dizisinin yapısal hizalaması, bir CM oluşturun cm yapı, ve
kullan hizalamak herhangi bir sayıda diziyi bu CM'ye hizalamak için program.
Infernal ayrıca büyük CM veritabanlarıyla çalışmak için bazı yardımcı araçlar içerir. cmfetch
bir veritabanından bir veya daha fazla CM getirir. cmstat bir CM hakkında özet istatistikleri yazdırır
dosyası.
Infernal'in önceki sürümleriyle ve HMMER ile uyumluluk için, cmdönüştürmek
programı, CM dosyalarını birkaç başka biçime dönüştürür.
The cmemite program, bir CM'den örnekleme yoluyla "homolog" diziler oluşturur (simüle eder). Bilişim Teknoloji
ayrıca bir "uzlaşma" dizisi de oluşturabilir.
Her programın kendi man sayfası vardır.
onworks.net hizmetlerini kullanarak cehennemi çevrimiçi kullanın
