gdcmimg - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gdcmimg - Thao tác với tệp ảnh DICOM.

gdcmimg là một công cụ cấp thấp để cho phép tách / đóng gói từ / đến hình ảnh DICOM. Công cụ này không
không hiểu chuyển đổi Cú pháp chuyển đổi. Nó sẽ đóng gói dữ liệu thô như hiện tại. Cái này
có một số tác động trong một số trường hợp, hãy xem các cảnh báo đặc biệt bên dưới.

Điều quan trọng cần lưu ý là gdcmimg chỉ có thể đóng gói tệp đầu vào thích hợp, chẳng hạn
JPG và hoặc JP2 được chấp nhận vì có thể tìm thấy Cú pháp chuyển DICOM liên quan.
Tuy nhiên, đầu vào như TIFF và / hoặc PNG thì không, vì DICOM không hỗ trợ những đầu vào đó. Nhìn thấy
thay vào đó là một công cụ như gdcm2vtk.

SYNOPSIS

gdcmimg [tùy chọn] tệp vào tệp ra

MÔ TẢ

gdcmimg Công cụ dòng lệnh có thể được sử dụng theo hai kiểu:

· 1. Chuyển đổi một định dạng tệp được công nhận thành bản sao DICOM đóng gói của nó,

· 2. Ẩn danh một phần hình chữ nhật của tệp DICOM.

THÔNG SỐ

tên tệp đầu vào tệp trong (không phải DICOM)

tên tệp đầu ra DICOM ra tệp

LỰA CHỌN

-i --input Tên tệp đầu vào
-o --output Tên tệp đầu ra

RIÊNG LỰA CHỌN

--endian% s Endianness (LSB / MSB).
-d --depth% d Depth (Ví dụ: 8/16/32 hoặc BitsAllocated. 12 khi đã biết).
--sign% s Dấu hiệu Pixel (0/1).
--spp% d Mẫu trên mỗi pixel (1/3).
-s - kích thước% d,% d Kích thước.
-C --sop-class-uid SOP Class UID (tên hoặc giá trị).
-T --study-uid Nghiên cứu UID.
-S --series-uid Dòng UID.
--root-uid UID gốc.

LẤP ĐẦY LỰA CHỌN

-R - vùng% d,% d Vùng.
-F --fill% d Điền với giá trị pixel được chỉ định.

CÁC VẤN ĐỀ CHUNG LỰA CHỌN

-h - trợ giúp
in văn bản trợ giúp này và thoát

-v --version
in thông tin phiên bản và thoát

-V --dài dòng
chế độ tiết (cảnh báo + lỗi).

-W - cảnh báo
chế độ cảnh báo, in thông tin cảnh báo

-E --lỗi
chế độ lỗi, thông tin lỗi in

-D --gỡ lỗi
chế độ gỡ lỗi, in thông tin gỡ lỗi

MÔI TRƯỜNG BIẾN ĐỔI

GDCM_ROOT_UID UID gốc

HPORT TRỢ FILE FORMAT (PHÙ HỢP FILE GIA HẠN)

gdcmimg sẽ dựa trên quá trình chuyển đổi dựa trên phần mở rộng của tệp. Theo dõi danh sách
phần mở rộng tệp được công nhận. Khi không tìm thấy phần mở rộng, tệp DICOM được giả định.

định dạng đầu vào

* RAW (thô, rawl, xám, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()

định dạng đầu ra:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()

Đối với định dạng tệp RAW, bạn nên quan tâm đặc biệt đến tùy chọn –endian. Đối với (cũ)
Định dạng tệp JPEG, cả định dạng mất dữ liệu và không mất dữ liệu đều được hỗ trợ, người dùng phải trả phí
chú ý đến tùy chọn –sign. Đối với định dạng tệp như RLE hoặc RAW, người dùng phải
điền thông tin cần thiết để tìm thứ nguyên và loại dữ liệu đầu vào vì không có
cách khác để tìm thông tin này. Đối với tất cả các định dạng tệp khác, các thuộc tính được dẫn xuất
từ chính định dạng tệp.

Tệp PNM được cho là nội dung lớn (quan trọng đối với độ sâu> 8)

ĐIỂN HÌNH SỬ DỤNG

Hủy bỏ a hình chữ nhật một phần of các hình ảnh
Để lấp đầy vùng [0,100] x [0,100] của hình ảnh DICOM, chỉ cần thực hiện:

$ gdcmimg --fill 0 - vùng 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Cảnh báo: nếu Dữ liệu pixel được nén, hình ảnh sẽ được giải nén trước tiên để pixel đó
có thể được đặt thành 0, nhưng nó không được nén lại.

Chuyển đổi RAW đến DICOM
Phần mở rộng được công nhận là .raw, .rawl, .gray hoặc .rgb (không phân biệt chữ hoa chữ thường)

$ gdcmimg - kích thước 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

hình ảnh sẽ là Chụp thứ cấp.

Khi đầu vào là 3 thành phần, người ta cần chỉ định rõ ràng Số mẫu trên mỗi pixel:

$ gdcmimg - kích thước 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

Khi tên tệp chứa .rgb dưới dạng đầu ra của phần mở rộng tệp được tự động nhận dạng là
RGB không cần chỉ định –spp

$ gdcmimg - kích thước 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

Bạn có thể sử dụng dd dòng cmd để bỏ qua bất kỳ tiêu đề nào bạn muốn loại bỏ, ví dụ: nếu
bạn muốn bỏ qua 108 byte đầu tiên, chỉ cần thực hiện:

$ dd bỏ qua = 108 bs = 1 if = input.raw of = output.raw

.raw và .rawl là phần mở rộng tương đương. Bạn cần xác định rõ ràng khả năng tồn tại
thủ công:

$ gdcmimg --endian MSB - kích thước 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB - kích thước 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

Chuyển đổi PGM / PNM / PPM đến DICOM
Các phần mở rộng được công nhận là .pgm, .pnm, .ppm (không phân biệt chữ hoa chữ thường)

$ gdcmimg -i input.pgm -o out.dcm

hình ảnh sẽ là Chụp phụ

Chuyển đổi RLE đến DICOM
Tiện ích mở rộng được công nhận là .rle (không phân biệt chữ hoa chữ thường)

$ gdcmimg - kích thước 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm

hình ảnh sẽ là Chụp phụ

Chuyển đổi JPEG đến DICOM
Các tiện ích mở rộng được công nhận là .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (không phân biệt chữ hoa chữ thường)

$ gdcmimg -i đầu vào.ljpeg -o đầu ra.dcm

hình ảnh sẽ là Chụp phụ

Chuyển đổi J2K đến DICOM
Các tiện ích mở rộng được công nhận là .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (không phân biệt chữ hoa chữ thường)

$ gdcmimg -i đầu vào.j2k -o đầu ra.dcm

hình ảnh sẽ là Chụp thứ cấp.

Tất cả thông tin Pixel (Số bit được lưu trữ / Phân bổ ...) sẽ được lấy từ chính hình ảnh,
và không phải từ các tùy chọn dòng lệnh.

Chỉ định a SOP Lớp UID
Thay vì Bộ nhớ Hình ảnh Chụp thứ cấp mặc định, người ta có thể muốn chỉ định, chẳng hạn như VL
Lưu trữ Hình ảnh Chụp ảnh.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 đầu vào.jpg đầu ra.dcm

NHIỀU CÁC TẬP TIN

gdcmimg xử lý tốt một tập hợp các tệp (ví dụ: jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg đầu ra.dcm

Điều quan trọng là chỉ định Lớp SOP hỗ trợ hình ảnh nhiều khung hình nếu không
gdcmimg sẽ không thành công.

BẮT ĐẦU OFFSET

Trong một số trường hợp, người ta có thể muốn tạo một lát cắt 2D từ một khối lượng tùy ý (ví dụ: 3D). Trong
trường hợp nào –offset trở nên tiện dụng:

$ gdcmimg --offset 4954104330 - kích thước 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

CẢNH BÁO

Có một số vấn đề khi triển khai gdcmimg:

Đối với tệp RAW, người ta nên chú ý rằng khi sử dụng –endian MSB, Dữ liệu Pixel sẽ
đóng gói như hiện tại (không chạm vào gdcmimg). Do đó, cú pháp chuyển duy nhất có thể
có sẵn là Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM xử lý vấn đề riêng tư này
Cú pháp chuyển. Vì vậy, nếu bạn cần chuyển đổi Cú pháp chuyển này sang cú pháp khác (và cho phép
Thao tác dữ liệu Pixel), bạn có thể sử dụng:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o out_implicit_vr_little_endian.dcm

Đối với tệp JFIF và tệp JP2 (có tiêu đề), tiêu đề được sao chép vào phần tử Dữ liệu Pixel
điều này là bất hợp pháp đối với JP2. Sử dụng gdcmconv để mã hóa lại đúng cách tệp JP2 / JFIF thành J2K / JPG.

$ gdcmimg đầu vào.jp2 đầu ra_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force đầu ra_jp2.dcm đầu ra_j2k.dcm

Đối với tệp RLE, không có kiểm tra nào được thực hiện để vượt qua ranh giới hàng. Nó được khuyến khích sử dụng
gdcmconv –rle để mã hóa lại thành tệp RLE thích hợp trong trường hợp nghi ngờ.

Tất nhiên nếu quá trình nén không ổn với thiết lập của bạn, bạn luôn có thể bỏ đóng gói
Tệp DICOM (thường là JPEG) ở dạng không được đóng gói, sử dụng gdcmconv:

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm out_raw.dcm

Sử dụng gdcmimg trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net