mincstats - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

mincstats - обчислює просту статистику для вокселів файлу minc

СИНТАКСИС

mincstats [ ] .mnc

ОПИС

Mincstats обчислить прості статистичні показники для всіх вокселів файлу Minc.
Зауважте, що це глобальні статистичні показники, а не показники воксель за вокселем (див
mincaverage для того). За замовчуванням розраховується вся статистика. Якщо якась статистика є
запитується за допомогою параметра командного рядка, тоді друкується лише запитана статистика.

Дуже корисною особливістю цієї програми є можливість обмеження набору вокселів
включені в статистичний розрахунок, або шляхом обмеження діапазону включених значень,
або за допомогою файлу маски з обмеженим діапазоном. Кілька діапазонів для вхідного файлу або
файл маски можна вказати. Для кожного діапазону включених значень гучності та для кожного діапазону
значень маски роздруковується відповідна статистика (n*m значення, де n — число
діапазонів гучності та m кількості діапазонів маски). Ці розрахунки проводяться в одному
передавати дані, тому вказувати декілька діапазонів набагато швидше, ніж запуск
програму багаторазово. Це дуже корисно під час обчислення багатьох середніх регіональних показників за допомогою a
Об’єм маски VOI.

Окремо слід згадати гістограми та відповідні статистичні показники. The
Діапазон гістограми за замовчуванням — від найменшого значення у файлі до найбільшого. в
не рідкісний, але особливий випадок, коли кількість бункерів гістограми точно відповідає
кількість можливих значень у файлі (наприклад, 256 бінів для повнодіапазонних байтових даних),
гістограма може мати деякі дивні особливості при використанні діапазону гістограми за замовчуванням. Це
виникає внаслідок дискретизації даних, які потім повторно об’єднуються в трохи
невідповідна гістграма. Для прикладу байтових даних слід використовувати значення 256
біржі та діапазон гістограми, який розширюється на половину корзини нижче найменшого значення та на половину бенза
вище найбільшого. Використовуйте опцію -дискретна_гістограма щоб вирішити це автоматично, або використайте
-цілочисельна_гістограма мати розділи одиничної ширини, якщо вхідні дані за своєю суттю цілі
(наприклад, дані етикетки). Загалом, слід обережно ставитися до перекомпонування дискретизованих
дані до гістограми з розміром бункера, близьким до рівня дискретизації.

ВАРІАНТИ

Зауважте, що параметри можна вказувати в скороченому вигляді (якщо вони унікальні) і
можна вказати в будь-якому місці командного рядка. Порядок друку статистичних даних
завжди будуть однаковими, незалежно від того, в якому порядку вони запитуються на
командного рядка

Загальне опції

- клопітер
Перезаписати наявний файл.

-ноклоббер
Не перезаписувати наявний файл (за замовчуванням).

-вербозний
Роздрукуйте додаткову інформацію (більше, ніж за замовчуванням).

-спокійно Роздрукуйте лише потрібні номери

-max_buffer_size_in_kb розмір
Вкажіть максимальний розмір внутрішніх буферів (в кбайтах). За замовчуванням 4 МБ.

Недійсний значення опції

-ігнорувати_нан
Виключити недійсні значення (за межами допустимого діапазону) зі статистичних обчислень. Це
за замовчуванням.

-include_nan
Розглядайте недійсні значення як нулі та включайте їх у статистичні обчислення.

-replace_nan значення
Замініть недійсні значення вказаним значенням і додайте нове значення в
статистичні розрахунки.

Об'єм діапазон опції

- підлога min1,min2, ...
Розділений комами список нижніх меж діапазонів даних для включення до статистики
розрахунок

- стеля max1,max2, ...
Розділений комами список верхніх меж діапазонів даних для включення до статистики
розрахунок

- діапазон min1,max1,min2,max2, ...
Розділений комами список нижньої та верхньої меж для діапазонів даних, до яких потрібно включити
статистичний розрахунок.

-binvalue val1,val2, ...
Розділений комами список цілих значень, які потрібно включити в статистичні обчислення. Діапазон
+/- 0.5 визначається навколо кожного вказаного значення.

-маска ім'я файлу.mnc
Ім'я файлу, який буде використовуватися для маскування даних, включених до статистичного обчислення. Для
щоб це мати ефект, ви повинні вказати діапазон маски з одним із наступних
Варіанти.

-mask_floor min1,min2,...:
Люблю - підлога, але застосовано до файлу маски.

-mask_ceil max1,max2, ...
Люблю - стеля, але застосовано до файлу маски.

-діапазон_маски min1,max1,min2,max2, ...
Люблю - діапазон, але застосовано до файлу маски.

-mask_binvalue val1,val2, ...
Люблю -binvalue, але застосовано до файлу маски.

Гістограма опції

-гістограма ім'я файлу
Вкажіть назву файлу, в який записується гістограма. Якщо кілька діапазонів
або вказано діапазони масок, тоді всі гістограми записуються в цей файл,
розділені пустими рядками. Інформація, що описує кожну гістограму, записується раніше
у рядках, які починаються з символу хеша (фунт). Ці файли можна завантажувати
в gnuplot.

-hist_bins кількість ящиків
Вкажіть кількість ячок на гістограмі.

- урни кількість ящиків
Синонім до -hist_bins.

-hist_floor хвилин
Вкажіть нижню межу для гістограми.

-hist_ceil Макс
Вкажіть верхню межу для гістограми.

-діапазон_історії хвилин Макс
Вкажіть діапазон для гістограми

-цілочисельна_гістограма
Створіть контейнери одиничної ширини, зосереджені навколо цілих значень. Це корисно для
цілі дані, наприклад мітки. Діапазон гістограми округлюється до найближчого цілого числа,
потім мінімальне значення зменшується, а максимальне підвищується на 0.5. Взято кількість бункерів
як різниця цих двох значень. Зверніть увагу, що до мінімального і додається 0.01
віднімається від максимуму до округлення, щоб гарантувати, що a
правильно вказаний діапазон (наприклад, [0.5,255.5]) зберігається. Якщо ви хочете мати
цілочисельні ящики, які ширші за одиницю, вам доведеться опрацювати діапазон гістограми
і кількість бункерів самостійно і не використовуйте цю опцію.

-дискретна_гістограма
Спробуйте узгодити гістограму з дискретизацією вхідних даних. Це
підходить для безперервних даних, які зберігаються в цілочисельному представленні та
коли бажана ширина відсіку, близька до дискретизації. Це схоже на
-цілочисельна_гістограма, за винятком того, що діапазон гістограми спочатку перетворюється на воксель
значення, які округляються та розширюються на півкола з обох сторін. Цей новий воксель
діапазон потім перетворюється назад у реальні значення. За кількість бункерів приймається
різниця в діапазоні значень вокселів. Зауважте, що це не враховує варіації
при масштабуванні від фрагмента до фрагмента, тому дивні ефекти гістограми все ще можуть виникати. Цей варіант є
має на меті надати поведінку, подібну до поведінки volume_stats.

-int_max_bins кількість ящиків
Вкажіть найбільшу гістограму, розмір якої можна автоматично змінювати за допомогою наведеного вище
варіанти. Обмеження запобігає випадковому створенню величезних гістограм. Цей варіант
замінив старий -max_bins опція в MINC 1.1.

базовий статистика

-всі Обчисліть усі статистичні показники. Це значення за замовчуванням.

-ноні Синонім до -рахувати (для схожості з volume_stats). Зауважимо, що хоча це було
необхідні для volume_stats, тут це не потрібно, оскільки вказувати будь-яке з них
параметри автоматично вимикаються -всі

-рахувати Підрахуйте кількість вокселів, які знаходяться в діапазоні та маскуйте.

-відсоток
Надрукуйте відсоток вокселів у діапазоні та маскуйте

-обсяг
Надрукуйте об’єм вокселів у межах діапазону та маску (в мм-кубах).

-хв Роздрукуйте мінімальне значення.

-макс Надрукуйте максимальне значення.

-сума Вивести суму всіх значень.

-сума2 Надрукуйте суму квадратів усіх значень.

- значить Роздрукуйте середнє.

- дисперсія
Роздрукуйте дисперсію.

-stddev
Роздрукуйте стандартне відхилення.

- перекос
Роздрукуйте зразок перекосу (3-й момент) .

- ексцес
Роздрукуйте зразок ексцесу (4-й момент) .

-CoM Роздрукуйте центр мас. І воксельні координати, і світові координати є такими
друкований. Координати вокселів друкуються в порядку файлів, у той час як світ
координати друкуються в порядку x,y,z.

-com Синонім до -CoM.

-світ_лише
Роздрукуйте центр мас лише у світових координатах.

Гістограма статистика

Зауважте, що статистика гістограми виводиться виключно з підрахунку гістограми та бенза
центрів, тож такі результати, як медіана, не будуть точно такими ж, як істинне значення для
всі включені вокселі. Наприклад, похибка на медіані може досягати половини біни
ширина. Крім того, якщо діапазон гістограми менший, ніж діапазон включених вокселів, то
результат стосується лише вокселів, включених до гістограми.

-hist_count
Надрукувати кількість вокселів на гістограмі. Це може відрізнятися від кількості
включені та замасковані воксели, якщо діапазон гістограми менший за діапазон
включені дані.

-гіст_відсоток
Надрукувати відсоток вокселів, включених до гістограми.

-медіана
Роздрукуйте медіану гістограми.

- більшість
Надрукуйте центр лотка (значення інтенсивності) для відсіку з найбільшою кількістю підрахунків.

-biModalT
Надрукувати бімодальний поріг, розділивши том на два класи. За замовчуванням є
використовувати метод otsu (див. параметри нижче)

-оцу Використовуйте метод, описаний у Otsu N, «Метод вибору порогового значення з рівня сірого
Гістограми", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 до
розрахувати поріг

-кіттлер
Використовуйте алгоритм Kittler&Illingworth '86, щоб обчислити бімодальний поріг.
Кіттлер Дж. та Іллінгворт Дж., «Порогове значення мінімальної помилки», Розпізнавання шаблонів,
т. 19, с. 41-47, 1986.

-капур Використовуйте Kapur et al. Алгоритм '85 для розрахунку бімодального порогу. Капур,
Sahoo & Wong «Новий метод визначення порогового значення зображення на рівні сірого з використанням ентропії
гістограма», «Комп’ютерний зір, графіка та обробка зображень», том 29, стор
273-285, 1985.

-проста
Використовуйте простий алгоритм середнього середнього для обчислення бімодального порогу Це більше
обчислювально дорожче, ніж деякі з альтернатив, і, здається, не робить
чудова робота. Але він здається більш надійним, ніж деякі інші методи.

-pctT Надрукуйте поріг, необхідний для певного критичного відсотка гістограми.

-ентропія
Надрукуйте ентропію Шеннона.

H(x) = - Сума(P(i) * log2(P(i))

де P(i) - ймовірність bin

Загальний опції та цінності всі команди:

-допомога Роздрукувати підсумок параметрів командного рядка та вийти.

-версія
Надрукуйте номер версії програми та вийдіть.

Використовуйте mincstats онлайн за допомогою служб onworks.net