gt-cds - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gt-cds - Thêm các tính năng CDS (chuỗi mã hóa) vào các tính năng exon được cung cấp trong tệp GFF3.

SYNOPSIS

gt CD [tùy chọn ...] [GFF3_file]

MÔ TẢ

-minorflen [giá trị]
đặt độ dài tối thiểu phải thêm khung đọc mở (ORF) dưới dạng CDS
tính năng (được đo bằng axit amin) (mặc định: 64)

-startcodon [có | không]
yêu cầu hơn ORF phải bắt đầu bằng codon bắt đầu (mặc định: không)

-cuối cùngstopcodon [có | không]
yêu cầu ORF cuối cùng phải kết thúc bằng codon dừng (mặc định: không)

-seqfile [tên tập tin]
đặt tệp trình tự để lấy các trình tự (mặc định: không xác định)

-encseq [tên tập tin]
đặt tên chỉ mục trình tự được mã hóa để lấy các trình tự (mặc định:
không xác định)

-seqfiles
đặt các tệp trình tự để trích xuất các tính năng sử dụng -- chấm dứt danh sách
trong số các tệp trình tự

-matchdesc [có | không]
tìm kiếm các mô tả trình tự từ các tệp đầu vào cho các ID trình tự mong muốn (trong
GFF3), báo cáo trận đấu đầu tiên (mặc định: không)

-matchdescstart [có | không]
khớp chính xác các mô tả trình tự từ các tệp đầu vào cho trình tự mong muốn
ID (trong GFF3) từ đầu đến khoảng trắng đầu tiên (mặc định: không)

-usesc [có | không]
sử dụng mô tả trình tự để ánh xạ các ID trình tự (trong GFF3) với trình tự thực tế
mục. Nếu mô tả chứa một phạm vi trình tự (ví dụ: III: 1000001..2000000), thì
phần đầu tiên được sử dụng làm ID trình tự (III) và vị trí phạm vi đầu tiên là độ lệch
(1000001) (mặc định: không)

-bản đồ vùng [chuỗi]
đặt tệp chứa vùng trình tự thành ánh xạ tệp trình tự (mặc định: không xác định)

-v [có | không]
dài dòng (mặc định: không)

-o [tên tập tin]
chuyển hướng đầu ra đến tệp được chỉ định (mặc định: không xác định)

-gzip [có | không]
ghi tệp đầu ra nén gzip (mặc định: không)

-bzip2 [có | không]
ghi tệp đầu ra nén bzip2 (mặc định: không)

-lực lượng [có | không]
buộc ghi vào tệp đầu ra (mặc định: không)

-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp và thoát

-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát

Định dạng tệp cho tùy chọn -bản đồ vùng:

Tệp được cung cấp cho ánh xạ vùng tùy chọn xác định một "ánh xạ". Một ánh xạ ánh xạ
các mục nhập vùng trình tự được đưa ra trong GFF3_file đến một tệp trình tự có chứa
trình tự tương ứng. Ánh xạ có thể được định nghĩa theo một trong hai dạng sau:

ánh xạ = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

ánh xạ hàm (vùng_ dãy)
trả về "hs_ref _" .. chuỗi_ khu vực .. ". fa.gz"
cuối

Dạng đầu tiên xác định Lua (http://www.lua.org) bảng có tên "ánh xạ" ánh xạ từng
vùng trình tự đến tệp trình tự tương ứng. Cái thứ hai định nghĩa một hàm Lua
"Ánh xạ", phải trả về tên tệp trình tự khi nó được gọi với
khu vực trình tự làm đối số.

BÁO CÁO GIỎI

Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.

Sử dụng gt-cds trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net