infernal - Online in the Cloud

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

Phân tích trình tự nội tại bằng cách sử dụng các cấu trúc trình tự RNA và cấu trúc thứ cấp
sự đồng thuận

SYNOPSIS

căn chỉnh cm
Căn chỉnh các trình tự theo mô hình hiệp phương sai

cmbuild
Xây dựng (các) mô hình hiệp phương sai từ trình tự nhiều RNA được chú thích có cấu trúc
(các) căn chỉnh

hiệu chỉnh cm
Phù hợp với các phần đuôi của hàm mũ để xác định giá trị E-mô hình hiệp phương sai

cmconvert
Chuyển đổi tệp mô hình hiệp phương sai Infernal

cmemit
Trình tự mẫu từ mô hình hiệp phương sai

tìm nạp cm
Lấy (các) mô hình hiệp phương sai từ một tệp

cải cúc
Chuẩn bị cơ sở dữ liệu mô hình hiệp phương sai cho cmscan

quét cmt
(Các) trình tự tìm kiếm dựa trên cơ sở dữ liệu mô hình hiệp phương sai

cmsearch
Tìm kiếm (các) mô hình hiệp phương sai dựa trên cơ sở dữ liệu trình tự

cmstat
thống kê tóm tắt cho một tệp mô hình hiệp phương sai

MÔ TẢ

Infernal là một bộ gồm một số chương trình để sắp xếp trình tự RNA cấu trúc và cơ sở dữ liệu
tìm kiếm tương đồng. Nó sử dụng các mô hình xác suất được gọi là "mô hình hiệp phương sai" (CM) để
đại diện cho các tương đồng tiến hóa có khả năng xảy ra của nhiều liên kết (hoặc trình tự đơn) của
một họ trình tự RNA cấu trúc.

Cùng với cơ sở dữ liệu Rfam về các họ RNA và các CM liên quan
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal có thể được sử dụng để chú thích các tương đồng về cấu trúc đã biết
Các họ RNA trong bộ gen.

Infernal có liên quan chặt chẽ đến bộ phần mềm HMMER để phân tích họ trình tự bằng cách sử dụng
hồ sơ HMM (http://hmmer.org), nhưng được thiết kế đặc biệt cho trình tự RNA cấu trúc
các gia đình. Ngoài việc lập mô hình trình tự được bảo tồn của một họ như các HMM cấu hình,
CMs mô hình hóa cấu trúc thứ cấp được bảo tồn, lồng ghép tốt (không giả mạo) của gia đình như
ổn. Do đó, các phương pháp tìm kiếm và căn chỉnh CM tương đối tính toán
đắt tiền. Infernal sử dụng các HMM hồ sơ làm bộ lọc và lấy các ràng buộc để tạo ra
CM phương pháp thực tế hơn.

Infernal được sử dụng trong ba chế độ chính: để tìm kiếm cơ sở dữ liệu trình tự cho các tương đồng mới của một
Họ RNA (hoặc chú thích các tương đồng trong một bộ gen); để tìm kiếm cơ sở dữ liệu CM (như Rfam) để tìm
chuỗi truy vấn thuộc về họ nào đã biết; và để tự động xây dựng
nhiều căn chỉnh (tức là với số lượng trình tự không giới hạn hiệu quả) bằng cách sử dụng CM
đại diện của một họ trình tự.

Giả sử bạn có một trình tự sắp xếp nhiều trình tự được chú thích theo cấu trúc của một trình tự RNA
họ quan tâm và bạn muốn tìm kiếm cơ sở dữ liệu trình tự để tìm thêm các phép tương đồng.
Sản phẩm cmbuild chương trình xây dựng (các) mô hình hiệp phương sai từ nhiều (các) căn chỉnh và hiệu chỉnh cm
xác định các tham số quan trọng để ước tính ý nghĩa thống kê của cơ sở dữ liệu
lần truy cập vào mô hình trong các tìm kiếm tiếp theo.

Sản phẩm cmsearch chương trình tìm kiếm (các) CM dựa trên cơ sở dữ liệu trình tự.

Giả sử bạn có (các) trình tự muốn phân tích bằng cơ sở dữ liệu CM dựa trên Infernal
như Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). Các cải cúc chương trình định dạng một mô hình hiệp phương sai
(chẳng hạn như tệp bạn sẽ tải xuống từ Rfam) vào cơ sở dữ liệu nhị phân Infernal. Các
quét cmt chương trình tìm kiếm (các) trình tự dựa trên cơ sở dữ liệu đó.

Giả sử bạn muốn căn chỉnh nhiều chuỗi. Bạn có thể xây dựng một công trình nhỏ dễ quản lý
liên kết cấu trúc của một tập hợp trình tự đại diện, xây dựng CM với cmbuild, và
sử dụng căn chỉnh cm chương trình để căn chỉnh bất kỳ số lượng trình tự nào với CM đó.

Infernal cũng bao gồm một số công cụ phụ trợ để làm việc với cơ sở dữ liệu CM lớn. tìm nạp cm
tìm nạp một hoặc nhiều CM từ cơ sở dữ liệu. cmstat in số liệu thống kê tóm tắt về CM
tập tin.

Để tương thích với các phiên bản trước của Infernal, cũng như với HMMER, cmconvert
chương trình chuyển đổi các tệp CM sang một số định dạng khác.

Sản phẩm cmemit chương trình tạo (mô phỏng) trình tự "tương đồng" bằng cách lấy mẫu từ CM. Nó
cũng có thể tạo ra một chuỗi "đồng thuận".

Mỗi chương trình có trang người đàn ông của riêng mình.

Sử dụng địa chỉ trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net