Đây là lệnh convertToExtent có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
sim4dbutils - tiện ích để làm việc với các tệp căn chỉnh do sim4db tạo
convertPolished - chuyển đổi giữa các định dạng sim4db và GFF3
filterPolished - căn chỉnh bộ lọc dựa trên nhận dạng trình tự, phạm vi và độ dài.
mergePolished - hợp nhất các căn chỉnh từ nhiều tệp
sortPolished - sắp xếp sự liên kết theo cDNA hoặc chỉ mục trình tự bộ gen hoặc tên trình tự
convertToExtent - Chuyển đổi từ định dạng sim4db sang định dạng được phân cách bằng tab một dòng
fixPolishedIID - Cập nhật tệp sim4db để sử dụng chỉ mục trình tự của một tệp fasta cụ thể.
Cũng có thể được sử dụng để trích xuất một tập hợp con của các căn chỉnh từ tệp sim4db.
deepOfPolished - Xuất ra một biểu đồ được phân cách bằng tab về độ sâu của chất đánh bóng ở nhiều mức khác nhau
kích thước cửa sổ.
headPolished - in N căn chỉnh đầu tiên trong một tệp, tương tự như cái đầu(1)
pickBestPolish - chỉ báo cáo cách căn chỉnh 'tốt nhất' cho mỗi cDNA
pickUniquePolish - báo cáo căn chỉnh trong đó có một căn chỉnh rõ ràng tốt nhất cho
mỗi cDNA.
plotCoverageVsIdentity - Tạo (1) biểu đồ về phần trăm nhận dạng, (2) a
biểu đồ tỷ lệ phần trăm mức độ phù hợp và (3) danh sách phần trăm danh tính và mức độ bao phủ (đối với
sử dụng trong một biểu đồ phân tán).
uniqPolished - Lọc ra tất cả các căn chỉnh cho cDNA với nhiều căn chỉnh (-uniq) hoặc
với một căn chỉnh duy nhất (-dupl). Tương tự với độc nhất(1)
realignPolished - tính toán lại các căn chỉnh được liệt kê trong tệp sim4db.
reportAlignmentDifferences - tạo biểu đồ về các loại lỗi trong một tập hợp
sự liên kết Không được hỗ trợ và Phản đối
so sánh các màu sắc - Chỉnh sửa căn chỉnh trong hai tệp.
convertToAtac - Chuyển đổi từ định dạng sim4db sang định dạng ATAC.
DetChimera - Kiểm tra sự sắp xếp cho các trình tự có thể là số.
mappedCoverage - Báo cáo số lượng chuỗi truy vấn (EST, cDNA) được bao phủ bởi
sự liên kết.
parseSNP - Phân tích căn chỉnh cho SNP.
removeDuplicate - tìm kiếm đầu vào cho các căn chỉnh trùng lặp.
vennPolished - Tạo sơ đồ Venn cho nhiều tệp sim4db. Đã sử dụng nội bộ by
ESTMapper làm sạch
tóm tắt
MÔ TẢ
Các chương trình này là một loạt các tiện ích để làm việc với sim4db(1) tệp căn chỉnh được tạo.
Sử dụng convertToExtent trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
