Це команда gmx-spatial, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-spatial - Розрахувати функцію просторового розподілу
СИНТАКСИС
gmx просторовий [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ні]ж] [-[ні]pbc]
[-[ні]розд] [-ігн ] [-бін ] [-наб ]
ОПИС
gmx просторовий обчислює функцію просторового розподілу та виводить її у формі, яка може
бути прочитаний VMD як формат куба Gaussian98. Для системи з 32,000 50 атомів і XNUMX нс
траєкторії, SDF може бути згенеровано приблизно за 30 хвилин, причому більшу частину часу буде виділено
до двох проходить через trjconv які необхідні для правильного центрування. Це
також займає цілу купу місця (3 копії файлу траєкторії). Все-таки картинки
гарні та дуже інформативні, якщо правильно підібраний вибір. 3-4 атоми в
широко мобільна група (наприклад, вільна амінокислота в розчині) добре працює, або виберіть
білковий скелет у стабільній складчастій структурі, щоб отримати SDF розчинника і подивитися на
усереднена за часом сольватаційна оболонка. Також можна використовувати цю програму для створення SDF
на основі деякої довільної декартової координати. Для цього просто пропустіть попереднє gmx
trjconv кроки.
Використання:
1. використання gmx make_ndx щоб створити групу, що містить атоми, навколо яких потрібно створити SDF
2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter трик -ур компактний -pbc ніхто
3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -підходить гниль+транс
4. бігати gmx просторовий на c.tng вихід кроку №3.
5. Навантаження сітка.куб у VMD і розглядати як ізоповерхню.
примітки що знадобляться таким системам, як міцели gmx trjconv -pbc кластер між кроками 1
і 2.
Попередження
SDF буде згенеровано для куба, який містить усі ящики, які мають деякі відмінні від нуля
зайнятість. Проте підготовчий -підходить гниль+транс варіант до gmx trjconv Має на увазі, що
ваша система буде обертатися і транслюватися в просторі (для того, щоб вибрана група
не). Тому повернуті значення будуть дійсними лише для певного регіону
навколо вашої центральної групи/координати, яка повністю перекриває гучність системи
вся переведена/поворотна система по ходу траєкторії. Це залежить від
користувача, щоб переконатися, що це так.
Ризикований опції
Щоб зменшити необхідний простір і час, ви можете вивести лише ті координати, які є
буде використано під час першого та наступного проходження gmx trjconv. Однак обов’язково
встановити -наб опцію до достатньо високого значення, оскільки пам'ять виділена для кубів
на основі початкових координат і -наб вартість опціону.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-[ні]pbc (немає)
Використовуйте періодичні граничні умови для обчислення відстаней
-[ні]розд (так)
Обчисліть і застосуйте дільник для заповнюваності бункера на основі атомів/мінімального куба
розмір. Встановити як TRUE для візуалізації і як FALSE (-нодив), щоб отримати точні підрахунки
за кадр
-ігн (-1)
Не відображайте цю кількість зовнішніх кубів (позитивні значення можуть зменшити межу
цятки; -1 забезпечує видимість зовнішньої поверхні)
-бін (0.05)
Ширина бункерів (нм)
-наб (4)
Кількість додаткових ящиків для забезпечення належного розподілу пам’яті
KNOWN ПИТАННЯ
· Коли виділена пам'ять недостатньо велика, може виникнути помилка сегментації. Це
зазвичай виявляється, і програма зупиняється перед несправністю під час відображення попередження
повідомлення, яке пропонує використовувати -наб Параметр (Кількість додаткових ящиків). Однак,
програма не виявляє всі подібні події. Якщо ви зіткнулися з помилкою сегментації, запустіть її
знову зі збільшеним -наб value.
Використовуйте gmx-spatial онлайн за допомогою служб onworks.net
