Це команда Dane, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
dan - Розраховує температуру плавлення нуклеїнової кислоти
СИНТАКСИС
Дан - послідовність seqall - розмір вікна ціле -приріст зсуву ціле -днаконц плавати
-конц солі плавати [- продукт переключитися] -формамід плавати - невідповідність плавати -продлен ціле
[-термо переключитися] -температура плавати -рна boolean - сюжет переключитися - mintemp плавати
-граф ксиграф - вихідний файл звітом
Дан -допомога
ОПИС
Дан — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейське відкрите програмне забезпечення для молекулярної біології
Люкс»). Це частина командної групи "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqall
Вимагається розділ
- розмір вікна ціле
Значення температури плавлення та інших термодинамічних властивостей послідовності є
визначається шляхом взяття короткої послідовності, відомої як вікно, і визначення
властивості послідовності у цьому вікні. Вікно поступово переміщується уздовж
послідовність з обчисленням властивостей для кожної нової позиції. Значення за замовчуванням: 20
-приріст зсуву ціле
Це величина, на яку вікно переміщується з кожним кроком, щоб знайти
температура плавлення та інші властивості вздовж послідовності. Значення за замовчуванням: 1
-днаконц плавати
Значення за замовчуванням: 50.
-конц солі плавати
Значення за замовчуванням: 50.
Додатковий розділ
Product опції
- продукт переключитися
Це підказує відсоток формаміду, відсоток дозволених невідповідностей та довжину продукту.
-формамід плавати
Це визначає відсоток формаміду, який буде використовуватися в розрахунках (він ігнорується, якщо
-використовується продукт). Значення за замовчуванням: 0.
- невідповідність плавати
Це визначає відсоткову невідповідність, яка буде використовуватися в обчисленнях (вона ігнорується, якщо
-використовується продукт). Значення за замовчуванням: 0.
-продлен ціле
Це визначає довжину продукту, яка буде використовуватися в розрахунках (вона ігнорується, якщо
-використовується продукт). Значення за замовчуванням: $(windowsize)
Термодинамічний опції
-термо переключитися
Виведіть значення DeltaG, DeltaH і DeltaS вікон послідовності у вихідні дані
файлу.
-температура плавати
Якщо вказано -thermo, це визначає температуру, при якій потрібно
обчислити значення DeltaG, DeltaH і DeltaS. Значення за замовчуванням: 25.
Advanced розділ
-рна boolean
Це вказує, що послідовність є послідовністю РНК, а не послідовністю ДНК.
Вихід розділ
- сюжет переключитися
Якщо це не вказано, то створюється файл вихідних даних, інакше — графік
виробляється температура плавлення вздовж послідовності.
- mintemp плавати
Введіть мінімальне значення для шкали температури (вісь Y) графіка. Значення за замовчуванням:
55.
-граф ксиграф
- вихідний файл звітом
Якщо графік не створюється, то дані про температуру плавлення тощо в кожному вікні
вздовж послідовності виводиться у файл.
Використовуйте dane онлайн за допомогою служб onworks.net
