Це команда gdcmimg, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gdcmimg - маніпулювання файлом зображення DICOM.
gdcmimg — це інструмент низького рівня, який дозволяє де-/інкапсуляцію з/в зображення DICOM. Цей інструмент робить
не розуміє перетворення синтаксису передачі. Він інкапсулює вихідні дані як є. Це
має певний вплив у деяких випадках, див. спеціальні попередження нижче.
Важливо зазначити, що gdcmimg може інкапсулювати лише правильний вхідний файл, наприклад
JPG або JP2 приймаються, оскільки можна знайти відповідний синтаксис передачі DICOM.
Однак такі вхідні дані, як TIFF та/або PNG, не є, оскільки DICOM їх не підтримує. Побачити
натомість такий інструмент, як gdcm2vtk.
СИНТАКСИС
gdcmimg [параметри] файл-вхід файл-вихід
ОПИС
Команда gdcmimg Інструмент командного рядка можна використовувати двома способами:
· 1. Перетворення розпізнаного формату файлу в його інкапсульований аналог DICOM,
· 2. Анонімізація прямокутної частини файлу DICOM.
ПАРАМЕТРИ
вхідне ім'я файлу (не DICOM)
виведення файлу DICOM вихідне ім'я файлу
ВАРІАНТИ
-i --input Введіть ім'я файлу
-o --output Вивести назву файлу
ОСОБЛИВО ВАРІАНТИ
--endian %s Endian (LSB/MSB).
-d --depth %d Глибина (або 8/16/32, або BitsAllocated, наприклад, 12, якщо відомо).
--sign %s Знак пікселя (0/1).
--spp %d вибірки на піксель (1/3).
-s --розмір %d,%d Розмір.
-C --sop-class-uid UID класу SOP (ім'я або значення).
-T --study-uid UID дослідження.
-S --series-uid UID серії.
--root-uid Кореневий UID.
Заповнити ВАРІАНТИ
-R --регіон %d,%d регіон.
-F --fill %d Заливка вказаним значенням пікселя.
Загальні відомості ВАРІАНТИ
-h --допомога
роздрукувати цей текст довідки та вийти
-v --версія
роздрукувати інформацію про версію та вийти
-V --дослівно
докладний режим (попередження+помилка).
-W --попередження
режим попередження, друк попереджувальної інформації
-E --помилка
режим помилки, роздрукувати інформацію про помилку
-D --налагодження
режим налагодження, друк налагоджувальної інформації
НАВКОЛИШНЄ СЕРЕДОВИЩЕ ЗМІННИЙ
GDCM_ROOT_UID Кореневий UID
ПІДТРИМАНО Фото ФОРМАТ (ПІДХОДНИЙ Фото РОЗДОВЖЕННЯ)
gdcmimg буде базувати свій процес перетворення на основі розширення файлу. Слідує за списком
розпізнане розширення файлу. Якщо розширення не знайдено, вважається, що файл DICOM.
формат введення
* RAW (raw, rawl, сірий, rgb)
* RLE (рле)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()
вихідний формат:
* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()
Для формату RAW слід особливо подбати про параметр –endian. Для (старих)
Формат файлу JPEG, підтримується як формат із втратами, так і без втрат, користувач повинен заплатити
зверніть увагу на параметр –знак. Для форматів файлів, таких як RLE або RAW, користувач повинен
заповніть інформацію, необхідну для пошуку розміру та типу вхідних даних, оскільки немає
іншим способом знайти цю інформацію. Для всіх інших форматів файлів властивості є похідними
із самого формату файлу.
Передбачається, що файл PNM має бути великим байтом (важливо для глибини > 8)
ТИПИЧНИЙ ВИКОРИСТАННЯ
Видалення a прямокутний частина of зображення
Щоб заповнити область [0,100]x[0,100] зображення DICOM, просто виконайте:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
Попередження: якщо піксельні дані стискаються, зображення спочатку розпаковується таким чином, щоб цей піксель
можна встановити на 0, але не стискається повторно.
Конвертувати RAW до DICOM
Розпізнане розширення: .raw, .rawl, .gray або .rgb (не чутливий до регістру)
$ gdcmimg --розмір 512,512 16 --глибина XNUMX -i input.raw -o output.dcm
зображення буде вторинним знімком.
Коли вхід складається з 3 компонентів, потрібно явно вказати вибірки на піксель:
$ gdcmimg --розмір 512,512 3 --spp XNUMX input_rgb.raw output_rgb.dcm
Якщо ім’я файлу містить розширення .rgb, вихідний файл автоматично розпізнається як
RGB не потрібно вказувати –spp
$ gdcmimg --розмір 512,512 XNUMX input.rgb output_rgb.dcm
Ви можете використовувати dd cmd, щоб пропустити будь-який заголовок, який ви хочете відкинути, наприклад, якщо
ви хочете пропустити перші 108 байт, просто виконайте:
$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
Розширення .raw і .rawl еквівалентні. Вам потрібно явно вказати порядність байтів
вручну:
$ gdcmimg --endian MSB --розмір 512,512 16 --глибина XNUMX -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --розмір 512,512 --глибина 16 -i input.raw -o output.dcm
Конвертувати PGM/PNM/PPM до DICOM
Розпізнаними розширеннями є .pgm, .pnm, .ppm (не чутливі до регістру)
$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm
зображення буде вторинним знімком
Конвертувати RLE до DICOM
Розпізнане розширення .rle (нечутливе до регістру)
$ gdcmimg --розмір 512,512 --глибина 16 -i input.rle -o output.dcm
зображення буде вторинним знімком
Конвертувати JPEG до DICOM
Розпізнані розширення: .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (не чутливі до регістру)
$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm
зображення буде вторинним знімком
Конвертувати J2K до DICOM
Розпізнаними розширеннями є .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (не чутливі до регістру)
$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm
зображення буде вторинним знімком.
Вся інформація про піксель (збережені/розподілені біти...) буде отримана з самого зображення,
а не з параметрів командного рядка.
Уточнення a СОП Клас UID
Замість стандартного вторинного сховища зображень захоплення можна вказати, скажімо, VL
Зберігання фотографічних зображень.
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm
БАГАТО ФАЙЛИ
gdcmimg добре обробляє набір файлів (наприклад, jpeg):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm
В іншому випадку важливо вказати клас SOP, який підтримує багатокадрові зображення
gdcmimg не вийде.
Почати гру OFFSET
У деяких випадках може виникнути потреба створити 2D-зріз з довільного обсягу (наприклад, 3D). в
в якому випадку – зміщення стає зручним:
$ gdcmimg --зміщення 4954104330 --розмір 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm
УВАГА
Існує кілька проблем із реалізацією gdcmimg:
Для файлу RAW слід звернути увагу, що при використанні –endian MSB будуть дані пікселів
інкапсульований як є (не торкається gdcmimg). Тому єдино можливий синтаксис передачі
доступним є Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM справді обробляє це приватне
Синтаксис передачі. Отже, якщо вам потрібно перетворити цей синтаксис передачі в інший (і дозволити
Pixel Data manipulation), ви можете використовувати:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
Для файлу JFIF і файлу JP2 (із заголовком) заголовок копіюється в елемент Pixel Data
що є незаконним для JP2. Використовуйте gdcmconv, щоб правильно перекодувати файл JP2/JFIF у J2K/JPG.
$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm
Для файлу RLE не проводиться перевірка перетину межі рядка. Рекомендується використовувати
gdcmconv –rle для повторного кодування у відповідний RLE-файл у разі сумнівів.
Звичайно, якщо стиснення не відповідає вашим налаштуванням, ви завжди можете деінкапсулювати файл
DICOM-файл (зазвичай JPEG) у неінкапсульовану форму, використовуючи gdcmconv:
$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm
Використовуйте gdcmimg онлайн за допомогою служб onworks.net
