Це команда gt-cds, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gt-cds - Додайте функції CDS (послідовність кодування) до особливостей exon, наведених у файлі GFF3.
СИНТАКСИС
gt компакт-дисків [опція ...] [GFF3_file]
ОПИС
-мінорфлен [значення]
встановити мінімальну довжину відкритої рамки зчитування (ORF), яку необхідно додати як CDS
функція (вимірюється в амінокислотах) (за замовчуванням: 64)
-старткодон [так|ні]
вимагає, ніж ORF має починатися з початкового кодону (за замовчуванням: ні)
-кінцевий стопкодон [так|ні]
вимагають, щоб кінцевий ORF закінчувався стоп-кодоном (за замовчуванням: ні)
-seqfile [ім'я файлу]
встановити файл послідовності, з якого будуть брати послідовності (за замовчуванням: не визначено)
-encseq [ім'я файлу]
встановити ім’я індексу закодованої послідовності, з якого брати послідовності (за замовчуванням:
невизначено)
-seqfiles
встановіть файли послідовності, з яких витягуватиме використання функцій -- щоб завершити список
файлів послідовності
- matchdesc [так|ні]
пошук потрібних ідентифікаторів послідовності в описах послідовностей у вхідних файлах (в
GFF3), повідомляє про перший матч (за замовчуванням: ні)
-matchdescstart [так|ні]
точно відповідати описам послідовності з вхідних файлів для потрібної послідовності
Ідентифікатори (у GFF3) від початку до першого пробілу (за замовчуванням: ні)
-usedesc [так|ні]
використовуйте описи послідовностей, щоб зіставити ідентифікатори послідовностей (у GFF3) з фактичною послідовністю
записи. Якщо опис містить діапазон послідовності (наприклад, III:1000001..2000000),
перша частина використовується як ідентифікатор послідовності (III) і позиція першого діапазону як зміщення
(1000001) (за замовчуванням: ні)
-картографування регіонів [рядок]
встановити файл, що містить область послідовності, на відображення файлу послідовності (за замовчуванням: не визначено)
-v [так|ні]
бути багатослівним (за замовчуванням: ні)
-o [ім'я файлу]
переспрямувати вихід у вказаний файл (за замовчуванням: не визначено)
-gzip [так|ні]
записати стиснений вихідний файл gzip (за замовчуванням: ні)
-bzip2 [так|ні]
записати стиснений вихідний файл bzip2 (за замовчуванням: ні)
- сила [так|ні]
примусово записувати у вихідний файл (за замовчуванням: ні)
-допомога
відобразити довідку та вийти
-версія
відобразити інформацію про версію та вийти
Формат файлу для параметра -картографування регіонів:
Файл, що надається параметру -regionmapping, визначає «відображення». Відображення карт
записи регіону послідовності, наведені в GFF3_файл у файл послідовності, що містить
відповідну послідовність. Відображення можна визначити в одній із наступних двох форм:
відображення = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
відображення функції (sequence_region)
повернути "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
кінець
Перша форма визначає Lua (http://www.lua.org) таблиця з назвою «mapping», яка відображає кожен
область послідовності у відповідний файл послідовності. Другий визначає функцію Lua
“mapping”, який повинен повертати ім’я файлу послідовності, коли він викликається за допомогою
послідовності_регіон як аргумент.
ЗВІТНІСТЬ БУГИ
Повідомте про помилки до[захищено електронною поштою]>.
Використовуйте gt-cds онлайн за допомогою служб onworks.net
