idba_hybrid - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

idba_hybrid - Bộ lắp ráp đồ thị lặp lại de Bruijn cho dữ liệu giải trình tự kết hợp

SYNOPSIS

idba_hybrid -r đọc.fa -o đầu ra_dir [--thẩm quyền giải quyết giới thiệu.fa]

MÔ TẢ

IDBA-Tran là một trình hợp dịch đọc ngắn De Bruijn Graph De Novo lặp đi lặp lại cho transcriptome.
Nó hoàn toàn là trình lắp ráp de novo chỉ dựa trên các lần đọc trình tự RNA. IDBA-Tran sử dụng cục bộ
lắp ráp để tái tạo lại các k-mer bị thiếu trong bảng điểm được thể hiện thấp và sau đó sử dụng
điểm cắt lũy tiến trên đường viền để tách đồ thị thành các thành phần. Mỗi thành phần
tương ứng với một gen trong hầu hết các trường hợp và không chứa nhiều phiên mã. A heuristic
thuật toán dựa trên các lần đọc kết thúc cặp sau đó được sử dụng để tìm các đồng dạng.

LỰA CHỌN

-o, --ngoài arg (= out)
thư mục đầu ra

-r, --đọc arg
tập tin đọc fasta (<= 128)

--read_level_2 arg
đầu cuối được ghép nối đọc fasta cho giàn giáo cấp hai

--read_level_3 arg
đầu cuối ghép nối đọc fasta cho giàn giáo cấp ba

--read_level_4 arg
đầu cuối ghép nối đọc fasta cho giàn giáo cấp bốn

--read_level_5 arg
đầu cuối ghép nối đọc fasta cho giàn giáo cấp năm

-l, --long_read arg
tập tin đọc nhanh dài (> 128)

--thẩm quyền giải quyết arg
bộ gen tham khảo

--chồn arg (= 20)
giá trị k nhỏ nhất (<= 124)

--maxk arg (= 100)
giá trị k lớn nhất (<= 124)

--bươc chân arg (= 20)
gia số k-mer của mỗi lần lặp

--inner_mink arg (= 10)
giá trị k tối thiểu bên trong

--inner_step arg (= 5)
gia số bên trong của k-mer

--tiếp đầu ngữ arg (= 3)
độ dài tiền tố được sử dụng để tạo bảng k-mer phụ

--min_count arg (= 2)
tính đa dạng tối thiểu để lọc k-mer khi xây dựng biểu đồ

--min_support arg (= 1)
thời gian tối thiểu trong mỗi lần lặp lại

--num_thread arg (= 0)
số của chủ đề

--seed_kmer arg (= 30)
kích thước hạt giống kmer để căn chỉnh

--min_contig arg (= 200)
kích thước tối thiểu của contig

--min_khu vực arg (= 500)
kích thước tối thiểu của vùng trong bộ gen tham chiếu

--tương tự arg (= 0.95)
sự tương đồng cho sự liên kết

--max_mismatch arg (= 3)
sửa lỗi không phù hợp tối đa

--min_pairs arg (= 3)
số lượng cặp tối thiểu

--max_gap arg (= 50)
khoảng cách tham chiếu tối đa

--no_local
không sử dụng lắp ráp cục bộ

--no_coverage
không lặp lại trên phạm vi bảo hiểm

--không chính xác
không sửa

--pre_chỉnh sửa
thực hiện hiệu chỉnh trước trước khi lắp ráp

Sử dụng idba_hybrid trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net