extractfeate - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

extractfeat - Витягніть функції з послідовності (послідовностей)

СИНТАКСИС

ekstraktfeat - послідовність seqall [-перед ціле] [-після ціле] [-Source рядок]
[-типу рядок] [-сенс ціле] [-мінімальний рахунок плавати] [- максимальний бал плавати]
[-таг рядок] [-значення рядок] [- приєднатися boolean] [- ім'я виконавця boolean]
[-описати рядок] -outseq seqout

ekstraktfeat -допомога

ОПИС

ekstraktfeat — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина команд (груп) "Редагувати, таблиці функцій".

ВАРІАНТИ

вхід розділ
- послідовність seqall

Додатковий розділ
-перед ціле
Якщо це значення більше 0, то ця кількість основ або залишків перед
функції включені в витягнуту послідовність. Це дозволяє отримати контекст
функція. Якщо це значення від’ємне, то почнеться початок витягнутої послідовності
бути цією кількістю основ/залишків до кінця ознаки. Отже, значення '10'
розпочне екстракцію за 10 основ/залишків до початку послідовності, і a
значення '-10' розпочне вилучення 10 основ/залишків до закінчення
особливість. Вихідна послідовність буде доповнена символами 'N' або 'X', якщо послідовність
починається після необхідного початку екстракції.

-після ціле
Якщо це значення більше 0, то ця кількість основ або залишків після
функції включені в витягнуту послідовність. Це дозволяє отримати контекст
функція. Якщо це значення негативне, то буде кінець витягнутої послідовності
ця кількість основ/залишків після початку функції. Отже, значення '10' буде
закінчення екстракції 10 підстав/залишків після закінчення послідовності і значення
«-10» завершить вилучення 10 основ/залишків після початку функції. The
вихідна послідовність буде доповнена символами 'N' або 'X', якщо послідовність закінчується раніше
необхідний кінець екстракції.

-Source рядок
За замовчуванням відображається будь-яке джерело функцій у таблиці функцій. Ви можете встановити відповідність
будь-яке джерело функцій, яке ви хочете показати. Ім’ям джерела зазвичай є або ім’я
програма, яка виявила функцію, або це таблиця ознак (наприклад: EMBL),
особливість прийшла з. Джерело можна використовувати підстановочними знаками, використовуючи «*». Якщо ви хочете показати більше
ніж одне джерело, розділіть їх назви символом '|', наприклад: ген* | embl За замовчуванням
значення: *

-типу рядок
За замовчуванням витягується кожна функція в таблиці ознак. Ви можете встановити будь-який
тип об’єкта, який ви хочете вилучити. Побачити http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ для переліку
типи функцій EMBL і див. посібник користувача Uniprot
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation для переліку функцій Uniprot
типи. Тип можна використовувати підстановочним знаком, використовуючи «*». Якщо ви хочете витягти більше одного
типу, відокремте їх назви символом '|', наприклад: *UTR | intron Значення за замовчуванням: *

-сенс ціле
За замовчуванням витягується будь-який тип об’єктів у таблиці об’єктів. Ви можете встановити це на
відповідати будь-якій функції, яку ви бажаєте. 0 - будь-який сенс, 1 - прямий сенс, -1 - зворотний сенс

-мінімальний рахунок плавати
Мінімальний бал функції для вилучення (див. також maxscore) Значення за замовчуванням: 0.0

- максимальний бал плавати
Максимальний бал функції для вилучення. Якщо обидва мінімальний і максимальний бали дорівнюють нулю (
за замовчуванням), то будь-яка оцінка ігнорується. Значення за замовчуванням: 0.0

-таг рядок
Теги – це типи додаткових значень, які може мати функція. Наприклад, в EMBL
таблиця функцій, функція типу "CDS" може мати теги "/codon", "/codon_start",
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id', '/pseudo',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' або '/usedin'.
Деякі з цих тегів також мають значення, наприклад '/gene' може мати значення
назва гена. За замовчуванням витягується будь-який тег функції в таблиці функцій. Ви можете встановити
це відповідати будь-якому тегу функції, який ви хочете показати. Тег можна використовувати підстановочним знаком
'*'. Якщо ви хочете витягти більше одного тега, розділіть їх імена символом
'|', наприклад: ген | label Значення за замовчуванням: *

-значення рядок
Значення тегів – це значення, пов’язані з тегом функції. Теги – це типи додаткових
значення, які може мати функція. Наприклад, у таблиці функцій EMBL тип «CDS».
функція може мати теги '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number',
'/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label', '/map', '/note', '/number',
'/часткова', '/продукт', '/protein_id', '/pseudo', '/standard_name', '/translation',
'/transl_except', '/transl_table' або '/usedin'. Лише деякі з цих тегів можуть мати
значення, наприклад '/gene', можуть мати значення імені гена. За замовчуванням будь-який
Значення тегу функції відображається в таблиці функцій. Ви можете встановити це відповідно до будь-якої функції
значення тегу, яке ви хочете показати. Значення тегу можна використовувати підстановкою за допомогою символу "*". Якщо ви хочете
щоб відобразити більше одного значення тегу, розділіть їх назви пробілом або символом
'|', наприклад: pax* | 10 Значення за замовчуванням: *

Вихід розділ
- приєднатися boolean
Деякі ознаки, такі як CDS (кодуюча послідовність) і мРНК, складаються з інтронів
з'єднані разом. Можуть бути й інші форми "приєднаної" послідовності, залежно від
таблиця характеристик. Якщо для цього параметра встановлено значення TRUE, будь-яка група цих функцій буде
вивести як одну послідовність. Якщо кваліфікатори "до" і "після" встановлені,
тоді додається лише послідовність перед першою ознакою та після останньої.
Значення за замовчуванням: N

- ім'я виконавця boolean
Щоб допомогти вам визначити тип виведеної функції, тип
функція додається до початку опису вихідної послідовності. Іноді
опис послідовності втрачається при подальшій обробці файлу послідовностей, тому
корисно, щоб тип був частиною імені ідентифікатора послідовності. Якщо ви встановите це так
TRUE, тоді ім’я додається до імені ідентифікатора вихідної послідовності. Значення за замовчуванням: N

-описати рядок
Щоб допомогти вам визначити деякі додаткові властивості виведеної функції,
це дозволяє вказати одне або кілька імен тегів, які слід додати до виводу
Текст опису послідовності разом із їх значеннями (якщо є). Наприклад, якщо це
встановлено як "ген", то якщо будь-яка вихідна функція має тег (наприклад)
'/gene=BRCA1', пов'язаний з ним, то текст '(gene=BRCA1)' буде додано до
Рядок з описом. Теги – це типи додаткових значень, які може мати функція. Для
Наприклад, у таблиці функцій EMBL функція типу "CDS" може мати теги "/codon",
'/codon_start', '/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function',
'/gene', '/label', '/map', '/note', '/number', '/partial', '/product', '/protein_id',
'/pseudo', '/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' або
'/usedin'. Деякі з цих тегів також мають значення, наприклад '/gene' може мати значення
назви гена. За замовчуванням тег функції не відображається. Ви можете встановити відповідність
будь-який тег функції, який ви хочете показати. Тег може бути позначений символом підстановки за допомогою '*'. Якщо ви хочете
щоб витягти більше одного тега, розділіть їх імена символом '|', наприклад: ген |
етикетка

-outseq seqout

Використовуйте extrafeate онлайн за допомогою служб onworks.net