2ndscore - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

2ndscore - tìm chiếc kẹp tóc tốt nhất được neo ở mỗi vị trí.

SYNOPSIS

2ndscore in.fasta> out.hairpins

MÔ TẢ

Đối với mọi vị trí trong chuỗi, điều này sẽ xuất ra một dòng:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(điểm số) (bắt đầu .. kết thúc) (ngữ cảnh bên trái) (kẹp tóc) (văn bản bên phải)

Đối với các vị trí gần cuối trình tự, ngữ cảnh có thể được đệm bằng 'x'
nhân vật. Nếu không tìm thấy kẹp tóc, điểm sẽ là 'Không có'.

Có thể cung cấp nhiều tệp fasta và có thể có nhiều chuỗi trong mỗi tệp fasta. Các
đầu ra cho mỗi trình tự sẽ được phân tách bằng một dòng bắt đầu bằng '>' và chứa
FASTA mô tả trình tự.

Bởi vì điểm số kẹp tóc của sợi cộng và sợi trừ có thể khác nhau (do GU
liên kết trong RNA), theo mặc định, 2ndscore xuất ra hai bộ kẹp tóc cho mọi trình tự:
Kẹp tóc FORWARD và kẹp tóc REVERSE. Tất cả các cặp tóc phía trước được xuất ra đầu tiên và
được xác định bằng cách có từ 'FORWARD' ở cuối dòng '>' trước chúng.
Tương tự, những chiếc cặp tóc REVERSE được liệt kê sau dòng '>' kết thúc bằng 'REVERSE'. nếu bạn
chỉ muốn tìm kiếm một hoặc chuỗi khác, bạn có thể sử dụng:

--no-fwd Không in kẹp tóc FORWARD
--no-rvs Không in kẹp tóc REVERSE

Bạn có thể đặt hàm năng lượng được sử dụng, giống như với transterm với --gc, --au, --gu,
--mm, tùy chọn --gap. Các tùy chọn --min-loop, --max-loop và --max-len cũng được hỗ trợ.

FORMAT OF CÁC .CÁI TÚI CÁC TẬP TIN
Các cột cho tệp .bag theo thứ tự:

1. tên_ gen
2. kẻ hủy diệt_bắt đầu
3. kẻ hủy diệt_end
4. kẹp tóc
5. đuôi_score
6. terminator_sequence

7. terminator_confidence: sự kết hợp của kẹp tóc và điểm số ở đuôi
tính đến khả năng các điểm số như vậy nằm trong một chuỗi ngẫu nhiên. Cái này
là "điểm số" chính cho dấu chấm hết và được tính như mô tả trong
giấy.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: Số lượng cơ sở * gần đúng *
các cặp giữa phần cuối gen và phần đầu của gen kết thúc. Cái này
là gần đúng theo một số cách: Thứ nhất, (và quan trọng nhất) TransTermHP
không phải lúc nào cũng sử dụng kết thúc gen thực. Tùy thuộc vào các tùy chọn bạn đưa ra
nó có thể cắt bỏ một số phần cuối của gen để xử lý các đầu mối
xen phủ một phần gen. Thứ hai, nơi dấu chấm dứt "bắt đầu"
điều đó không được xác định rõ ràng. Trường này chỉ nhằm mục đích kiểm tra sự tỉnh táo
(các trình kết thúc được báo cáo là tốt nhất ở gần các phần cuối của gen không nên
_đến xa_ từ cuối gen).

SỬ DỤNG CHUYỂN GIAO KHÔNG bộ gen THÔNG BÁO
TransTermHP chỉ sử dụng thông tin gen đã biết cho 3 việc: (1) gắn thẻ giả định
terminators là "gen bên trong" hoặc "giữa gen", (2) chọn GC- nền
tỷ lệ phần trăm nội dung để tính toán điểm số, bởi vì các gen thường có hàm lượng GC khác nhau
so với các vùng giữa các gen, và (3) tạo ra đầu ra dễ đọc hơn một chút. Mặt hàng (1)
và (3) không thực sự cần thiết và (2) không ảnh hưởng gì nếu gen của bạn có cùng
GC-nội dung như các vùng giữa các gen của bạn.

Thật không may, TransTermHP chưa có một tùy chọn đơn giản để chạy mà không có chú thích
tệp (.ptt hoặc .coords) và yêu cầu có ít nhất 2 gen. Giải pháp
là tạo ra các gen nhỏ, giả nằm ở hai bên của mỗi nhiễm sắc thể. Để làm điều này, hãy tạo một fake.coords
tệp chỉ chứa hai dòng sau:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

trong đó L là độ dài của chuỗi đầu vào và L-1 nhỏ hơn 1 độ dài của đầu vào
sự nối tiếp. "chrom_id" phải là từ ngay sau dấu ">" trong tệp .fasta
chứa trình tự của bạn. (Ví dụ: nếu tệp .fasta của bạn bắt đầu bằng "> seq1", thì
chrom_id = seq1).

Điều này tạo ra một chú thích "giả" với hai gen dài 1 gốc nằm bên cạnh trình tự trong một
sắp xếp theo đuôi: -> <-. TransTermHP sau đó có thể được chạy với:

transterm -p expterm.dat sequ.fasta fake.coords

Nếu hàm lượng G / C của các vùng giữa các gen của bạn giống với các gen của bạn, thì điều này
sẽ không có quá nhiều ảnh hưởng đến điểm số mà kẻ hủy diệt nhận được. Mặt khác,
việc sử dụng TransTermHP này vẫn chưa được thử nghiệm nhiều, vì vậy rất khó để đảm bảo cho việc sử dụng TransTermHP
chính xác.

Sử dụng 2ndscore trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net