bp_papplmaker.plp - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

papplmaker.PLS - Генератор модулів інструментів аналізу

СИНТАКСИС

# отримати допомогу
papplmaker.PLS -h

# створити модуль для програми 'seqret'
papplmaker.PLS -n edit.seqret

# так само, але вкажіть, де знайти "seqret"
papplmaker.PLS -n редагувати::seqret
-l http://localhost:8080/вісь/послуги

# так само, але вкажіть метод доступу, який не є стандартним, до 'seqret'
papplmaker.PLS -n редагувати::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
- a corba

# генерувати модулі для всіх доступних аналізів
# (з використанням розташування за замовчуванням і методу доступу за замовчуванням)
papplmaker.PLS

# не генерувати, але дивитися, що буде згенеровано
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# створити модуль для аналізу 'edit::seqret'
# але назвіть його "MySeqret"
papplmaker.PLS -n редагувати::seqret -m MySeqret

# ...і використовуйте його
використовувати MySeqret;
надрукувати новий MySeqret->sequence_direct_data ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->чекати
->outseq;

# те саме, але помістіть результат у каталог '/tmp/my'
# (каталоги не повинні існувати)
papplmaker.PLS -n редагувати::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# генерувати модулі для всіх аналізів, чиї імена
# відповідає регулярному виразу (не чутливий до регістру)
papplmaker.PLS -r 'редагувати'

# те саме, але згенерований модуль з вашими іменами
# (дозволяючи papplmaker.PLS замінювати частини ваших імен)
papplmaker.PLS -r 'редагувати' -m 'My_$ANALYSIS'

ОПИС

Модуль «Bio::Tools::Run::Analysis» надає доступ до локального та віддаленого аналізу
інструменти в уніфікований спосіб (визначено в "Bio::AnalysisI"). Модуль використовує загальний підхід
дозволяє встановлювати довільні вхідні дані та отримувати результати, називаючи їх. однак,
іноді зручніше використовувати певний модуль, що представляє собою один інструмент аналізу,
яка вже знає про доступні вхідні дані та імена результатів.

Генератор «papplmaker.PLS» створює такі виділені модулі.

"papplmaker.PLS" використовує той самий метод доступу, що й загальний модуль - це означає
залежно від параметра "доступ" він може використовувати SOAP, CORBA або будь-який інший (підтримуваний)
протокол, або він може отримати доступ до локального аналізу (доступний на тій же машині, де
"papplmaker.PLS" викликається).

"papplmaker.PLS" виконує свою роботу або для одного іменованого аналізу (вказується параметром "-n",
або використовує модуль "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory", щоб знайти аналізи
доступний і може обмежити їх кількість, зіставляючи з регулярним виразом, заданим
параметр «-r».

Згенерований модуль або модулі називаються за замовчуванням так само, як імена
відповідні аналізи, але це можна змінити за допомогою параметра "-m", який насправді є a
шаблон, де розпізнаються та замінюються такі рядки:

$ANALYSIS або ${ANALYSIS}
Буде замінено назвою аналізу.

$CATEGORY або ${CATEGORY}
Буде замінено на назву категорії, до якої належить аналіз.

$SERVICE або ${SERVICE}
Буде замінено повною назвою служби (яка зазвичай є конкатенацією
категорії та імені аналізу, і воно також використовується як назва модуля за замовчуванням, до речі).

Яка різниця між «послугою» та «аналізом», і що означає «категорія»?
Іноді ці терміни можуть бути заплутаними, оскільки вони можуть означати дещо різні речі
залежно від методу доступу, який використовується для спілкування з ними. Як правило, це «аналіз».
програма (додаток, інструмент), що виконується десь, але іноді на локальній машині. An
прикладом аналізу є "seqret" (з пакета EMBOSS). Аналізи можна згрупувати
на категорії за їхніми функціями або за типом даних, з якими вони мають справу (але іноді є
категорій взагалі немає). До кожного аналізу можна отримати доступ, використовуючи більш високий рівень
абстракція, «сервіс». Служба зазвичай є обгорткою, що залежить від протоколу, наприклад Web
Сервіс або послуга CORBA. Наприклад, є служба "edit::seqret", яка
представляє аналіз "seqret" в категорії "редагувати".

ЗВ'ЯЗОК

Розсилка списки
Відгуки користувачів є невід’ємною частиною розвитку цього та інших модулів Bioperl. Надіслати
Ваші коментарі та пропозиції бажано надсилати до списку розсилки Bioperl. Ваша участь
дуже цінується.

[захищено електронною поштою] - Загальне обговорення
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Про списки розсилки

Звітність Помилки
Повідомляйте про помилки в систему відстеження помилок Bioperl, щоб допомогти нам відстежувати помилки та їх
резолюція. Звіти про помилки можна надсилати через Інтернет:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

Використовуйте bp_papplmaker.plp онлайн за допомогою служб onworks.net