Đây là lệnh bp_biofetch_genbank_proxyp có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bp_biofetch_genbank_proxy.pl - Proxy web tương thích với BioFetch cho GenBank
SYNOPSIS
Cài đặt trong thư mục cgi-bin của máy chủ Web. Đứng lại.
MÔ TẢ
Tập lệnh CGI này hoạt động như phía máy chủ của giao thức BioFetch như được mô tả trong
http://obda.open-bio.org/Specs/. Nó cung cấp hai dịch vụ truy cập cơ sở dữ liệu, một cho dữ liệu
nguồn "genbank" (các mục nucleotide) và nguồn còn lại dành cho nguồn dữ liệu "genpep" (protein
mục).
Tập lệnh này hoạt động bằng cách chuyển tiếp các yêu cầu của nó tới tập lệnh eutils của NCBI, tồn tại ở
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. Sau đó nó định dạng lại đầu ra
theo định dạng BioFetch để các chuỗi có thể được xử lý và trả về bởi
Mô-đun Bio::DB::BioFetch. Các mục trả về được lưu trữ tạm thời trên máy chủ Web
hệ thống tập tin, cho phép truy xuất các mục được truy cập thường xuyên mà không cần vòng khác
chuyến đi đến NCBI.
LẮP ĐẶT
Bạn phải cài đặt phần sau để chạy tập lệnh này:
1) ngọc trai
2) các mô-đun Perl LWP và Cache::FileCache
3) một máy chủ web (khuyên dùng Apache)
Để cài đặt tập lệnh này, hãy sao chép nó vào thư mục cgi-bin của máy chủ web. Bạn có thể muốn
để rút ngắn tên của nó; "dbfetch" được khuyến nghị.
Có một số hằng số nằm ở đầu tập lệnh mà bạn có thể muốn điều chỉnh.
Đó là:
CACHE_LOCATION
Đây là vị trí trên hệ thống tệp nơi chứa các tệp được lưu trong bộ nhớ đệm. Các
mặc định là /usr/tmp/dbfetch_cache.
MAX_SIZE
Đây là kích thước tối đa mà bộ đệm có thể tăng lên. Khi bộ đệm vượt quá kích thước này
các mục cũ hơn sẽ tự động bị xóa. Cài đặt mặc định là 100,000,000 byte
(100 MB).
HẾT HẠN
Các mục không được truy cập trong khoảng thời gian này sẽ bị xóa khỏi bộ đệm.
Mặc định là 1 tuần.
MUA
Hằng số này chỉ định tần suất bộ đệm sẽ bị xóa đối với các mục cũ hơn. Mặc định
là 1 giờ.
THỬ NGHIỆM
Để xem tập lệnh này có hoạt động như mong đợi hay không, bạn có thể kiểm tra nó bằng tập lệnh này:
sử dụng Bio::DB::BioFetch;
$db = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>' của tôihttp://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format =>'ngân hàng gen',
-db =>'genbank');
$seq = $db->get_Seq_by_id('DDU63596'); của tôi
in $seq->seq,"\n";
Điều này sẽ in ra một chuỗi DNA.
Sử dụng bp_biofetch_genbank_proxyp trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
