miconv - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

miconv - Tıbbi görüntü verilerini formatlar arasında dönüştürür.

SİNOPSİS

mikonv [seçenekleri] []

TANIM

miconv: Tıbbi görüntü verilerini formatlar arasında dönüştürür.

Dosya biçimleri, dosya uzantılarına göre otomatik olarak tanımlanır. Bekliyor
sonunda en az iki dosya adı/dizin (giriş ve çıktı dosyası için)
Komut satırı. Bir istisna, yalnızca bir tane gerektiren '-l' seçeneğidir.
içeriğini listelemek için dosya adı/dizin.

genel seçenekleri:
-l: Boşlukla ayrılmış protokol parametreleri kümesini listeler ve çıkışlar. almak için '-l help' kullanın
olası parametrelerin listesi ve tüm parametreleri listelemek için '-l all'. parametre
Bu seçenek kullanılırken 'çıktı dosyası' atlanmalıdır.

-p: Varsayılanlar için bu protokolü yükleyin

Protokol seçenekleri:
-tarih: Tarama tarihi [yyyymmdd] (varsayılan=20140807yyyymmdd)

-fp: FOV faz yönünde [mm] (varsayılan=220.0mm)

-Fr: FOV okuma yönünde [mm] (varsayılan=220.0mm)

-fs: Kesit yönünde FOV [mm] (varsayılan=5.0mm)

-nr: Ardışık ölçüm sayısı (varsayılan=1)

-nx: Okuma yönündeki nokta sayısı (varsayılan=128)

-ny: Faz yönündeki nokta sayısı (varsayılan=128)

-nz: Dilim yönündeki nokta sayısı (varsayılan=1)

-doğum: Hastaların doğum tarihi [yyyymmdd] (varsayılan=00000000yyyymmdd)

-pid: Benzersiz hasta tanımlayıcısı (varsayılan=Bilinmiyor)

-pname: Tam hasta adı (varsayılan=Bilinmiyor)

-psseks: Hasta cinsiyeti (seçenekler=MFO , varsayılan=O)

-pağırlık: Hasta ağırlığı [kg] (varsayılan=50.0kg)

-bilimsel: Bilim Adamı Adı (varsayılan=Bilinmiyor)

-SD: Dilimler arası mesafe (merkezden merkeze) [mm] (varsayılan=10.0mm)

-sert: Seri Açıklaması (varsayılan=Bilinmiyor)

-serno: Seri Numarası (varsayılan=1)

-st: Dilim kalınlığı [mm] (varsayılan=5.0mm)

-damızlık: Çalışma Açıklaması (varsayılan=Bilinmiyor)

-tcname: İletim bobininin adı (varsayılan=Bilinmiyor)

-Çay: Dizinin yankı süresi [ms] (varsayılan=80.0ms)

Zamanlı: Tarama zamanı [ssss] (varsayılan=091009ssss)

-tr: Ardışık uyarılar arasındaki süre [ms] (varsayılan=1000.0ms)

fileto okumak seçenekleri:
-cplx: Verileri karmaşık olarak ele alın ve verilen bileşeni çıkarın (seçenekler=none abs pha real
görüntü, varsayılan=yok)

-ds: Birden çok veri kümesi okunduğunda çıkarılacak veri kümesi dizini

süzgeç: Yalnızca 'anahtar' protokol parametresinin dizeyi içerdiği veri kümelerini okuyun
'değer' ('anahtar=değer' biçiminde verilir)

-fmap: Azaltılmış bellek kullanımı için, verileri (ham) okuduktan, ancak yazdıktan sonra dosya eşlemesini sürdürün.
diziye girmek bir çökmeye neden olur

-jdx: Birden fazla JDX dizisi varsa, bunu seçin

-rdiyalekt: Biçimin verilen lehçesini kullanarak verileri okuyun. (varsayılan lehçe değildir)

-R F: Formatı okuyun, dosya uzantısını geçersiz kılmak için kullanın (options=autodetect 3db analiz asc
coi dat dcm çift kayan noktalı gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit , varsayılan=otomatik algılama)

-atlamak: Ham verileri okumadan önce bu bayt miktarını atlayın (varsayılan=0)

fileto yazmak seçenekleri:
-eklemek: Yalnızca ham veriler için mevcut dosyaya ekle

-fnamepar: Benzersiz oluştururken dahil edilecek protokol parametrelerinin boşlukla ayrılmış listesi
dosya adları

-ölçeksiz: Tam sayıları saklarken değerleri yeniden ölçeklendirmeyin

-Bölünmüş: Protokol-veri çiftlerini ayrı dosyalara ayırmaya zorlayın.

tipi: Görüntü temsil türü (seçenekler=otomatik kayan çift s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit, varsayılan=otomatik)

-wdiyalekt: Biçimin verilen lehçesini kullanarak veri yazın. (varsayılan lehçe değildir)

-wf: Biçimi yazın, dosya uzantısını geçersiz kılmak için kullanın (options=autodetect 3db analiz asc
coi dat dcm çift kayan noktalı gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit , varsayılan=otomatik algılama)

-wp: Protokolü bu dosyadan ayrı olarak saklayın.

Filtreler:
- hizalamak : Verileri geometriye (voksel konumları) hizalayın
harici bir dosya

-otomatik maske : Otomatik histogram tabanlı eşik kullanarak maske oluşturun

-küme : Boyuta göre sıralanmış sıfır olmayan bitişik/yan komşu voksel kümeleri oluşturun

-dönüştürmek <evrişim çekirdeği (Gauss Filtresiz Üçgen Hann Hamming CosSq Blackman)
BlackmanNuttall Exp ), çekirdek çapı [mm]> : Uzamsal boyutlarda evrişim

-eğilimsizliştirmek <Kaldırılacak düşük frekanslı bileşenlerin sayısı, Ortaya çıkanların sıfır ortalaması
timecourse> : Zamanla yavaş kaymayı kaldırın

-Düzenle <Biçimdeki konum/aralık dizesi (zaman çerçevesi, dilim konumları, aşama konumları, okuma konumları), yeni değer
of voxel> : Tek voksel değerlerini düzenle

-gen maskesi : Değeri olan tüm vokselleri içeren maske oluşturun
verilen aralıkta

-izotrop : enterpolasyon yoluyla görüntü voksellerini izotrop yapın (görüntü
geometri değişmeyecek)

-düşük geçiş : Alçak geçiren filtreleme

-max : Maksimum değerin üzerindeki tüm değerleri kırp

-maksimum : Maksimum yoğunluk projeksiyonu gerçekleştirin
verilen yön üzerinde

-birleştirmek : Zaman boyutunu genişleterek veri kümelerini tek bir veri kümesinde birleştirin

-min : Minimum değerin altındaki tüm değerleri kırpın

-minip : Minimum yoğunluk projeksiyonu gerçekleştirin
verilen yön üzerinde

-noNaN : Her NaN'yi verilen değerle değiştirir

-pflip : Verileri faz yönünde çevir

-prange : Aralığı seçin
faz yönü

-proje : Verilenler üzerinde ortalama projeksiyon gerçekleştirin
yön

-kuantil maskesi : Verilen kesirlinin üzerindeki tüm vokselleri içeren maske oluşturun
eşik

-yeniden örnekle : Görüntü verilerinin geçici olarak yeniden boyutlandırılması

yeniden boyutlandır : Görüntü verilerinin uzamsal olarak yeniden boyutlandırılması

-yeniden dilimleme : görüntüyü belirli bir değere yeniden dilimler
oryantasyon

-rflip : Verileri okuma yönünde çevir

-çürümek : Düzlem içi dönüş

-düzenlemek : Aralığı seçin
yön oku

ölçeğindeki : Görüntü değerlerini yeniden ölçeklendir

-kaymak : Verileri dilim yönünde çevir

-vardiya <readDirectionshift [piksel],phaseDirectionshift [piksel],sliceDirectionshift
[piksel]> : Verileri uzamsal olarak kaydır

-dilim zamanı : için doğru
dilimlerin farklı edinme zaman noktaları

-birleştirme : ekler
verilen yönde görüntü

-tuhaf : Aralığı seçin
dilim yönü

-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : bir yön belirterek boyutları değiştir/yansıt
isteğe bağlı yansıma işareti eklenmiş üçlü

-fayans : Dilimleri kare bir 2B görüntüde birleştirin

-garip : Aralığı seçin
zaman yönü

-tshift : Zamandaki verileri kaydır

-typemax : Belirli bir veri türünün maksimum üzerindeki tüm değerleri kırpın

-yazım : Belirli bir veri türünün minimum altındaki tüm değerleri kırpın

-kullanım maskesi : Dosyadan maske içindeki tüm değerleri içeren 1B veri seti oluşturun

Diğer seçenekleri:
-v veya tüm bileşenlerde veya tek bir bileşende hata ayıklama/izleme için
bileşen sırasıyla. Loglevel için olası değerler: 0(noLog), 1(errorLog),
2(uyarı Günlüğü), 3(bilgi Günlüğü).

-h, --yardım et, -Yardım, --versiyon : Yardım metnini veya sürüm bilgilerini yazdırın

destekli dosya uzantılar(formatlar):
3db (Iris3D ikili veri)

çözümlemek
(NIFTI/ANALYZE, lehçeler: fsl )

asc (ASCII, lehçeler: tcourse )

coi (JCAMP-DX veri kümeleri)

dat (Matlab ascii 2D veri matrisi)

dcm (DICOM, lehçeler: siemens )

double (çift ham veri)

yüzer (ham verileri yüzer)

gz (diğer formatlar için GNU-Zip kabı)

hdr (Interfile, lehçeler: neurostat )

hdr (NIFTI/ANALYZE, lehçeler: fsl )

idx (ASCII'de sıfır olmayanların 3B endeksleri)

ima (DICOM, lehçeler: siemens)

ara dosya
(Interfile, lehçeler: neurostat )

jdx (JCAMP-DX görüntü formatı)

mag (DICOM, lehçeler: siemens )

mhd (MetaGörüntü)

nii (NIFTI/ANALYZE, lehçeler: fsl )

ph (DICOM, lehçeler: siemens)

png (Taşınabilir Ağ Grafikleri)

pos (ASCII'de sıfır olmayanların xy konumları)

pro (ODIN ölçüm protokolleri)

kayıt (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (imzalı 16 bit ham veri)

s32bit (imzalı 32 bit ham veri)

s8bit (imzalı 8 bit ham veri)

smp (JCAMP-DX veri kümeleri)

u16bit (imzasız 16 bit ham veri)

u32bit (imzasız 32 bit ham veri)

u8bit (imzasız 8 bit ham veri)

onworks.net hizmetlerini kullanarak miconv'u çevrimiçi kullanın