miconv - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

miconv - перетворює дані медичних зображень між форматами.

СИНТАКСИС

мікроконв [опції] []

ОПИС

miconv: перетворює дані медичних зображень між форматами.

Формати файлів автоматично визначаються за розширенням файлів. Воно очікує на
принаймні два назви файлів/каталогів (для вхідного та вихідного файлу) в кінці
командний рядок. Винятком є ​​параметр '-l', який вимагає лише одного
ім'я файлу/каталогу, щоб відобразити його вміст.

Загальне опції:
-l: перераховує набір параметрів протоколу та виходи, розділені пробілом. Використовуйте '-l help', щоб отримати a
список можливих параметрів і '-l all', щоб відобразити всі параметри. Параметр
"output-file" необхідно опустити під час використання цієї опції.

-p: Завантажте цей протокол для значень за замовчуванням

протокол опції:
-дата: Дата сканування [ррррммдд] (за замовчуванням=20140807рррммдд)

-fp: FOV у фазовому напрямку [мм] (за замовчуванням = 220.0 мм)

-фр: FOV у напрямку зчитування [мм] (за замовчуванням = 220.0 мм)

-fs: FOV у напрямку зрізу [мм] (за замовчуванням = 5.0 мм)

-nr: кількість послідовних вимірювань (за замовчуванням=1)

-nx: Кількість точок у напрямку читання (за замовчуванням=128)

-ні: Кількість точок у фазовому напрямку (за замовчуванням=128)

-nz: кількість точок у напрямку зрізу (за замовчуванням=1)

-пнародження: дата народження пацієнта [ррррммдд] (за замовчуванням=00000000рррммдд)

-під: унікальний ідентифікатор пацієнта (за замовчуванням = невідомо)

-pname: Повне ім'я пацієнта (за замовчуванням = невідомо)

-псекс: Стать пацієнта (параметри=МФО, за замовчуванням=O)

- вага: вага пацієнта [кг] (за замовчуванням = 50.0 кг)

- науковець: Ім'я вченого (за замовчуванням=Невідомо)

-сд: Відстань між зрізами (від центру до центру) [мм] (за замовчуванням = 10.0 мм)

-серд: Опис серії (за замовчуванням = невідомо)

-серно: Серійний номер (за замовчуванням=1)

-ст: Товщина зрізу [мм] (за замовчуванням = 5.0 мм)

- шпилька: Опис дослідження (за замовчуванням=Невідомо)

-tcname: назва котушки передачі (за замовчуванням = невідомо)

-те: час до відлуння послідовності [мс] (за замовчуванням = 80.0 мс)

-час: час сканування [hhmmss] (за замовчуванням=091009hhmmss)

-тр: час між послідовними збудженнями [мс] (за замовчуванням = 1000.0 мс)

філе зчитування опції:
-cplx: розглядати дані як складні та витягувати даний компонент (параметри=ні один абс pha real
image , за замовчуванням = немає)

-д: Індекс набору даних для вилучення, якщо читається кілька наборів даних

-фільтр: читати лише ті набори даних, параметр протоколу 'key' містить рядок
'value' (надається у форматі 'ключ=значення')

-fmap: Щоб зменшити використання пам’яті, зберігайте карту файлів після читання (сирих) даних, але запису
в масив призведе до збою

-jdx: Якщо є декілька масивів JDX, виберіть цей параметр

-діалект: читання даних, використовуючи заданий діалект формату. (за замовчуванням немає діалекту)

-рф: формат читання, використовуйте його для заміни розширення файлу (параметри=автовизначення 3db аналізувати asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, за замовчуванням=автовизначення)

-пропустити: пропустити цю кількість байтів перед читанням необроблених даних (за замовчуванням=0)

філе запис опції:
-додати: Додати до наявного файлу лише для необроблених даних

-fnamepar: розділений пробілом список параметрів протоколу, які потрібно включати під час створення унікальних
назви файлів

-без масштабу: не змінюйте масштаб значень під час зберігання цілих чисел

-розріз: примусове розділення пар протокол-дані на окремі файли.

-типу: Тип представлення зображення (параметри=автоматичний float double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit , за замовчуванням=автоматично)

-wдіалект: Запис даних, використовуючи заданий діалект формату. (за замовчуванням немає діалекту)

-wf: Формат запису, використовуйте його для заміни розширення файлу (options=autodetect 3db analysis asc
coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph png pos pro
reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit, за замовчуванням=автовизначення)

-wp: Зберігайте протокол окремо в цьому файлі.

Фільтри:
-вирівняти : Вирівняти дані за геометрією (розташуванням вокселів).
зовнішній файл

- автомаска : створити маску за допомогою автоматичного порогу на основі гістограми

- кластер : створити кластери ненульових сусідніх/сусідніх вокселів, відсортованих за розміром

-згорнути <ядро згортки (Gauss NoFilter Triangle Hann Hamming CosSq Blackman
BlackmanNuttall Exp ),діаметр ядра [мм]> : згортка в просторових розмірах

-детренд <Кількість низькочастотних компонентів, які потрібно видалити, нульове середнє значення результату
timecourse> : Усунення повільного дрейфу з часом

-редагувати <Рядок позиції/діапазону у форматі (timeframe,slicepos,phasepos,readpos),нове значення
of voxel> : редагувати значення окремих вокселів

-генмаска : створити маску, включаючи всі воксели зі значенням
в заданому діапазоні

-ізотропний : зробити вокселі зображення ізотропними за допомогою інтерполяції (зображення
геометрія не зміниться)

-низький прохід : фільтрація низьких частот

-макс : Обріжте всі значення вище максимального значення

-максип : Виконайте проекцію максимальної інтенсивності
над заданим напрямком

- злитися : об’єднати набори даних в один набір даних, розширивши вимір часу

-хв : Обріжте всі значення нижче мінімального значення

-мініп : Виконайте проекцію мінімальної інтенсивності
над заданим напрямком

-noNaN : замінює кожен NaN заданим значенням

-пфліп : перевернути дані у фазовому напрямку

-пранге : Виберіть діапазон в
фазовий напрямок

-проект : Виконайте середнє проекції на задане
напрям

- квантальна маска : Створити маску, що включає всі воксели над заданим дробом
поріг

- повторна вибірка : тимчасове зміна розміру даних зображення

-змінювати : Просторова зміна розміру даних зображення

-перерізати : повертає зображення до заданого
орієнтація

-rflip : перевернути дані в напрямку читання

-гниття : Обертання в площині

-впорядкувати : Виберіть діапазон в
читати напрямок

-масштаб : змінити масштаб значень зображення

-сліп : перевернути дані в напрямку зрізу

-зміна <readDirection shift [піксель],phaseDirection shift [піксель],sliceDirection shift
[піксель]> : просторове зміщення даних

- час зрізу : Правильно
різні моменти часу отримання фрагментів

- зрощення : з'єднує
зображення в заданому напрямку

-сранж : Виберіть діапазон в
напрямок зрізу

-swapdim <[rps][-],[rps][-],[rps][-]> : змінити/відобразити розміри, вказавши напрямок
потрійний із додатковим знаком відображення

-плитка : об’єднання фрагментів у квадратне 2D-зображення

- дивовижна : Виберіть діапазон в
напрямок часу

-зміна : Зміщення даних у часі

-typemax : обріжте всі значення вище максимуму певного типу даних

-typemin : Обріжте всі значення нижче мінімуму певного типу даних

-маска : створити 1D набір даних, включаючи всі значення в масці з файлу

Інше опції:
-v або для налагодження/відстеження всіх компонентів або окремого
компонент, відповідно. Можливі значення для рівня журналу: 0(noLog), 1(errorLog),
2 (журнал попереджень), 3 (інформаційний журнал).

-h, --допомога, -допомога, -- версія : надрукувати текст довідки або інформацію про версію

Підтриманий файл розширення (формати):
3db (двійкові дані Iris3D)

аналізувати
(NIFTI/ANALYZE, діалекти: fsl )

asc (ASCII, діалекти: tcourse )

coi (набори даних JCAMP-DX)

dat (матриця 2D даних Matlab ascii)

dcm (DICOM, діалекти: siemens)

подвійний (подвійні вихідні дані)

float (плавати необроблені дані)

gz (контейнер GNU-Zip для інших форматів)

hdr (Інтерфайл, діалекти: neurostat )

hdr (NIFTI/ANALYZE, діалекти: fsl )

idx (3D-індекси відмінних від нуля в ASCII)

ima (DICOM, діалекти: siemens )

інтерфайл
(Інтерфайл, діалекти: нейростат )

jdx (формат зображення JCAMP-DX)

mag (DICOM, діалекти: siemens )

mhd (метазображення)

nii (NIFTI/ANALYZE, діалекти: fsl )

ph (DICOM, діалекти: siemens )

png (Портативна мережева графіка)

pos (xy позиції відмінних від нуля в ASCII)

pro (протоколи вимірювання ODIN)

reg (Ansoft HFSS ASCII)

s16bit (підписані 16-бітові необроблені дані)

s32bit (підписані 32-бітові необроблені дані)

s8bit (підписані 8-бітові необроблені дані)

smp (набори даних JCAMP-DX)

u16bit (непідписані 16-розрядні необроблені дані)

u32bit (непідписані 32-розрядні необроблені дані)

u8bit (непідписані 8-розрядні необроблені дані)

Використовуйте miconv онлайн за допомогою служб onworks.net