libscane - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

libscan - Protein aileleri için tanı aramaları.

SİNOPSİS

kitap taraması biçem liste -kavramak boole -henik boole -Hmm boole -Sam boole -pssm boole
-sig boole -hmm yolu dizi -hmmextn dizi -hmmoutpath dizi -hmmouttextn dizi
-sampath dizi -aynı metin dizi -samoutpath dizi -samotextn dizi
-pssmpath dizi -pssmextn dizi -niter tamsayı -harma şamandıra -maksimum tamsayı
-pssmoutpath dizi -pssmouttextn dizi -gbvyolu dizi -gbvextn dizi
-gbvgapo şamandıra -gbvgape şamandıra -gbvoutpath dizi -gbvouttextn dizi
-hnfyolu dizi -hnfextn dizi -hfgapo şamandıra -hfgape şamandıra -hnfoutpath dizi
-hnfouttextn dizi -sigpath dizi -sigextn dizi -yıl sonu liste -alt matrisf
-siggapo şamandıra -siggape şamandıra -sigoutpath dizi -sigouttextn dizi -DB dizi seti
-scopf dosyada

kitap taraması -Yardım

TANIM

kitap taraması EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Protein:3D Structure" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.

SEÇENEKLER

biçem liste
libscan, (i) veritabanı arama modu veya (ii) kitaplık olmak üzere iki moddan birinde çalışır
ekran modu. Veritabanı arama modunda libscan, her biri bir veya daha fazla dizini okur.
tek bir ayırt edici öğe türü içeriyorsa, izin verilen türler seyrektir.
sıra imzası, Gribskov profili, Henikoff profili veya gizli Markov modeli. İçinde
kitaplık ekran modu, libscan bir dizi dizisini okur, her diziyi
kitaplığı (ayırt edici öğelerin dizinleri) ve bir kitaplık tarama dosyası yazar (bunların
en yüksek puan alan aileler) her biri için. Varsayılan değer: 2

-kavramak boole
Varsayılan değer: N

-henik boole
Varsayılan değer: N

-Hmm boole
Varsayılan değer: N

-Sam boole
Varsayılan değer: N

-pssm boole
Varsayılan değer: Y

-sig boole
Varsayılan değer: N

-hmm yolu dizi
Varsayılan değer: ./lib/

-hmmextn dizi
Varsayılan değer: .hmm

-hmmoutpath dizi
Varsayılan değer: ./

-hmmouttextn dizi
Varsayılan değer: .hmmout

-sampath dizi
Varsayılan değer: ./

-aynı metin dizi
Varsayılan değer: .mod

-samoutpath dizi
Varsayılan değer: ./

-samotextn dizi
Varsayılan değer: .samout

-pssmpath dizi
Varsayılan değer: /data/yapı/lib/pssm/

-pssmextn dizi
Varsayılan değer: .chk

-niter tamsayı
Varsayılan değer: 1

-harma şamandıra
Varsayılan değer: 100

-maksimum tamsayı
Varsayılan değer: 1000

-pssmoutpath dizi
Varsayılan değer: ./

-pssmouttextn dizi
Varsayılan değer: .pssmout

-gbvyolu dizi
Varsayılan değer: ./

-gbvextn dizi
Varsayılan değer: .grib

-gbvgapo şamandıra
Varsayılan değer: 10.0

-gbvgape şamandıra
Varsayılan değer: 0.5

-gbvoutpath dizi
Varsayılan değer: ./

-gbvouttextn dizi
Varsayılan değer: .gribout

-hnfyolu dizi
Varsayılan değer: ./

-hnfextn dizi
Varsayılan değer: .henik

-hfgapo şamandıra
Varsayılan değer: 10.0

-hfgape şamandıra
Varsayılan değer: 0.5

-hnfoutpath dizi
Varsayılan değer: ./

-hnfouttextn dizi
Varsayılan değer: .henikout

-sigpath dizi
Varsayılan değer: ./

-sigextn dizi
Varsayılan değer: .sig

-yıl sonu liste
Varsayılan değer: 1

-alt matrisf
Varsayılan değer: EBLOSUM62

-siggapo şamandıra
Varsayılan değer: 10.0

-siggape şamandıra
Varsayılan değer: 0.5

-sigoutpath dizi
Varsayılan değer: ./

-sigouttextn dizi
Varsayılan değer: .sigout

-DB dizi seti
Veritabanı arama modunda libscan, her ayırt edici öğeyi bir diziye karşı tarar.
Ayarlamak. Kitaplık ekranı modunda, libscan bir dizi kümesini okur ve her bir diziyi tarar.
kitaplığa karşı (ayırt edici öğelerin dizinleri) Varsayılan değer: 49142.vdhf

-scopf dosyada
Her iki modda da, bir aile kaynağı olarak bir 'kapsam sınıflandırma dosyası' gereklidir.
sınıflandırma verileri. Kapsam sınıflandırma dosyası, sınıflandırma ve diğer verileri içerir
Scop veritabanındaki alanlar için. Dosya embl benzeri biçimdedir ve oluşturulur
skopparse tarafından. Scopseqs kullanılarak dosyaya etki alanı sıra bilgisi eklenebilir.
Varsayılan değer: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

onworks.net hizmetlerini kullanarak libscane'i çevrimiçi kullanın