gt - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gt - Hệ thống phân tích bộ gen GenomeTools.

SYNOPSIS

gt [tùy chọn ...] [công cụ | script] [đối số ...]

MÔ TẢ

-i [có | không]
vào chế độ tương tác sau khi thực hiện công cụ or kịch bản

-q [có | không]
ngăn chặn cảnh báo

-kiểm tra [có | không]
thực hiện các bài kiểm tra đơn vị và thoát

-hạt giống [giá trị]
đặt hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên theo cách thủ công. 0 tạo một hạt giống từ thời điểm hiện tại
và xử lý id

-Cứu giúp
hiển thị trợ giúp và thoát

-phiên bản
thông tin phiên bản màn hình và thoát

Công cụ:

· giường_to_gff3

· CD

· chuỗi2dim

· chseqids

· giống cá lăng

· biên dịch

· ngưng tụ

· đồng dạng

· chuyển đổi

· CSA

· dot

· nhân đôi

· encseq

· encseq2spm

· đánh giá

· chiết xuất

· trích xuất

· fastq_sample

· chỉ mục tính năng

· dấu vân tay

· bộ gen

· gff3

· gff3_to_gtf

· trình xác thực gff3

· gtf_to_gff3

· hop

· id_to_md5

· nội tuyếnq_add

· inlineseq_split

· can thiệp

· kiểm tra ổ khóa

· ltrclustering

· ltrdigest

· thu hoạch

· que diêm

· matstat

· md5_to_id

· hợp nhất

· hợp nhất

· mgth

· mkfeatureindex

· mkfmindex

· mmapandread

· người giao việc

· packindex

· trước

· người đọc

· trả lại

· bộ lọc tập lệnh

· hạt giống_mở rộng

· chọn

· seq

· bộ lọc tiếp theo

· seqid

· biến đổi thứ tự

· thứ tự tiếp theo

· trình tự tiếp theo

· biến đổi thứ tự

· dịch tiếp theo

· thứ tự

· máy hủy tài liệu

· shulengthdist

· simreads

· phác thảo

· trang phác thảo

· người ăn cắp vặt

· lấm tấm

· splicesitethông tin

· chia tách

· stat

· hậu tố

· kẻ giả mạo

· người kiểm đếm

· có mùi hôi thối

· độc nhất

· duy nhất

· cây cối

Đặt biến môi trường GT_MEM_BOOKKEEPING = bật để bật tính năng ghi sổ bộ nhớ (ví dụ:
như thế này: env GT_MEM_BOOKKEEPING = trên gt).

Đặt biến môi trường GT_ENV_OPTIONS = -spacepeak để hiển thị dấu cách sau chương trình
chạy. Đặt biến môi trường GT_ENV_OPTIONS = -showtime để hiển thị thời gian xử lý cho
một số phần chương trình nếu được thực hiện.

Đặt biến môi trường GT_SEED thành giá trị số nguyên để cung cấp hạt giống cho ngẫu nhiên
bộ tạo số. Có thể được ghi đè bởi tùy chọn -seed.

Có thể kết hợp. Chạy mã nhị phân gt với GT_ENV_OPTIONS = -help hiển thị tất cả
các "tùy chọn môi trường" có thể.

BÁO CÁO GIỎI

Báo cáo lỗi cho[email được bảo vệ]>.

Sử dụng gt trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net