infernal - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

Infernal - аналіз послідовності з використанням профілів послідовності та вторинної структури РНК
консенсус

СИНТАКСИС

cmalign
Вирівняйте послідовності за коваріаційною моделлю

cmbuild
Побудуйте коваріаційну модель(и) із структурно анотованої множинної послідовності РНК
вирівнювання(и)

cmкалібрувати
Підігнати експоненціальні хвости для визначення коваріаційної моделі E-значення

cmconvert
Перетворіть файли Infernal коваріаційної моделі

cmemit
Зразок послідовностей з коваріаційної моделі

cmfetch
Отримати модель(и) коваріації з файлу

cmpress
Підготуйте базу даних коваріаційної моделі для cmscan

cmscan
Послідовність(и) пошуку за базою даних коваріаційної моделі

cmsearch
Пошук коваріаційних моделей у базі даних послідовностей

cmstat
підсумкова статистика для файлу коваріаційної моделі

ОПИС

Infernal — це набір з кількох програм для вирівнювання структурної послідовності РНК та бази даних
пошук гомології. Він використовує ймовірнісні моделі, які називаються «коваріаційними моделями» (CMs).
представляють ймовірні еволюційні гомологи множинного вирівнювання (або єдиної послідовності).
сімейство структурних послідовностей РНК.

Разом з базою даних Rfam сімейств РНК та пов’язаних CM
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal можна використовувати для анотації гомологів відомих структурних
Сімейства РНК в геномах.

Infernal тісно пов'язаний з пакетом програмного забезпечення HMMER для аналізу сімейства послідовностей
профіль HMMs (http://hmmer.org), але розроблений спеціально для структурної послідовності РНК
сім'ї. На додаток до моделювання збереженої послідовності сімейства, як це роблять профільні HMM,
CM моделюють збережену, добре вкладену (без псевдовузлів) вторинну структуру сім'ї як
добре. Отже, методи пошуку та вирівнювання CM є відносно обчислювальними
дорогий. Infernal використовує профіль HMM як фільтри та для отримання обмежень для створення
Методи CM більш практичні.

Infernal використовується в трьох основних режимах: для пошуку в базі даних послідовностей нових гомологів an
сімейство РНК (або анотування гомологів у геномі); для пошуку бази даних CM (наприклад, Rfam), щоб знайти
до якого відомого сімейства належить послідовність запитів; і автоматично створювати великі
багаторазове вирівнювання (тобто з фактично необмеженою кількістю послідовностей) за допомогою CM
представник сімейства послідовностей.

Припустимо, що у вас є структурно анотована множинна послідовність послідовності РНК
сімейство, що цікавить вас, і ви хочете шукати в базі даних послідовностей додаткові гомологи.
Команда cmbuild програма будує коваріаційну модель(и) з кількох вирівнювань(ів) і cmкалібрувати
визначає важливі параметри для оцінки статистичної значущості бази даних
звернення до моделі в наступних пошуках.

Команда cmsearch програма шукає CM(s) у базі даних послідовностей.

Припустимо, у вас є послідовність(и), яку ви хочете проаналізувати за допомогою бази даних CM на основі Infernal
як Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). cmpress програма форматує коваріаційну модель
(наприклад, файл, який ви завантажуєте з Rfam) у двійкову базу даних Infernal. The
cmscan програма шукає послідовність(и) у цій базі даних.

Припустимо, ви хочете вирівняти багато послідовностей. Ви можете побудувати керовано невеликий
структурне вирівнювання репрезентативного набору послідовностей, побудувати CM с cmbuild, та
використовувати cmalign Програма для вирівнювання будь-якої кількості послідовностей за цим CM.

Infernal також включає деякі допоміжні інструменти для роботи з великими базами даних CM. cmfetch
витягує один або кілька CM з бази даних. cmstat друкує зведену статистику про CM
файлу.

Для сумісності з попередніми версіями Infernal, а також з HMMER, cmconvert
програма перетворює файли CM в кілька інших форматів.

Команда cmemit програма генерує (моделює) «гомологічні» послідовності шляхом вибірки з CM. Це
може також генерувати послідовність «консенсусу».

Кожна програма має власну сторінку керівництва.

Використовуйте інфернальний онлайн за допомогою служб onworks.net