miniasm - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

miniasm - uzun okuma dizileri için yeni birleştirici

SİNOPSİS

miniazma [-b12V] [-m minMaç] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f Dosyayı oku] [-n
nTurlar] [-r düşme Oranı] [-F finalDropRatio] [-p çıktıBilgisi] haritalama.paf > çıktı.gfa

TANIM

Miniasm, gürültülü uzun okumalar için çok hızlı bir OLC tabanlı de novo derleyicidir. Hepsi-vs- alır
tümü giriş olarak PAF formatındaki kendi kendine eşlemeleri okur ve GFA'da bir montaj grafiğinin çıktısını alır
biçim. Ana akım montajcılardan farklı olarak miniasm'ın bir fikir birliği adımı yoktur. BT
son birim dizileri oluşturmak için okuma dizilerinin parçalarını basitçe birleştirir. Böylece
taban başına hata oranı ham girdi okumalarına benzer.

SEÇENEKLER

ön seçim seçenekleri
-m INT Şunun altında olan eşlemeleri bırak: INT eşleşen bazlar (PAF'da col10) [100]. Bu
seçenek ile aynı role sahiptir -L mini haritadan.

-s INT Eşlemeleri şundan daha kısa bırak: INT-bp [1000]. Bu seçenek aynı zamanda ikinciyi de etkiler.
okuma filtreleme turu ve minimum örtüşme uzunluğu.

-i FLOAT Okuma filtrelemesi sırasında aşağıdaki col10/col11 ile eşlemeleri yok sayın FLOAT [0.05].
Yoksayılan eşlemeler okuma çakışmaları için hâlâ kullanılmaktadır.

-c INT Diğer okumalar tarafından minimum kapsam [3]. Filtrelemenin ilk turunda miniazm
kapsadığı en uzun bölgeyi bulur. INT veya daha fazla okuma. İkinci turda ise
ek olarak kalan her bir tabanın kapsanmasını gerektirir INT en azından bazlar
minSpan/2 diğer okumaların sonundan.

Çakışan seçenekleri
-o INT Minimum örtüşme uzunluğu [aynı minSpan]

-h INT Maksimum çıkma uzunluğu [1000]. Çıkıntı, haritalandırılmamış bir bölgedir.
gerçek bir örtüşme veya gerçek sınırlama dikkate alınarak haritalanmıştır. Çıkıntı çok uzunsa,
eşleme dahili bir eşleşme olarak kabul edilir ve dikkate alınmaz.

-I FLOAT Bir eşleme için eşleme uzunluğunun eşleme+çıkıntı uzunluğuna minimum oranı
bir sınırlama veya örtüşme olarak kabul edilir [0.8]. Bu seçenek şuna benzer bir role sahiptir:
-hancak uzunluğu değil oranı kontrol eder.

grafik düzen seçenekleri
-g INT Bir haritalamada iki okuma arasındaki maksimum boşluk farkları [1000]. Bu parametre
yalnızca geçişli indirgeme için kullanılır.

-d INT Kabarcık patlatma için maksimum problama mesafesi [50000]. Kabarcıklar daha uzun INT
atılmayacaktır.

-e INT Bir birim, aşağıdakilerden daha azından oluşuyorsa küçük kabul edilir. INT [4] okur.
Miniasm çeşitli aşamalarda küçük birimleri kaldırmaya çalışabilir.

-f DOSYA Birim diziler oluşturmak için FASTA veya FASTQ formatında dizi dosyasını okuyun
[hükümsüz]. Bu seçenek yoksa miniasm, GFA çıktısı üretir.
dizileri.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
Maksimum ve minimum örtüşme düşme oranı [0.7,0.5]. Örtüşme(v->w) örtüşme olsun
kenarın uzunluğu v->w ve maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} en büyüğün uzunluğu olsun
örtüşmek. Eğer örtüşme(v->w)/maxovlp(v) a'nın altındaysa miniazma düşer örtüşme v->w
eşik bu seçenek tarafından kontrol edilir. Miniazm geçerlidir nTurlar kısa turlar
arasında artan bir eşik ile örtüşmenin kaldırılması FLOAT1 ve FLOAT2.

-n INT Kısa örtüşme kaldırma turları [3].

-F FLOAT Kısa süre birim çıkarmadan sonra örtüşme düşme oranı eşiği [0.8]

Diğer seçenekleri
-b Girişte aynı eşlemenin muhtemelen iki kez verileceğini belirtin

-1 Montaj öncesi okuma seçiminin ilk turunu atlayın

-2 Montaj öncesi okuma seçiminin ikinci turunu atlayın

-p STR Çıktı bilgileri ve formatı [ug]. Olası STR değerler şunları içerir - yatak: postalamak-
BED formatında filtrelenmiş okuma bölgeleri; paf: sonradan filtrelenenler arasındaki eşlemeler
okur; sg: örtüşme grafiğini GFA formatında okuyun; ug: GFA'daki birim grafik
biçimi.

-V Sürüm numarasını stdout'a yazdır

GİRİŞ FORMAT

Miniasm, eşleme konumlarını bir TAB- olan İkili mApping Formatında (PAF) okur.
bölümünde açıklandığı gibi en az 12 alandan oluşan her satırla sınırlandırılmış metin biçimi
aşağıdaki tablo:

┌────┬─────────────────────────────────────── ────────────────────────┐
│Col │ Tip │ Açıklama │
├────┼─────────────────────────────────────── ────────────────────────┤
│ 1 │ string │ Sorgu dizisi adı │
│ 2 │ int │ Sorgu dizisi uzunluğu │
│ 3 │ int │ Sorgu başlangıç ​​koordinatı (0 tabanlı) │
│ 4 │ int │ Bitiş koordinatını sorgula (0 tabanlı) │
│ 5 │ char │ `+' eğer sorgu ve hedef aynı dizide ise; `-' tersi ise │
│ 6 │ dizi │ Hedef dizi adı │
│ 7 │ int │ Hedef dizi uzunluğu │
│ 8 │ int │ Orijinal dizide hedef başlangıç ​​koordinatı │
│ 9 │ int │ Orijinal dizide hedef bitiş koordinatı │
│ 10 │ int │ Eşlemedeki eşleşen bazların sayısı │
│ 11 │ int │ Eşlemede boşluklar dahil sayı tabanları │
│ 12 │ int │ Eşleme kalitesi (eksik için 0 ile 255-255) │
└────┴─────────────────────────────────────── ────────────────────────┘

Bakınız mini harita(1) her alanın ayrıntılı açıklaması için.

ÇIKTI FORMAT

Miniasm, derlemenin çıktısını Grafiksel Parça Düzeneği formatında (GFA) verir. Bu bir
satır tabanlı SEKME ile ayrılmış format, baştaki harf satırın türünü belirtir.
Aşağıdaki tablo miniasm tarafından kullanılan çizgi türlerini vermektedir:

┌─────┬─────────────┬──────────────────── ───────── ───────────────────────┐
│çizgi │ Yorum Yap │ Sabit alanları │
├─────┼─────────────┼──────────────────── ───────── ───────────────────────┤
│ H │ Başlık │ Yok │
│ S │ Segment │ segName segSıra │
│ L │ Örtüşme │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Altın yol │ utgName utgStart readName:start-end readOri uzunluğu │
└─────┴─────────────┴──────────────────── ───────── ───────────────────────┘

Onworks.net hizmetlerini kullanarak miniasm'ı çevrimiçi kullanın