bp_seqfeature_loadp - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

bp_seqfeature_load.pl - Tải GFF vào cơ sở dữ liệu SeqFeature

MÔ TẢ

Chuyển bất kỳ số lượng tệp định dạng GFF hoặc fasta nào (hoặc GFF với fasta được nhúng) để tải
các tính năng và trình tự vào cơ sở dữ liệu SeqFeature. Cơ sở dữ liệu (và bộ điều hợp) để sử dụng là
được chỉ định trên dòng lệnh. Sử dụng cờ --create để tạo cơ sở dữ liệu SeqFeature mới.

SYNOPSIS

bp_seqfeature_load.pl [tùy chọn] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Hãy thử 'bp_seqfeature_load.pl --help' hoặc '--man' để biết thêm thông tin.

LỰA CHỌN

-d, --dsn
Nguồn dữ liệu DBI (dbi mặc định: mysql: test)

-n, - không gian tên
Tiền tố bảng để sử dụng (undef mặc định) Cho phép một số tính năng trình tự độc lập
cơ sở dữ liệu được lưu trữ trong một cơ sở dữ liệu duy nhất

-s, --seqfeature
Loại SeqFeature để tạo ... RTSC (Bio :: DB :: SeqFeature mặc định)

-a, --bộ chuyển đổi
Bộ điều hợp lưu trữ (lớp) để sử dụng (DBI :: mysql mặc định)

-v, --verbose
Bật báo cáo tiến độ chi tiết (mặc định đúng) Sử dụng --noverbose để tắt tính năng này.

-f, - nhanh
Kích hoạt tải nhanh. (mặc định 0) Chỉ khả dụng cho một số bộ điều hợp.

-T, - thư mục tạm thời
Chỉ định thư mục tạm thời để tải nhanh (tệp mặc định :: Spec->tmpdir ())

-i, --ignore-seqzone
Nếu đúng, hãy bỏ qua ## chỉ thị vùng chuỗi trong tệp GFF3 (mặc định, tạo
tính năng cho từng khu vực)

-c, --tạo
Tạo cơ sở dữ liệu và khởi động lại nó (mặc định là false) Lưu ý, thao tác này sẽ xóa trước đó
nội dung cơ sở dữ liệu, nếu có.

-u, - người dùng
Người dùng kết nối với cơ sở dữ liệu với tư cách là

-p, - mật mã
Mật khẩu sử dụng để kết nối với cơ sở dữ liệu

-z, --zip
Nén bảng cơ sở dữ liệu để tiết kiệm dung lượng (mặc định là false)

-S, - tính năng phụ
Bật lập chỉ mục các tính năng con (mặc định là true) Sử dụng - các tính năng phụ để tắt tính năng này.

--tóm lược
Tạo thống kê tóm tắt cho đồ thị mức độ phù hợp (mặc định sai) Điều này có thể được chạy trên
cơ sở dữ liệu đã tải trước đó hoặc trong quá trình tải. Nó sẽ mặc định là true nếu --create là
đã sử dụng.

-N, --nosummary
Không tạo thống kê tóm tắt để tiết kiệm không gian và thời gian tải (mặc định nếu
--create không được chỉ định, hãy sử dụng tùy chọn này để tắt rõ ràng thống kê tóm tắt
khi --create được chỉ định)

--noalias-mục tiêu
Không tạo thuộc tính Bí danh có giá trị là target_id trong thuộc tính Target (nếu
tính năng chứa thuộc tính Target, mặc định là tạo thuộc tính Alias
có giá trị là target_id trong thuộc tính Target)

Xin vui lòng xem http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml để biết thông tin về GFF3
định dạng. BioPerl mở rộng định dạng một chút bằng cách thêm chỉ thị ## index-subfeatures. Bộ
giá trị này thành giá trị true nếu bạn muốn cơ sở dữ liệu có thể truy xuất một tính năng
các phần riêng lẻ (chẳng hạn như các exon của bảng điểm) độc lập với cấp cao nhất
tính năng:

## index-subfeatures 1

Cũng có thể kiểm soát việc lập chỉ mục các tính năng phụ theo từng trường hợp cụ thể bằng cách
thêm "index = 1" hoặc "index = 0" vào danh sách thuộc tính của đối tượng địa lý. Điều này chỉ nên được sử dụng
cho các tính năng phụ.

Lập chỉ mục phụ là đúng theo mặc định. Đặt thành false (0) để tiết kiệm nhiều không gian cơ sở dữ liệu
và hiệu suất tốc độ. Bạn có thể sử dụng --nosubfeatures để buộc điều này.

Sử dụng bp_seqfeature_loadp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net