Це програма для Linux під назвою Grinder, останню версію якої можна завантажити як Grinder-0.5.4.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою Grinder з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
Шліфувальний верстат
Ad
ОПИС
Grinder — це універсальний біоінформаційний інструмент з відкритим вихідним кодом для створення імітованих бібліотек послідовності рушниць і ампліконів для всіх основних платформ секвенування.
риси
- shotgun або амплікон (наприклад, 16S рРНК) зчитують бібліотеки
- підтримка omics для створення геномних, транскриптомних, протеомних, метагеномних, метатранскриптомних або метапротеомних наборів даних
- довільний розподіл довжини читання та кількості читань
- моделювання ПЛР та помилок секвенування (химери, точкові мутації, гомополімери)
- підтримка наборів даних на парних кінцях (парних парах).
- конкретні налаштування кількості чисельності чисельності чи вручну задана кількість для кожного геному, гена чи білка
- створення наборів даних із заданим багатством (альфа-різноманіття)
- пов’язані набори даних можуть спільно використовувати різну кількість геномів (бета-різноманітність)
- моделювання упередженості, створеної різною довжиною геному або кількістю копій гена
- Механізм профілю для зберігання бажаних опцій
- доступний для біологів або досвідчених користувачів через декілька інтерфейсів: GUI, CLI та API
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал
Мова програмування
Perl
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
