Це команда bp_taxonomy2treep, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
bp_taxonomy2tree - Побудова таксономічного дерева на основі повного походження набору
назви видів
ОПИС
Цей сценарій шукає надані назви видів у базі даних таксономії NCBI, витягує
їх повний рід і поміщає їх у таксономічне дерево Ньюіка, яке відображається на екрані.
bp_taxonomy2tree.pl -s Орангутан -s Горила -s Шимпанзе -s Люди
bp_taxonomy2tree.pl -s Орангутан -s Горила -s Шимпанзе -s "Homo Sapiens"
Може також надати -d, щоб вказати каталог для зберігання файлів індексу, -o, щоб вказати
розташування вашого файлу вузлів NCBI та -a для файлу імен NCBI. Або варіант -e для використання
веб-базу таксономії Entrez, якщо у вас не встановлено плоскі файли NCBI.
Цей скрипт вимагає, щоб також був встановлений запущений bioperl pkg.
Надання файлів nodes.dmp та names.dmp із дампу таксономії NCBI (див.
Bio::DB::Taxonomy::flatfile для додаткової інформації) необхідний лише під час першого запуску.
Це створить локальні індекси і може зайняти досить багато часу. Однак після створення,
ці індекси дозволять видам швидко отримати доступ до ідентифікатора таксона АБО до назви виду
пошукові запити.
АВТОР - Габріель Валенте, повторно реалізовано by Сенду Бала
Електронна пошта [захищено електронною поштою] Електронна пошта [захищено електронною поштою]
Використовуйте bp_taxonomy2treep онлайн за допомогою служб onworks.net
