Це команда fastaq-to_tiling_bam, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fastaq_to_tiling_bam - Зробіть файл BAM з читаннями, рівномірно розподіленими по вхідним
посилання
ОПИС
використання: fastaq_to_tiling_bam [параметри]
Бере файл послідовності. Створює файл BAM, що містить ідеальні (непарні) читання, розкладаючи плитку
весь геном
позиційний аргументи:
infile Назва вхідного файлу fasta/q
довжина_читання
Тривалість читань
read_step
Відстань між початком кожного читання
read_prefix
Префікс прочитаних імен
вихідний файл
Ім'я вихідного файлу BAM
необов'язковий аргументи:
-h, --допомога
показати це повідомлення довідки та вийти
--qual_char QUAL_CHAR
Символ для оцінки якості [I]
--read_group READ_GROUP
Додайте вказаний ідентифікатор групи читання до всіх читань [42]
Важливо: передбачається, що samtools знаходиться на вашому шляху
Використовуйте fastaq-to_tiling_bam онлайн за допомогою служб onworks.net
